ਪ੍ਰੋਪੀਓਨਿਕ ਐਸਿਡ (ਪੀਪੀਏ), ਇੱਕ ਐਂਟੀਫੰਗਲ ਏਜੰਟ ਅਤੇ ਆਮ ਖੁਰਾਕੀ ਜੋੜ, ਚੂਹਿਆਂ ਵਿੱਚ ਗੈਸਟਰੋਇੰਟੇਸਟਾਈਨਲ ਨਪੁੰਸਕਤਾ ਦੇ ਨਾਲ ਅਸਧਾਰਨ ਨਿਊਰੋਵਿਕਾਸ ਦਾ ਕਾਰਨ ਬਣਦਾ ਦਿਖਾਇਆ ਗਿਆ ਹੈ, ਜੋ ਕਿ ਅੰਤੜੀਆਂ ਦੇ ਡਿਸਬਾਇਓਸਿਸ ਕਾਰਨ ਹੋ ਸਕਦਾ ਹੈ। ਖੁਰਾਕ ਪੀਪੀਏ ਐਕਸਪੋਜਰ ਅਤੇ ਅੰਤੜੀਆਂ ਦੇ ਮਾਈਕ੍ਰੋਬਾਇਓਟਾ ਡਿਸਬਾਇਓਸਿਸ ਵਿਚਕਾਰ ਇੱਕ ਸਬੰਧ ਸੁਝਾਇਆ ਗਿਆ ਹੈ, ਪਰ ਸਿੱਧੇ ਤੌਰ 'ਤੇ ਜਾਂਚ ਨਹੀਂ ਕੀਤੀ ਗਈ ਹੈ। ਇੱਥੇ, ਅਸੀਂ ਅੰਤੜੀਆਂ ਦੇ ਮਾਈਕ੍ਰੋਬਾਇਓਟਾ ਰਚਨਾ ਵਿੱਚ ਪੀਪੀਏ-ਸਬੰਧਤ ਤਬਦੀਲੀਆਂ ਦੀ ਜਾਂਚ ਕੀਤੀ ਜੋ ਡਿਸਬਾਇਓਸਿਸ ਦਾ ਕਾਰਨ ਬਣ ਸਕਦੀਆਂ ਹਨ। ਚੂਹਿਆਂ ਦੇ ਅੰਤੜੀਆਂ ਦੇ ਮਾਈਕ੍ਰੋਬਾਇਓਮਜ਼ ਨੂੰ ਇੱਕ ਇਲਾਜ ਨਾ ਕੀਤੀ ਗਈ ਖੁਰਾਕ (n=9) ਅਤੇ ਇੱਕ ਪੀਪੀਏ-ਸੰਪੰਨ ਖੁਰਾਕ (n=13) ਨੂੰ ਮਾਈਕ੍ਰੋਬਾਇਲ ਰਚਨਾ ਅਤੇ ਬੈਕਟੀਰੀਆ ਦੇ ਪਾਚਕ ਮਾਰਗਾਂ ਵਿੱਚ ਅੰਤਰਾਂ ਦਾ ਮੁਲਾਂਕਣ ਕਰਨ ਲਈ ਲੰਬੀ-ਸੀਮਾ ਦੇ ਮੈਟਾਜੇਨੋਮਿਕ ਕ੍ਰਮ ਦੀ ਵਰਤੋਂ ਕਰਕੇ ਕ੍ਰਮਬੱਧ ਕੀਤਾ ਗਿਆ ਸੀ। ਖੁਰਾਕ ਪੀਪੀਏ ਮਹੱਤਵਪੂਰਨ ਟੈਕਸਾ ਦੀ ਭਰਪੂਰਤਾ ਵਿੱਚ ਵਾਧੇ ਨਾਲ ਜੁੜਿਆ ਹੋਇਆ ਸੀ, ਜਿਸ ਵਿੱਚ ਕਈ ਬੈਕਟੀਰੋਇਡਜ਼, ਪ੍ਰੀਵੋਟੇਲਾ, ਅਤੇ ਰੁਮਿਨੋਕੋਕਸ ਪ੍ਰਜਾਤੀਆਂ ਸ਼ਾਮਲ ਹਨ, ਜਿਨ੍ਹਾਂ ਦੇ ਮੈਂਬਰ ਪਹਿਲਾਂ ਪੀਪੀਏ ਉਤਪਾਦਨ ਵਿੱਚ ਸ਼ਾਮਲ ਰਹੇ ਹਨ। ਪੀਪੀਏ-ਐਕਸਪੋਜ਼ਰ ਕੀਤੇ ਚੂਹਿਆਂ ਦੇ ਮਾਈਕ੍ਰੋਬਾਇਓਮਜ਼ ਵਿੱਚ ਲਿਪਿਡ ਮੈਟਾਬੋਲਿਜ਼ਮ ਅਤੇ ਸਟੀਰੌਇਡ ਹਾਰਮੋਨ ਬਾਇਓਸਿੰਥੇਸਿਸ ਨਾਲ ਸਬੰਧਤ ਹੋਰ ਰਸਤੇ ਵੀ ਸਨ। ਸਾਡੇ ਨਤੀਜੇ ਦਰਸਾਉਂਦੇ ਹਨ ਕਿ ਪੀਪੀਏ ਅੰਤੜੀਆਂ ਦੇ ਮਾਈਕ੍ਰੋਬਾਇਓਟਾ ਅਤੇ ਇਸਦੇ ਸੰਬੰਧਿਤ ਪਾਚਕ ਮਾਰਗਾਂ ਨੂੰ ਬਦਲ ਸਕਦਾ ਹੈ। ਇਹ ਦੇਖੇ ਗਏ ਬਦਲਾਅ ਇਸ ਗੱਲ ਨੂੰ ਉਜਾਗਰ ਕਰਦੇ ਹਨ ਕਿ ਖਪਤ ਲਈ ਸੁਰੱਖਿਅਤ ਵਜੋਂ ਸ਼੍ਰੇਣੀਬੱਧ ਕੀਤੇ ਗਏ ਪ੍ਰੀਜ਼ਰਵੇਟਿਵ ਅੰਤੜੀਆਂ ਦੇ ਮਾਈਕ੍ਰੋਬਾਇਓਟਾ ਦੀ ਰਚਨਾ ਅਤੇ ਬਦਲੇ ਵਿੱਚ, ਮਨੁੱਖੀ ਸਿਹਤ ਨੂੰ ਪ੍ਰਭਾਵਤ ਕਰ ਸਕਦੇ ਹਨ।
ਮਨੁੱਖੀ ਮਾਈਕ੍ਰੋਬਾਇਓਮ ਨੂੰ ਅਕਸਰ "ਸਰੀਰ ਦਾ ਆਖਰੀ ਅੰਗ" ਕਿਹਾ ਜਾਂਦਾ ਹੈ ਅਤੇ ਇਹ ਮਨੁੱਖੀ ਸਿਹਤ ਵਿੱਚ ਇੱਕ ਮਹੱਤਵਪੂਰਨ ਭੂਮਿਕਾ ਨਿਭਾਉਂਦਾ ਹੈ (ਬਾਕਵੇਰੋ ਅਤੇ ਨੋਮਬੇਲਾ, 2012)। ਖਾਸ ਤੌਰ 'ਤੇ, ਅੰਤੜੀਆਂ ਦੇ ਮਾਈਕ੍ਰੋਬਾਇਓਮ ਨੂੰ ਇਸਦੇ ਸਿਸਟਮ-ਵਿਆਪੀ ਪ੍ਰਭਾਵ ਅਤੇ ਕਈ ਜ਼ਰੂਰੀ ਕਾਰਜਾਂ ਵਿੱਚ ਭੂਮਿਕਾ ਲਈ ਮਾਨਤਾ ਪ੍ਰਾਪਤ ਹੈ। ਅੰਤੜੀਆਂ ਵਿੱਚ ਕਾਮਨਸਲ ਬੈਕਟੀਰੀਆ ਭਰਪੂਰ ਮਾਤਰਾ ਵਿੱਚ ਹੁੰਦੇ ਹਨ, ਕਈ ਵਾਤਾਵਰਣਿਕ ਸਥਾਨਾਂ 'ਤੇ ਕਬਜ਼ਾ ਕਰਦੇ ਹਨ, ਪੌਸ਼ਟਿਕ ਤੱਤਾਂ ਦੀ ਵਰਤੋਂ ਕਰਦੇ ਹਨ, ਅਤੇ ਸੰਭਾਵੀ ਰੋਗਾਣੂਆਂ ਨਾਲ ਮੁਕਾਬਲਾ ਕਰਦੇ ਹਨ (ਜੰਡਿਆਲਾ ਐਟ ਅਲ., 2015)। ਅੰਤੜੀਆਂ ਦੇ ਮਾਈਕ੍ਰੋਬਾਇਓਟਾ ਦੇ ਵਿਭਿੰਨ ਬੈਕਟੀਰੀਆ ਵਾਲੇ ਹਿੱਸੇ ਵਿਟਾਮਿਨ ਵਰਗੇ ਜ਼ਰੂਰੀ ਪੌਸ਼ਟਿਕ ਤੱਤ ਪੈਦਾ ਕਰਨ ਅਤੇ ਪਾਚਨ ਨੂੰ ਉਤਸ਼ਾਹਿਤ ਕਰਨ ਦੇ ਸਮਰੱਥ ਹਨ (ਰੋਲੈਂਡ ਐਟ ਅਲ., 2018)। ਬੈਕਟੀਰੀਆ ਵਾਲੇ ਮੈਟਾਬੋਲਾਈਟਸ ਨੂੰ ਟਿਸ਼ੂ ਵਿਕਾਸ ਨੂੰ ਪ੍ਰਭਾਵਿਤ ਕਰਨ ਅਤੇ ਪਾਚਕ ਅਤੇ ਇਮਿਊਨ ਮਾਰਗਾਂ ਨੂੰ ਵਧਾਉਣ ਲਈ ਵੀ ਦਿਖਾਇਆ ਗਿਆ ਹੈ (ਹੀਜਟਜ਼ ਐਟ ਅਲ., 2011; ਯੂ ਐਟ ਅਲ., 2022)। ਮਨੁੱਖੀ ਅੰਤੜੀਆਂ ਦੇ ਮਾਈਕ੍ਰੋਬਾਇਓਮ ਦੀ ਰਚਨਾ ਬਹੁਤ ਵਿਭਿੰਨ ਹੈ ਅਤੇ ਖੁਰਾਕ, ਲਿੰਗ, ਦਵਾਈਆਂ ਅਤੇ ਸਿਹਤ ਸਥਿਤੀ ਵਰਗੇ ਜੈਨੇਟਿਕ ਅਤੇ ਵਾਤਾਵਰਣਕ ਕਾਰਕਾਂ 'ਤੇ ਨਿਰਭਰ ਕਰਦੀ ਹੈ (ਕੁੰਭਰੇ ਐਟ ਅਲ., 2019)।
ਮਾਂ ਦੀ ਖੁਰਾਕ ਗਰੱਭਸਥ ਸ਼ੀਸ਼ੂ ਅਤੇ ਨਵਜੰਮੇ ਬੱਚੇ ਦੇ ਵਿਕਾਸ ਦਾ ਇੱਕ ਮਹੱਤਵਪੂਰਨ ਹਿੱਸਾ ਹੈ ਅਤੇ ਵਿਕਾਸ ਨੂੰ ਪ੍ਰਭਾਵਿਤ ਕਰਨ ਵਾਲੇ ਮਿਸ਼ਰਣਾਂ ਦਾ ਇੱਕ ਅਨੁਮਾਨਤ ਸਰੋਤ ਹੈ (ਬਾਜ਼ਰ ਐਟ ਅਲ., 2004; ਇਨਿਸ, 2014)। ਦਿਲਚਸਪੀ ਵਾਲਾ ਇੱਕ ਅਜਿਹਾ ਮਿਸ਼ਰਣ ਪ੍ਰੋਪੀਓਨਿਕ ਐਸਿਡ (ਪੀਪੀਏ) ਹੈ, ਜੋ ਕਿ ਬੈਕਟੀਰੀਆ ਦੇ ਫਰਮੈਂਟੇਸ਼ਨ ਅਤੇ ਇੱਕ ਫੂਡ ਐਡਿਟਿਵ (ਡੇਨ ਬੇਸਟਨ ਐਟ ਅਲ., 2013) ਤੋਂ ਪ੍ਰਾਪਤ ਇੱਕ ਛੋਟਾ-ਚੇਨ ਫੈਟੀ ਐਸਿਡ ਉਪ-ਉਤਪਾਦ ਹੈ। ਪੀਪੀਏ ਵਿੱਚ ਐਂਟੀਬੈਕਟੀਰੀਅਲ ਅਤੇ ਐਂਟੀਫੰਗਲ ਗੁਣ ਹਨ ਅਤੇ ਇਸ ਲਈ ਇਸਨੂੰ ਭੋਜਨ ਰੱਖਿਅਕ ਵਜੋਂ ਅਤੇ ਉੱਲੀ ਅਤੇ ਬੈਕਟੀਰੀਆ ਦੇ ਵਿਕਾਸ ਨੂੰ ਰੋਕਣ ਲਈ ਉਦਯੋਗਿਕ ਉਪਯੋਗਾਂ ਵਿੱਚ ਵਰਤਿਆ ਜਾਂਦਾ ਹੈ (ਵੇਮੇਨਹੋਵ ਐਟ ਅਲ., 2016)। ਪੀਪੀਏ ਦੇ ਵੱਖ-ਵੱਖ ਟਿਸ਼ੂਆਂ ਵਿੱਚ ਵੱਖ-ਵੱਖ ਪ੍ਰਭਾਵ ਹੁੰਦੇ ਹਨ। ਜਿਗਰ ਵਿੱਚ, ਪੀਪੀਏ ਦੇ ਮੈਕਰੋਫੈਜਾਂ ਵਿੱਚ ਸਾਈਟੋਕਾਈਨ ਪ੍ਰਗਟਾਵੇ ਨੂੰ ਪ੍ਰਭਾਵਿਤ ਕਰਕੇ ਸਾੜ-ਵਿਰੋਧੀ ਪ੍ਰਭਾਵ ਹੁੰਦੇ ਹਨ (ਕਾਵਾਸੋ ਐਟ ਅਲ., 2022)। ਇਹ ਰੈਗੂਲੇਟਰੀ ਪ੍ਰਭਾਵ ਹੋਰ ਇਮਿਊਨ ਸੈੱਲਾਂ ਵਿੱਚ ਵੀ ਦੇਖਿਆ ਗਿਆ ਹੈ, ਜਿਸ ਨਾਲ ਸੋਜਸ਼ ਘੱਟ ਜਾਂਦੀ ਹੈ (ਹਾਸੇ ਐਟ ਅਲ., 2021)। ਹਾਲਾਂਕਿ, ਦਿਮਾਗ ਵਿੱਚ ਉਲਟ ਪ੍ਰਭਾਵ ਦੇਖਿਆ ਗਿਆ ਹੈ। ਪਿਛਲੇ ਅਧਿਐਨਾਂ ਨੇ ਦਿਖਾਇਆ ਹੈ ਕਿ ਪੀਪੀਏ ਐਕਸਪੋਜਰ ਚੂਹਿਆਂ ਵਿੱਚ ਔਟਿਜ਼ਮ ਵਰਗਾ ਵਿਵਹਾਰ ਪੈਦਾ ਕਰਦਾ ਹੈ (ਐਲ-ਅੰਸਾਰੀ ਐਟ ਅਲ., 2012)। ਹੋਰ ਅਧਿਐਨਾਂ ਨੇ ਦਿਖਾਇਆ ਹੈ ਕਿ ਪੀਪੀਏ ਗਲਿਓਸਿਸ ਨੂੰ ਪ੍ਰੇਰਿਤ ਕਰ ਸਕਦਾ ਹੈ ਅਤੇ ਦਿਮਾਗ ਵਿੱਚ ਪ੍ਰੋ-ਇਨਫਲੇਮੇਟਰੀ ਮਾਰਗਾਂ ਨੂੰ ਸਰਗਰਮ ਕਰ ਸਕਦਾ ਹੈ (ਅਬਡੇਲੀ ਐਟ ਅਲ., 2019)। ਕਿਉਂਕਿ ਪੀਪੀਏ ਇੱਕ ਕਮਜ਼ੋਰ ਐਸਿਡ ਹੈ, ਇਹ ਅੰਤੜੀਆਂ ਦੇ ਐਪੀਥੈਲਿਅਮ ਰਾਹੀਂ ਖੂਨ ਦੇ ਪ੍ਰਵਾਹ ਵਿੱਚ ਫੈਲ ਸਕਦਾ ਹੈ ਅਤੇ ਇਸ ਤਰ੍ਹਾਂ ਖੂਨ-ਦਿਮਾਗ ਦੀ ਰੁਕਾਵਟ ਦੇ ਨਾਲ-ਨਾਲ ਪਲੈਸੈਂਟਾ (ਸਟਿੰਸਨ ਐਟ ਅਲ., 2019) ਸਮੇਤ ਪਾਬੰਦੀਆਂ ਵਾਲੀਆਂ ਰੁਕਾਵਟਾਂ ਨੂੰ ਪਾਰ ਕਰ ਸਕਦਾ ਹੈ, ਜੋ ਬੈਕਟੀਰੀਆ ਦੁਆਰਾ ਪੈਦਾ ਕੀਤੇ ਗਏ ਇੱਕ ਰੈਗੂਲੇਟਰੀ ਮੈਟਾਬੋਲਾਈਟ ਵਜੋਂ ਪੀਪੀਏ ਦੀ ਮਹੱਤਤਾ ਨੂੰ ਉਜਾਗਰ ਕਰਦਾ ਹੈ। ਹਾਲਾਂਕਿ ਔਟਿਜ਼ਮ ਲਈ ਜੋਖਮ ਕਾਰਕ ਵਜੋਂ ਪੀਪੀਏ ਦੀ ਸੰਭਾਵੀ ਭੂਮਿਕਾ ਇਸ ਸਮੇਂ ਜਾਂਚ ਅਧੀਨ ਹੈ, ਔਟਿਜ਼ਮ ਵਾਲੇ ਵਿਅਕਤੀਆਂ 'ਤੇ ਇਸਦੇ ਪ੍ਰਭਾਵ ਨਿਊਰਲ ਵਿਭਿੰਨਤਾ ਨੂੰ ਪ੍ਰੇਰਿਤ ਕਰਨ ਤੋਂ ਪਰੇ ਹੋ ਸਕਦੇ ਹਨ।
ਗੈਸਟਰੋਇੰਟੇਸਟਾਈਨਲ ਲੱਛਣ ਜਿਵੇਂ ਕਿ ਦਸਤ ਅਤੇ ਕਬਜ਼ ਨਿਊਰੋਡਿਵੈਲਪਮੈਂਟਲ ਵਿਕਾਰ ਵਾਲੇ ਮਰੀਜ਼ਾਂ ਵਿੱਚ ਆਮ ਹਨ (ਕਾਓ ਐਟ ਅਲ., 2021)। ਪਿਛਲੇ ਅਧਿਐਨਾਂ ਨੇ ਦਿਖਾਇਆ ਹੈ ਕਿ ਔਟਿਜ਼ਮ ਸਪੈਕਟ੍ਰਮ ਡਿਸਆਰਡਰ (ASD) ਵਾਲੇ ਮਰੀਜ਼ਾਂ ਦਾ ਮਾਈਕ੍ਰੋਬਾਇਓਮ ਸਿਹਤਮੰਦ ਵਿਅਕਤੀਆਂ ਨਾਲੋਂ ਵੱਖਰਾ ਹੁੰਦਾ ਹੈ, ਜੋ ਅੰਤੜੀਆਂ ਦੇ ਮਾਈਕ੍ਰੋਬਾਇਓਟਾ ਡਿਸਬਾਇਓਸਿਸ ਦੀ ਮੌਜੂਦਗੀ ਦਾ ਸੁਝਾਅ ਦਿੰਦਾ ਹੈ (ਫਾਈਨਗੋਲਡ ਐਟ ਅਲ., 2010)। ਇਸੇ ਤਰ੍ਹਾਂ, ਸੋਜਸ਼ ਵਾਲੀ ਅੰਤੜੀਆਂ ਦੀਆਂ ਬਿਮਾਰੀਆਂ, ਮੋਟਾਪਾ, ਅਲਜ਼ਾਈਮਰ ਰੋਗ, ਆਦਿ ਵਾਲੇ ਮਰੀਜ਼ਾਂ ਦੀਆਂ ਮਾਈਕ੍ਰੋਬਾਇਓਮ ਵਿਸ਼ੇਸ਼ਤਾਵਾਂ ਵੀ ਸਿਹਤਮੰਦ ਵਿਅਕਤੀਆਂ ਨਾਲੋਂ ਵੱਖਰੀਆਂ ਹੁੰਦੀਆਂ ਹਨ (ਟਰਨਬਾਗ ਐਟ ਅਲ., 2009; ਵੋਗਟ ਐਟ ਅਲ., 2017; ਹੈਂਕੇ ਐਟ ਅਲ., 2019)। ਹਾਲਾਂਕਿ, ਅੱਜ ਤੱਕ, ਅੰਤੜੀਆਂ ਦੇ ਮਾਈਕ੍ਰੋਬਾਇਓਮ ਅਤੇ ਨਿਊਰੋਲੌਜੀਕਲ ਬਿਮਾਰੀਆਂ ਜਾਂ ਲੱਛਣਾਂ (ਯੈਪ ਐਟ ਅਲ., 2021) ਵਿਚਕਾਰ ਕੋਈ ਕਾਰਕ ਸਬੰਧ ਸਥਾਪਤ ਨਹੀਂ ਕੀਤਾ ਗਿਆ ਹੈ, ਹਾਲਾਂਕਿ ਕਈ ਬੈਕਟੀਰੀਆ ਪ੍ਰਜਾਤੀਆਂ ਨੂੰ ਇਹਨਾਂ ਵਿੱਚੋਂ ਕੁਝ ਬਿਮਾਰੀ ਸਥਿਤੀਆਂ ਵਿੱਚ ਭੂਮਿਕਾ ਨਿਭਾਉਣ ਬਾਰੇ ਸੋਚਿਆ ਜਾਂਦਾ ਹੈ। ਉਦਾਹਰਨ ਲਈ, ਔਟਿਜ਼ਮ ਵਾਲੇ ਮਰੀਜ਼ਾਂ ਦੇ ਮਾਈਕ੍ਰੋਬਾਇਓਟਾ ਵਿੱਚ ਐਕਰਮੈਨਸੀਆ, ਬੈਕਟੀਰੋਇਡਜ਼, ਕਲੋਸਟ੍ਰਿਡੀਅਮ, ਲੈਕਟੋਬੈਸੀਲਸ, ਡੇਸਲਫੋਵਿਬਰੀਓ ਅਤੇ ਹੋਰ ਜੀਨੇਰਾ ਵਧੇਰੇ ਮਾਤਰਾ ਵਿੱਚ ਹੁੰਦੇ ਹਨ (ਟੋਮੋਵਾ ਐਟ ਅਲ., 2015; ਗੋਲੂਬੇਵਾ ਐਟ ਅਲ., 2017; ਕ੍ਰਿਸਟੀਆਨੋ ਐਟ ਅਲ., 2018; ਜ਼ੁਰੀਟਾ ਐਟ ਅਲ., 2020)। ਖਾਸ ਤੌਰ 'ਤੇ, ਇਹਨਾਂ ਜੀਨੇਰਾ ਵਿੱਚੋਂ ਕੁਝ ਜੀਨਾਂ ਦੇ ਮੈਂਬਰ ਪ੍ਰਜਾਤੀਆਂ ਨੂੰ ਪੀਪੀਏ ਉਤਪਾਦਨ ਨਾਲ ਜੁੜੇ ਜੀਨ ਹੋਣ ਲਈ ਜਾਣਿਆ ਜਾਂਦਾ ਹੈ (ਰੀਚਰਡਟ ਐਟ ਅਲ., 2014; ਯੂਨ ਅਤੇ ਲੀ, 2016; ਝਾਂਗ ਐਟ ਅਲ., 2019; ਬੌਰ ਅਤੇ ਡੁਰ, 2023)। ਪੀਪੀਏ ਦੇ ਰੋਗਾਣੂਨਾਸ਼ਕ ਗੁਣਾਂ ਨੂੰ ਦੇਖਦੇ ਹੋਏ, ਇਸਦੀ ਭਰਪੂਰਤਾ ਨੂੰ ਵਧਾਉਣਾ ਪੀਪੀਏ ਪੈਦਾ ਕਰਨ ਵਾਲੇ ਬੈਕਟੀਰੀਆ ਦੇ ਵਾਧੇ ਲਈ ਲਾਭਦਾਇਕ ਹੋ ਸਕਦਾ ਹੈ (ਜੈਕਬਸਨ ਐਟ ਅਲ., 2018)। ਇਸ ਤਰ੍ਹਾਂ, ਇੱਕ ਪੀਐਫਏ-ਅਮੀਰ ਵਾਤਾਵਰਣ ਅੰਤੜੀਆਂ ਦੇ ਮਾਈਕ੍ਰੋਬਾਇਓਟਾ ਵਿੱਚ ਬਦਲਾਅ ਲਿਆ ਸਕਦਾ ਹੈ, ਜਿਸ ਵਿੱਚ ਗੈਸਟਰੋਇੰਟੇਸਟਾਈਨਲ ਰੋਗਾਣੂ ਸ਼ਾਮਲ ਹਨ, ਜੋ ਗੈਸਟਰੋਇੰਟੇਸਟਾਈਨਲ ਲੱਛਣਾਂ ਵੱਲ ਲੈ ਜਾਣ ਵਾਲੇ ਸੰਭਾਵੀ ਕਾਰਕ ਹੋ ਸਕਦੇ ਹਨ।
ਮਾਈਕ੍ਰੋਬਾਇਓਮ ਖੋਜ ਵਿੱਚ ਇੱਕ ਕੇਂਦਰੀ ਸਵਾਲ ਇਹ ਹੈ ਕਿ ਕੀ ਮਾਈਕ੍ਰੋਬਾਇਓਮ ਰਚਨਾ ਵਿੱਚ ਅੰਤਰ ਅੰਤਰੀਵ ਬਿਮਾਰੀਆਂ ਦਾ ਕਾਰਨ ਜਾਂ ਲੱਛਣ ਹਨ। ਖੁਰਾਕ, ਅੰਤੜੀਆਂ ਦੇ ਮਾਈਕ੍ਰੋਬਾਇਓਮ, ਅਤੇ ਨਿਊਰੋਲੌਜੀਕਲ ਬਿਮਾਰੀਆਂ ਵਿਚਕਾਰ ਗੁੰਝਲਦਾਰ ਸਬੰਧਾਂ ਨੂੰ ਸਪੱਸ਼ਟ ਕਰਨ ਵੱਲ ਪਹਿਲਾ ਕਦਮ ਖੁਰਾਕ ਦੇ ਮਾਈਕ੍ਰੋਬਾਇਓਮ ਰਚਨਾ 'ਤੇ ਪ੍ਰਭਾਵਾਂ ਦਾ ਮੁਲਾਂਕਣ ਕਰਨਾ ਹੈ। ਇਸ ਉਦੇਸ਼ ਲਈ, ਅਸੀਂ ਚੂਹਿਆਂ ਦੇ ਅੰਤੜੀਆਂ ਦੇ ਮਾਈਕ੍ਰੋਬਾਇਓਮ ਦੀ ਤੁਲਨਾ ਕਰਨ ਲਈ ਲੰਬੇ ਸਮੇਂ ਤੋਂ ਪੜ੍ਹੇ ਜਾਣ ਵਾਲੇ ਮੈਟਾਜੇਨੋਮਿਕ ਕ੍ਰਮ ਦੀ ਵਰਤੋਂ ਕੀਤੀ ਜੋ PPA-ਅਮੀਰ ਜਾਂ PPA-ਘੱਟ ਖੁਰਾਕ ਖੁਆਈ ਗਈ ਸੀ। ਔਲਾਦ ਨੂੰ ਉਨ੍ਹਾਂ ਦੀਆਂ ਮਾਵਾਂ ਵਾਂਗ ਹੀ ਖੁਰਾਕ ਦਿੱਤੀ ਗਈ ਸੀ। ਅਸੀਂ ਅਨੁਮਾਨ ਲਗਾਇਆ ਕਿ PPA-ਅਮੀਰ ਖੁਰਾਕ ਦੇ ਨਤੀਜੇ ਵਜੋਂ ਅੰਤੜੀਆਂ ਦੇ ਮਾਈਕ੍ਰੋਬਾਇਓਮ ਰਚਨਾ ਅਤੇ ਮਾਈਕ੍ਰੋਬਾਇਓਲ ਕਾਰਜਸ਼ੀਲ ਮਾਰਗਾਂ ਵਿੱਚ ਬਦਲਾਅ ਆਉਣਗੇ, ਖਾਸ ਕਰਕੇ PPA ਮੈਟਾਬੋਲਿਜ਼ਮ ਅਤੇ/ਜਾਂ PPA ਉਤਪਾਦਨ ਨਾਲ ਸਬੰਧਤ।
ਇਸ ਅਧਿਐਨ ਵਿੱਚ FVB/N-Tg(GFAP-GFP)14Mes/J ਟ੍ਰਾਂਸਜੈਨਿਕ ਚੂਹਿਆਂ (ਜੈਕਸਨ ਲੈਬਾਰਟਰੀਜ਼) ਦੀ ਵਰਤੋਂ ਕੀਤੀ ਗਈ ਜੋ ਸੈਂਟਰਲ ਫਲੋਰੀਡਾ ਯੂਨੀਵਰਸਿਟੀ ਇੰਸਟੀਚਿਊਸ਼ਨਲ ਐਨੀਮਲ ਕੇਅਰ ਐਂਡ ਯੂਜ਼ ਕਮੇਟੀ (UCF-IACUC) (ਐਨੀਮਲ ਯੂਜ਼ ਪਰਮਿਟ ਨੰਬਰ: PROTO202000002) ਦੇ ਦਿਸ਼ਾ-ਨਿਰਦੇਸ਼ਾਂ ਦੀ ਪਾਲਣਾ ਕਰਦੇ ਹੋਏ ਗਲੀਆ-ਵਿਸ਼ੇਸ਼ GFAP ਪ੍ਰਮੋਟਰ ਦੇ ਨਿਯੰਤਰਣ ਹੇਠ ਹਰੇ ਫਲੋਰੋਸੈਂਟ ਪ੍ਰੋਟੀਨ (GFP) ਨੂੰ ਓਵਰਐਕਸਪ੍ਰੈਸ ਕਰਦੇ ਹਨ। ਦੁੱਧ ਛੁਡਾਉਣ ਤੋਂ ਬਾਅਦ, ਚੂਹਿਆਂ ਨੂੰ ਪ੍ਰਤੀ ਪਿੰਜਰੇ ਹਰੇਕ ਲਿੰਗ ਦੇ 1-5 ਚੂਹਿਆਂ ਦੇ ਨਾਲ ਪਿੰਜਰਿਆਂ ਵਿੱਚ ਵੱਖਰੇ ਤੌਰ 'ਤੇ ਰੱਖਿਆ ਗਿਆ ਸੀ। ਚੂਹਿਆਂ ਨੂੰ ਜਾਂ ਤਾਂ ਇੱਕ ਸ਼ੁੱਧ ਨਿਯੰਤਰਣ ਖੁਰਾਕ (ਸੋਧੀ ਗਈ ਓਪਨ-ਲੇਬਲ ਸਟੈਂਡਰਡ ਖੁਰਾਕ, 16 kcal% ਚਰਬੀ) ਜਾਂ ਸੋਡੀਅਮ ਪ੍ਰੋਪੀਓਨੇਟ-ਪੂਰਕ ਖੁਰਾਕ (ਸੋਧੀ ਗਈ ਓਪਨ-ਲੇਬਲ ਸਟੈਂਡਰਡ ਖੁਰਾਕ, 16 kcal% ਚਰਬੀ, ਜਿਸ ਵਿੱਚ 5,000 ppm ਸੋਡੀਅਮ ਪ੍ਰੋਪੀਓਨੇਟ ਹੁੰਦਾ ਹੈ) ਨਾਲ ਐਡ ਲਿਬਿਟਮ ਖੁਆਇਆ ਗਿਆ ਸੀ। ਵਰਤੇ ਗਏ ਸੋਡੀਅਮ ਪ੍ਰੋਪੀਓਨੇਟ ਦੀ ਮਾਤਰਾ 5,000 ਮਿਲੀਗ੍ਰਾਮ PFA/ਕਿਲੋਗ੍ਰਾਮ ਕੁੱਲ ਭੋਜਨ ਭਾਰ ਦੇ ਬਰਾਬਰ ਸੀ। ਇਹ ਭੋਜਨ ਰੱਖਿਅਕ ਵਜੋਂ ਵਰਤੋਂ ਲਈ ਪ੍ਰਵਾਨਿਤ PPA ਦੀ ਸਭ ਤੋਂ ਵੱਧ ਗਾੜ੍ਹਾਪਣ ਹੈ। ਇਸ ਅਧਿਐਨ ਦੀ ਤਿਆਰੀ ਲਈ, ਮਾਤਾ-ਪਿਤਾ ਚੂਹਿਆਂ ਨੂੰ ਮੇਲਣ ਤੋਂ 4 ਹਫ਼ਤੇ ਪਹਿਲਾਂ ਦੋਵੇਂ ਖੁਰਾਕਾਂ ਦਿੱਤੀਆਂ ਗਈਆਂ ਅਤੇ ਡੈਮ ਦੀ ਗਰਭ ਅਵਸਥਾ ਦੌਰਾਨ ਜਾਰੀ ਰੱਖਿਆ ਗਿਆ। ਔਲਾਦ ਚੂਹਿਆਂ [22 ਚੂਹੇ, 9 ਨਿਯੰਤਰਣ (6 ਨਰ, 3 ਮਾਦਾ) ਅਤੇ 13 ਪੀਪੀਏ (4 ਨਰ, 9 ਮਾਦਾ)] ਨੂੰ ਦੁੱਧ ਛੁਡਾਇਆ ਗਿਆ ਅਤੇ ਫਿਰ 5 ਮਹੀਨਿਆਂ ਲਈ ਡੈਮਾਂ ਵਾਂਗ ਹੀ ਖੁਰਾਕ 'ਤੇ ਜਾਰੀ ਰੱਖਿਆ ਗਿਆ। ਔਲਾਦ ਚੂਹਿਆਂ ਨੂੰ 5 ਮਹੀਨਿਆਂ ਦੀ ਉਮਰ ਵਿੱਚ ਕੁਰਬਾਨ ਕੀਤਾ ਗਿਆ ਅਤੇ ਉਨ੍ਹਾਂ ਦੇ ਅੰਤੜੀਆਂ ਦੇ ਮਲ ਦੀ ਸਮੱਗਰੀ ਇਕੱਠੀ ਕੀਤੀ ਗਈ ਅਤੇ ਸ਼ੁਰੂ ਵਿੱਚ 1.5 ਮਿਲੀਲੀਟਰ ਮਾਈਕ੍ਰੋਸੈਂਟਰੀਫਿਊਜ ਟਿਊਬਾਂ ਵਿੱਚ -20°C 'ਤੇ ਸਟੋਰ ਕੀਤਾ ਗਿਆ ਅਤੇ ਫਿਰ -80°C ਫ੍ਰੀਜ਼ਰ ਵਿੱਚ ਤਬਦੀਲ ਕੀਤਾ ਗਿਆ ਜਦੋਂ ਤੱਕ ਮੇਜ਼ਬਾਨ ਡੀਐਨਏ ਖਤਮ ਨਹੀਂ ਹੋ ਜਾਂਦਾ ਅਤੇ ਮਾਈਕ੍ਰੋਬਾਇਲ ਨਿਊਕਲੀਕ ਐਸਿਡ ਕੱਢੇ ਨਹੀਂ ਜਾਂਦੇ।
ਹੋਸਟ ਡੀਐਨਏ ਨੂੰ ਇੱਕ ਸੋਧੇ ਹੋਏ ਪ੍ਰੋਟੋਕੋਲ (Charalampous et al., 2019) ਦੇ ਅਨੁਸਾਰ ਹਟਾ ਦਿੱਤਾ ਗਿਆ ਸੀ। ਸੰਖੇਪ ਵਿੱਚ, ਮਲ ਸਮੱਗਰੀ ਨੂੰ 500 µl InhibitEX (Qiagen, Cat#/ID: 19593) ਵਿੱਚ ਤਬਦੀਲ ਕੀਤਾ ਗਿਆ ਸੀ ਅਤੇ ਫ੍ਰੀਜ਼ ਕੀਤਾ ਗਿਆ ਸੀ। ਪ੍ਰਤੀ ਐਕਸਟਰੈਕਸ਼ਨ ਵੱਧ ਤੋਂ ਵੱਧ 1-2 ਮਲ ਗੋਲੀਆਂ ਦੀ ਪ੍ਰਕਿਰਿਆ ਕਰੋ। ਫਿਰ ਮਲ ਸਮੱਗਰੀ ਨੂੰ ਟਿਊਬ ਦੇ ਅੰਦਰ ਇੱਕ ਪਲਾਸਟਿਕ ਪੈਸਟਲ ਦੀ ਵਰਤੋਂ ਕਰਕੇ ਮਸ਼ੀਨੀ ਤੌਰ 'ਤੇ ਸਮਰੂਪ ਕੀਤਾ ਗਿਆ ਸੀ ਤਾਂ ਜੋ ਇੱਕ ਸਲਰੀ ਬਣਾਈ ਜਾ ਸਕੇ। ਨਮੂਨਿਆਂ ਨੂੰ 5 ਮਿੰਟ ਲਈ 10,000 RCF 'ਤੇ ਸੈਂਟਰਿਫਿਊਜ ਕਰੋ ਜਾਂ ਜਦੋਂ ਤੱਕ ਨਮੂਨੇ ਗੋਲੇ ਨਹੀਂ ਬਣ ਜਾਂਦੇ, ਫਿਰ ਸੁਪਰਨੇਟੈਂਟ ਨੂੰ ਐਸਪੀਰੇਟ ਕਰੋ ਅਤੇ ਗੋਲੀ ਨੂੰ 250 µl 1× PBS ਵਿੱਚ ਦੁਬਾਰਾ ਸਸਪੈਂਡ ਕਰੋ। ਯੂਕੇਰੀਓਟਿਕ ਸੈੱਲ ਝਿੱਲੀਆਂ ਨੂੰ ਢਿੱਲਾ ਕਰਨ ਲਈ ਇੱਕ ਡਿਟਰਜੈਂਟ ਦੇ ਤੌਰ 'ਤੇ ਨਮੂਨੇ ਵਿੱਚ 250 µl 4.4% ਸੈਪੋਨਿਨ ਘੋਲ (TCI, ਉਤਪਾਦ ਨੰਬਰ S0019) ਸ਼ਾਮਲ ਕਰੋ। ਨਮੂਨਿਆਂ ਨੂੰ ਨਿਰਵਿਘਨ ਹੋਣ ਤੱਕ ਹੌਲੀ-ਹੌਲੀ ਮਿਲਾਇਆ ਗਿਆ ਸੀ ਅਤੇ 10 ਮਿੰਟ ਲਈ ਕਮਰੇ ਦੇ ਤਾਪਮਾਨ 'ਤੇ ਪ੍ਰਫੁੱਲਤ ਕੀਤਾ ਗਿਆ ਸੀ। ਅੱਗੇ, ਯੂਕੇਰੀਓਟਿਕ ਸੈੱਲਾਂ ਨੂੰ ਵਿਗਾੜਨ ਲਈ, ਨਮੂਨੇ ਵਿੱਚ 350 μl ਨਿਊਕਲੀਜ਼-ਮੁਕਤ ਪਾਣੀ ਜੋੜਿਆ ਗਿਆ, 30 ਸਕਿੰਟਾਂ ਲਈ ਇਨਕਿਊਬੇਟ ਕੀਤਾ ਗਿਆ, ਅਤੇ ਫਿਰ 12 μl 5 M NaCl ਜੋੜਿਆ ਗਿਆ। ਫਿਰ ਨਮੂਨਿਆਂ ਨੂੰ 5 ਮਿੰਟ ਲਈ 6000 RCF 'ਤੇ ਸੈਂਟਰਿਫਿਊਜ ਕੀਤਾ ਗਿਆ। ਸੁਪਰਨੇਟੈਂਟ ਨੂੰ ਐਸਪੀਰੇਟ ਕਰੋ ਅਤੇ ਪੈਲੇਟ ਨੂੰ 100 μl 1X PBS ਵਿੱਚ ਦੁਬਾਰਾ ਸਸਪੈਂਡ ਕਰੋ। ਹੋਸਟ DNA ਨੂੰ ਹਟਾਉਣ ਲਈ, 100 μl HL-SAN ਬਫਰ (12.8568 g NaCl, 4 ml 1M MgCl2, 36 ml ਨਿਊਕਲੀਜ਼-ਮੁਕਤ ਪਾਣੀ) ਅਤੇ 10 μl HL-SAN ਐਂਜ਼ਾਈਮ (ArticZymes P/N 70910-202) ਸ਼ਾਮਲ ਕਰੋ। ਨਮੂਨਿਆਂ ਨੂੰ ਪਾਈਪੇਟਿੰਗ ਦੁਆਰਾ ਚੰਗੀ ਤਰ੍ਹਾਂ ਮਿਲਾਇਆ ਗਿਆ ਅਤੇ ਇੱਕ Eppendorf™ ThermoMixer C 'ਤੇ 800 rpm 'ਤੇ 30 ਮਿੰਟ ਲਈ 37 °C 'ਤੇ ਇਨਕਿਊਬੇਟ ਕੀਤਾ ਗਿਆ। ਇਨਕਿਊਬੇਟ ਕਰਨ ਤੋਂ ਬਾਅਦ, 3 ਮਿੰਟ ਲਈ 6000 RCF 'ਤੇ ਸੈਂਟਰਿਫਿਊਜ ਕੀਤਾ ਗਿਆ ਅਤੇ 800 µl ਅਤੇ 1000 µl 1X PBS ਨਾਲ ਦੋ ਵਾਰ ਧੋਤਾ ਗਿਆ। ਅੰਤ ਵਿੱਚ, ਪੈਲੇਟ ਨੂੰ 100 µl 1X PBS ਵਿੱਚ ਦੁਬਾਰਾ ਸਸਪੈਂਡ ਕਰੋ।
ਨਿਊ ਇੰਗਲੈਂਡ ਬਾਇਓਲੈਬਸ ਮੋਨਾਰਕ ਜੀਨੋਮਿਕ ਡੀਐਨਏ ਸ਼ੁੱਧੀਕਰਨ ਕਿੱਟ (ਨਿਊ ਇੰਗਲੈਂਡ ਬਾਇਓਲੈਬਸ, ਇਪਸਵਿਚ, ਐਮਏ, ਕੈਟ# T3010L) ਦੀ ਵਰਤੋਂ ਕਰਕੇ ਕੁੱਲ ਬੈਕਟੀਰੀਆ ਡੀਐਨਏ ਨੂੰ ਅਲੱਗ ਕੀਤਾ ਗਿਆ ਸੀ। ਕਿੱਟ ਦੇ ਨਾਲ ਪ੍ਰਦਾਨ ਕੀਤੀ ਗਈ ਮਿਆਰੀ ਓਪਰੇਟਿੰਗ ਪ੍ਰਕਿਰਿਆ ਵਿੱਚ ਥੋੜ੍ਹਾ ਬਦਲਾਅ ਕੀਤਾ ਗਿਆ ਹੈ। ਅੰਤਿਮ ਐਲੂਸ਼ਨ ਲਈ ਓਪਰੇਸ਼ਨ ਤੋਂ ਪਹਿਲਾਂ 60°C 'ਤੇ ਨਿਊਕਲੀਜ਼-ਮੁਕਤ ਪਾਣੀ ਨੂੰ ਇਨਕਿਊਬੇਟ ਕਰੋ ਅਤੇ ਬਣਾਈ ਰੱਖੋ। ਹਰੇਕ ਨਮੂਨੇ ਵਿੱਚ 10 µl ਪ੍ਰੋਟੀਨੇਜ K ਅਤੇ 3 µl RNase A ਸ਼ਾਮਲ ਕਰੋ। ਫਿਰ 100 µl ਸੈੱਲ ਲਾਈਸਿਸ ਬਫਰ ਸ਼ਾਮਲ ਕਰੋ ਅਤੇ ਹੌਲੀ-ਹੌਲੀ ਮਿਲਾਓ। ਫਿਰ ਨਮੂਨਿਆਂ ਨੂੰ ਐਪੇਨਡੋਰਫ™ ਥਰਮੋਮਿਕਸਰ ਸੀ ਵਿੱਚ 56°C ਅਤੇ 1400 rpm 'ਤੇ ਘੱਟੋ-ਘੱਟ 1 ਘੰਟਾ ਅਤੇ 3 ਘੰਟਿਆਂ ਤੱਕ ਇਨਕਿਊਬੇਟ ਕੀਤਾ ਗਿਆ। ਇਨਕਿਊਬੇਟ ਕੀਤੇ ਨਮੂਨਿਆਂ ਨੂੰ 12,000 RCF 'ਤੇ 3 ਮਿੰਟ ਲਈ ਸੈਂਟਰਿਫਿਊਜ ਕੀਤਾ ਗਿਆ ਸੀ ਅਤੇ ਹਰੇਕ ਨਮੂਨੇ ਤੋਂ ਸੁਪਰਨੇਟੈਂਟ ਨੂੰ 400 µL ਬਾਈਡਿੰਗ ਘੋਲ ਵਾਲੀ ਇੱਕ ਵੱਖਰੀ 1.5 mL ਮਾਈਕ੍ਰੋਸੈਂਟਰੀਫਿਊਜ ਟਿਊਬ ਵਿੱਚ ਟ੍ਰਾਂਸਫਰ ਕੀਤਾ ਗਿਆ ਸੀ। ਫਿਰ ਟਿਊਬਾਂ ਨੂੰ 1 ਸਕਿੰਟ ਦੇ ਅੰਤਰਾਲ 'ਤੇ 5-10 ਸਕਿੰਟਾਂ ਲਈ ਪਲਸ ਵੌਰਟੈਕਸ ਕੀਤਾ ਗਿਆ। ਹਰੇਕ ਨਮੂਨੇ ਦੀ ਪੂਰੀ ਤਰਲ ਸਮੱਗਰੀ (ਲਗਭਗ 600-700 µL) ਨੂੰ ਇੱਕ ਫਲੋ-ਥਰੂ ਕਲੈਕਸ਼ਨ ਟਿਊਬ ਵਿੱਚ ਰੱਖੇ ਫਿਲਟਰ ਕਾਰਟ੍ਰੀਜ ਵਿੱਚ ਟ੍ਰਾਂਸਫਰ ਕਰੋ। ਟਿਊਬਾਂ ਨੂੰ ਸ਼ੁਰੂਆਤੀ ਡੀਐਨਏ ਬਾਈਡਿੰਗ ਦੀ ਆਗਿਆ ਦੇਣ ਲਈ 3 ਮਿੰਟ ਲਈ 1,000 RCF 'ਤੇ ਸੈਂਟਰਿਫਿਊਜ ਕੀਤਾ ਗਿਆ ਸੀ ਅਤੇ ਫਿਰ ਬਚੇ ਹੋਏ ਤਰਲ ਨੂੰ ਹਟਾਉਣ ਲਈ 1 ਮਿੰਟ ਲਈ 12,000 RCF 'ਤੇ ਸੈਂਟਰਿਫਿਊਜ ਕੀਤਾ ਗਿਆ ਸੀ। ਨਮੂਨਾ ਕਾਲਮ ਨੂੰ ਇੱਕ ਨਵੀਂ ਕਲੈਕਸ਼ਨ ਟਿਊਬ ਵਿੱਚ ਟ੍ਰਾਂਸਫਰ ਕੀਤਾ ਗਿਆ ਸੀ ਅਤੇ ਫਿਰ ਦੋ ਵਾਰ ਧੋਤਾ ਗਿਆ ਸੀ। ਪਹਿਲੀ ਵਾਰ ਧੋਣ ਲਈ, ਹਰੇਕ ਟਿਊਬ ਵਿੱਚ 500 µL ਵਾਸ਼ ਬਫਰ ਪਾਓ। ਟਿਊਬ ਨੂੰ 3-5 ਵਾਰ ਉਲਟਾਓ ਅਤੇ ਫਿਰ 1 ਮਿੰਟ ਲਈ 12,000 RCF 'ਤੇ ਸੈਂਟਰਿਫਿਊਜ ਕਰੋ। ਕਲੈਕਸ਼ਨ ਟਿਊਬ ਤੋਂ ਤਰਲ ਨੂੰ ਕੱਢ ਦਿਓ ਅਤੇ ਫਿਲਟਰ ਕਾਰਟ੍ਰੀਜ ਨੂੰ ਉਸੇ ਕਲੈਕਸ਼ਨ ਟਿਊਬ ਵਿੱਚ ਵਾਪਸ ਰੱਖੋ। ਦੂਜੀ ਵਾਰ ਧੋਣ ਲਈ, ਬਿਨਾਂ ਉਲਟਾਏ ਫਿਲਟਰ ਵਿੱਚ 500 µL ਵਾਸ਼ ਬਫਰ ਪਾਓ। ਨਮੂਨਿਆਂ ਨੂੰ 1 ਮਿੰਟ ਲਈ 12,000 RCF 'ਤੇ ਸੈਂਟਰਿਫਿਊਜ ਕੀਤਾ ਗਿਆ ਸੀ। ਫਿਲਟਰ ਨੂੰ 1.5 ਮਿ.ਲੀ. LoBind® ਟਿਊਬ ਵਿੱਚ ਟ੍ਰਾਂਸਫਰ ਕਰੋ ਅਤੇ 100 µL ਪਹਿਲਾਂ ਤੋਂ ਗਰਮ ਕੀਤਾ ਨਿਊਕਲੀਜ਼-ਮੁਕਤ ਪਾਣੀ ਪਾਓ। ਫਿਲਟਰਾਂ ਨੂੰ ਕਮਰੇ ਦੇ ਤਾਪਮਾਨ 'ਤੇ 1 ਮਿੰਟ ਲਈ ਇਨਕਿਊਬੇਟ ਕੀਤਾ ਗਿਆ ਸੀ ਅਤੇ ਫਿਰ 12,000 RCF 'ਤੇ 1 ਮਿੰਟ ਲਈ ਸੈਂਟਰਿਫਿਊਜ ਕੀਤਾ ਗਿਆ ਸੀ। ਐਲੂਟਿਡ DNA ਨੂੰ -80°C 'ਤੇ ਸਟੋਰ ਕੀਤਾ ਗਿਆ ਸੀ।
ਡੀਐਨਏ ਗਾੜ੍ਹਾਪਣ ਨੂੰ ਕਿਊਬਿਟ™ 4.0 ਫਲੋਰੋਮੀਟਰ ਦੀ ਵਰਤੋਂ ਕਰਕੇ ਮਾਪਿਆ ਗਿਆ ਸੀ। ਡੀਐਨਏ ਨੂੰ ਨਿਰਮਾਤਾ ਦੀਆਂ ਹਦਾਇਤਾਂ ਅਨੁਸਾਰ ਕਿਊਬਿਟ™ 1X dsDNA ਉੱਚ ਸੰਵੇਦਨਸ਼ੀਲਤਾ ਕਿੱਟ (ਕੈਟ. ਨੰ. Q33231) ਦੀ ਵਰਤੋਂ ਕਰਕੇ ਤਿਆਰ ਕੀਤਾ ਗਿਆ ਸੀ। ਡੀਐਨਏ ਖੰਡ ਦੀ ਲੰਬਾਈ ਵੰਡ ਨੂੰ ਐਗਲੀਏਂਟ™ 4150 ਜਾਂ 4200 ਟੇਪਸਟੇਸ਼ਨ ਦੀ ਵਰਤੋਂ ਕਰਕੇ ਮਾਪਿਆ ਗਿਆ ਸੀ। ਡੀਐਨਏ ਨੂੰ ਐਗਲੀਏਂਟ™ ਜੀਨੋਮਿਕ ਡੀਐਨਏ ਰੀਐਜੈਂਟਸ (ਕੈਟ. ਨੰ. 5067-5366) ਅਤੇ ਜੀਨੋਮਿਕ ਡੀਐਨਏ ਸਕ੍ਰੀਨਟੇਪ (ਕੈਟ. ਨੰ. 5067-5365) ਦੀ ਵਰਤੋਂ ਕਰਕੇ ਤਿਆਰ ਕੀਤਾ ਗਿਆ ਸੀ। ਨਿਰਮਾਤਾ ਦੀਆਂ ਹਦਾਇਤਾਂ ਅਨੁਸਾਰ ਆਕਸਫੋਰਡ ਨੈਨੋਪੋਰ ਟੈਕਨਾਲੋਜੀਜ਼™ (ONT) ਰੈਪਿਡ ਪੀਸੀਆਰ ਬਾਰਕੋਡਿੰਗ ਕਿੱਟ (SQK-RPB004) ਦੀ ਵਰਤੋਂ ਕਰਕੇ ਲਾਇਬ੍ਰੇਰੀ ਦੀ ਤਿਆਰੀ ਕੀਤੀ ਗਈ ਸੀ। ਡੀਐਨਏ ਨੂੰ ਇੱਕ ONT GridION™ Mk1 ਸੀਕੁਏਂਸਰ ਦੀ ਵਰਤੋਂ ਕਰਕੇ ਇੱਕ Min106D ਫਲੋ ਸੈੱਲ (R 9.4.1) ਨਾਲ ਸੀਕੁਏਂਸਰ ਕੀਤਾ ਗਿਆ ਸੀ। ਸੀਕੁਏਂਸਿੰਗ ਸੈਟਿੰਗਾਂ ਸਨ: ਉੱਚ ਸ਼ੁੱਧਤਾ ਬੇਸ ਕਾਲਿੰਗ, ਘੱਟੋ-ਘੱਟ q ਮੁੱਲ 9, ਬਾਰਕੋਡ ਸੈੱਟਅੱਪ, ਅਤੇ ਬਾਰਕੋਡ ਟ੍ਰਿਮ। ਨਮੂਨਿਆਂ ਨੂੰ 72 ਘੰਟਿਆਂ ਲਈ ਕ੍ਰਮਬੱਧ ਕੀਤਾ ਗਿਆ, ਜਿਸ ਤੋਂ ਬਾਅਦ ਅੱਗੇ ਦੀ ਪ੍ਰਕਿਰਿਆ ਅਤੇ ਵਿਸ਼ਲੇਸ਼ਣ ਲਈ ਬੇਸ ਕਾਲ ਡੇਟਾ ਜਮ੍ਹਾਂ ਕਰਵਾਇਆ ਗਿਆ।
ਬਾਇਓਇਨਫਾਰਮੈਟਿਕਸ ਪ੍ਰੋਸੈਸਿੰਗ ਪਹਿਲਾਂ ਦੱਸੇ ਗਏ ਤਰੀਕਿਆਂ (ਗ੍ਰੀਨਮੈਨ ਐਟ ਅਲ., 2024) ਦੀ ਵਰਤੋਂ ਕਰਕੇ ਕੀਤੀ ਗਈ ਸੀ। ਸੀਕੁਐਂਸਿੰਗ ਤੋਂ ਪ੍ਰਾਪਤ FASTQ ਫਾਈਲਾਂ ਨੂੰ ਹਰੇਕ ਨਮੂਨੇ ਲਈ ਡਾਇਰੈਕਟਰੀਆਂ ਵਿੱਚ ਵੰਡਿਆ ਗਿਆ ਸੀ। ਬਾਇਓਇਨਫਾਰਮੈਟਿਕਸ ਵਿਸ਼ਲੇਸ਼ਣ ਤੋਂ ਪਹਿਲਾਂ, ਡੇਟਾ ਨੂੰ ਹੇਠ ਲਿਖੀ ਪਾਈਪਲਾਈਨ ਦੀ ਵਰਤੋਂ ਕਰਕੇ ਪ੍ਰੋਸੈਸ ਕੀਤਾ ਜਾਂਦਾ ਸੀ: ਪਹਿਲਾਂ, ਨਮੂਨਿਆਂ ਦੀਆਂ FASTQ ਫਾਈਲਾਂ ਨੂੰ ਇੱਕ ਸਿੰਗਲ FASTQ ਫਾਈਲ ਵਿੱਚ ਮਿਲਾਇਆ ਜਾਂਦਾ ਸੀ। ਫਿਰ, 1000 bp ਤੋਂ ਘੱਟ ਪੜ੍ਹਨ ਵਾਲੇ ਫਿਲਟਲੌਂਗ v. 0.2.1 ਦੀ ਵਰਤੋਂ ਕਰਕੇ ਫਿਲਟਰ ਕੀਤੇ ਗਏ ਸਨ, ਜਿਸ ਵਿੱਚ ਇੱਕੋ ਇੱਕ ਪੈਰਾਮੀਟਰ ਬਦਲਿਆ ਗਿਆ ਸੀ -min_length 1000 (ਵਿਕ, 2024)। ਹੋਰ ਫਿਲਟਰ ਕਰਨ ਤੋਂ ਪਹਿਲਾਂ, ਪੜ੍ਹਨ ਦੀ ਗੁਣਵੱਤਾ ਨੂੰ ਹੇਠ ਲਿਖੇ ਪੈਰਾਮੀਟਰਾਂ ਨਾਲ NanoPlot v. 1.41.3 ਦੀ ਵਰਤੋਂ ਕਰਕੇ ਨਿਯੰਤਰਿਤ ਕੀਤਾ ਗਿਆ ਸੀ: -fastq -plots dot -N50 -o(ਡੀ ਕੋਸਟਰ ਅਤੇ ਰੈਡੇਮੇਕਰਸ, 2023)। ਰੀਡਜ਼ ਨੂੰ ਮਾਊਸ ਰੈਫਰੈਂਸ ਜੀਨੋਮ GRCm39 (GCF_000001635.27) ਨਾਲ ਮਿਨੀਮੈਪ2 v. 2.24-r1122 ਦੀ ਵਰਤੋਂ ਕਰਕੇ ਹੇਠਾਂ ਦਿੱਤੇ ਪੈਰਾਮੀਟਰਾਂ ਨਾਲ ਹੋਸਟ-ਦੂਸ਼ਿਤ ਰੀਡਜ਼ ਨੂੰ ਹਟਾਉਣ ਲਈ ਇਕਸਾਰ ਕੀਤਾ ਗਿਆ ਸੀ: -L -ax map-ont(ਲੀ, 2018)। ਤਿਆਰ ਕੀਤੀਆਂ ਅਲਾਈਨਮੈਂਟ ਫਾਈਲਾਂ ਨੂੰ samtools v. 1.16.1 ਵਿੱਚ samtools view -b (Danecek et al., 2021) ਦੀ ਵਰਤੋਂ ਕਰਕੇ BAM ਫਾਰਮੈਟ ਵਿੱਚ ਬਦਲਿਆ ਗਿਆ ਸੀ। ਫਿਰ samtools view -b -f 4 ਦੀ ਵਰਤੋਂ ਕਰਕੇ ਅਨਲਾਈਨਡ ਰੀਡਜ਼ ਦੀ ਪਛਾਣ ਕੀਤੀ ਗਈ, ਜੋ ਇਹ ਦਰਸਾਉਂਦੀ ਹੈ ਕਿ ਇਹ ਰੀਡਜ਼ ਹੋਸਟ ਜੀਨੋਮ ਨਾਲ ਸਬੰਧਤ ਨਹੀਂ ਸਨ। ਡਿਫਾਲਟ ਪੈਰਾਮੀਟਰਾਂ ਦੇ ਨਾਲ samtools bam2fq ਦੀ ਵਰਤੋਂ ਕਰਕੇ ਅਨਲਾਈਨਡ ਰੀਡਜ਼ ਨੂੰ FASTQ ਫਾਰਮੈਟ ਵਿੱਚ ਵਾਪਸ ਬਦਲਿਆ ਗਿਆ ਸੀ। ਨੈਨੋਪਲਾਟ ਨੂੰ ਪਹਿਲਾਂ ਦੱਸੀਆਂ ਗਈਆਂ ਸੈਟਿੰਗਾਂ ਦੀ ਵਰਤੋਂ ਕਰਕੇ ਹੋਰ ਫਿਲਟਰ ਕੀਤੇ ਰੀਡਜ਼ 'ਤੇ ਦੁਬਾਰਾ ਚਲਾਇਆ ਗਿਆ ਸੀ। ਫਿਲਟਰ ਕਰਨ ਤੋਂ ਬਾਅਦ, ਮੈਟੇਜਨੋਮਿਕ ਡੇਟਾ ਨੂੰ ਮੈਟਫਲਾਈ v. 2.8.2-b1689 ਦੀ ਵਰਤੋਂ ਕਰਕੇ ਹੇਠ ਲਿਖੇ ਪੈਰਾਮੀਟਰਾਂ ਨਾਲ ਇਕੱਠਾ ਕੀਤਾ ਗਿਆ ਸੀ: –nano-raw–meta (ਕੋਲਮੋਗੋਰੋਵ ਐਟ ਅਲ., 2020)। ਬਾਕੀ ਪੈਰਾਮੀਟਰਾਂ ਨੂੰ ਉਹਨਾਂ ਦੇ ਡਿਫਾਲਟ ਮੁੱਲਾਂ 'ਤੇ ਛੱਡ ਦਿਓ। ਅਸੈਂਬਲੀ ਤੋਂ ਬਾਅਦ, ਫਿਲਟਰ ਕੀਤੇ ਰੀਡਾਂ ਨੂੰ minimap2 ਦੀ ਵਰਤੋਂ ਕਰਕੇ ਅਸੈਂਬਲੀ ਵਿੱਚ ਮੈਪ ਕੀਤਾ ਗਿਆ ਸੀ, ਅਤੇ -ax map-ont ਪੈਰਾਮੀਟਰ ਦੀ ਵਰਤੋਂ SAM ਫਾਰਮੈਟ ਵਿੱਚ ਇੱਕ ਅਲਾਈਨਮੈਂਟ ਫਾਈਲ ਤਿਆਰ ਕਰਨ ਲਈ ਕੀਤੀ ਗਈ ਸੀ। ਅਸੈਂਬਲੀ ਨੂੰ ਪਹਿਲਾਂ racon v. 1.4.20 ਦੀ ਵਰਤੋਂ ਕਰਕੇ ਹੇਠ ਲਿਖੇ ਪੈਰਾਮੀਟਰਾਂ ਨਾਲ ਸੁਧਾਰਿਆ ਗਿਆ ਸੀ: -m 8 -x -6 -g -8 -w 500 -u (Vaser et al., 2017)। racon ਦੇ ਪੂਰਾ ਹੋਣ ਤੋਂ ਬਾਅਦ, ਇਸਨੂੰ medaka v. 1.7.2 ਨਾਲ ਹੋਰ ਸੁਧਾਰਿਆ ਗਿਆ ਸੀ, medaka_consesus ਦੀ ਵਰਤੋਂ ਕਰਦੇ ਹੋਏ, -m ਪੈਰਾਮੀਟਰ ਨੂੰ ਛੱਡ ਕੇ ਸਾਰੇ ਪੈਰਾਮੀਟਰਾਂ ਨੂੰ ਉਹਨਾਂ ਦੇ ਡਿਫਾਲਟ ਮੁੱਲਾਂ 'ਤੇ ਛੱਡ ਦਿੱਤਾ ਗਿਆ ਸੀ। -m ਪੈਰਾਮੀਟਰ ਨੂੰ ਸਾਡੇ ਡੇਟਾ (nanoporetech/medaka, 2024) ਲਈ ਵਰਤੇ ਜਾਣ ਵਾਲੇ ਫਲੋ ਸੈੱਲ ਕੈਮਿਸਟਰੀ ਅਤੇ ਉੱਚ-ਸ਼ੁੱਧਤਾ ਬੇਸ ਕਾਲਿੰਗ ਨੂੰ ਨਿਰਧਾਰਤ ਕਰਨ ਲਈ r941_min_hac_g507 'ਤੇ ਸੈੱਟ ਕੀਤਾ ਗਿਆ ਹੈ। ਫਿਲਟਰ ਕੀਤੇ ਡੇਟਾ (ਇਸ ਤੋਂ ਬਾਅਦ ਮਾਈਕ੍ਰੋਬਾਇਲ ਡੇਟਾ ਵਜੋਂ ਜਾਣਿਆ ਜਾਂਦਾ ਹੈ) ਅਤੇ ਅੰਤਿਮ ਸਾਫ਼ ਕੀਤੇ ਗਏ ਅਸੈਂਬਲੀ ਨੂੰ ਬਾਅਦ ਦੇ ਵਿਸ਼ਲੇਸ਼ਣ ਲਈ ਵਰਤਿਆ ਗਿਆ ਸੀ।
ਟੈਕਸੋਨੋਮਿਕ ਵਰਗੀਕਰਣ ਲਈ, ਰੀਡ ਅਤੇ ਅਸੈਂਬਲਡ ਕੰਟਿਗ ਨੂੰ ਕ੍ਰੈਕਨ2 ਬਨਾਮ 2.1.2 (ਵੁੱਡ ਐਟ ਅਲ., 2019) ਦੀ ਵਰਤੋਂ ਕਰਕੇ ਵਰਗੀਕ੍ਰਿਤ ਕੀਤਾ ਗਿਆ ਸੀ। ਰੀਡ ਅਤੇ ਅਸੈਂਬਲੀਆਂ ਲਈ ਕ੍ਰਮਵਾਰ ਰਿਪੋਰਟਾਂ ਅਤੇ ਆਉਟਪੁੱਟ ਫਾਈਲਾਂ ਤਿਆਰ ਕਰੋ। ਰੀਡ ਅਤੇ ਅਸੈਂਬਲੀਆਂ ਦਾ ਵਿਸ਼ਲੇਸ਼ਣ ਕਰਨ ਲਈ -ਯੂਜ਼-ਨਾਮ ਵਿਕਲਪ ਦੀ ਵਰਤੋਂ ਕਰੋ। ਰੀਡ ਸੈਗਮੈਂਟਾਂ ਲਈ -ਜੀਜ਼ਿਪ-ਕੰਪ੍ਰੈਸਡ ਅਤੇ -ਪੇਅਰਡ ਵਿਕਲਪ ਨਿਰਧਾਰਤ ਕੀਤੇ ਗਏ ਹਨ। ਬ੍ਰੈਕਨ ਬਨਾਮ 2.8 (ਲੂ ਐਟ ਅਲ., 2017) ਦੀ ਵਰਤੋਂ ਕਰਕੇ ਮੈਟਾਜੇਨੋਮ ਵਿੱਚ ਟੈਕਸਾ ਦੀ ਸਾਪੇਖਿਕ ਭਰਪੂਰਤਾ ਦਾ ਅਨੁਮਾਨ ਲਗਾਇਆ ਗਿਆ ਸੀ। ਅਸੀਂ ਪਹਿਲਾਂ ਹੇਠਾਂ ਦਿੱਤੇ ਪੈਰਾਮੀਟਰਾਂ ਨਾਲ ਬ੍ਰੈਕਨ-ਬਿਲਡ ਦੀ ਵਰਤੋਂ ਕਰਕੇ 1000 ਬੇਸਾਂ ਵਾਲਾ ਇੱਕ kmer ਡੇਟਾਬੇਸ ਬਣਾਇਆ: -d-k 35 -l 1000 ਇੱਕ ਵਾਰ ਬਣ ਜਾਣ ਤੋਂ ਬਾਅਦ, ਬ੍ਰੈਕਨ kraken2 ਦੁਆਰਾ ਤਿਆਰ ਕੀਤੀ ਰਿਪੋਰਟ ਦੇ ਆਧਾਰ 'ਤੇ ਚੱਲਦਾ ਹੈ ਅਤੇ ਹੇਠ ਲਿਖੇ ਵਿਕਲਪਾਂ ਦੀ ਵਰਤੋਂ ਕਰਕੇ ਡੇਟਾ ਨੂੰ ਫਿਲਟਰ ਕਰਦਾ ਹੈ: -d -I -O-ਪੀ 1000 -ਐਲ

ਇਹਨਾਂ ਵਿੱਚੋਂ, ਵਿਸ਼ਲੇਸ਼ਣ ਕੀਤੇ ਜਾ ਰਹੇ ਵਰਗੀਕਰਨ ਪੱਧਰ ਦੇ ਅਧਾਰ ਤੇ P, G ਜਾਂ S ਦੀ ਚੋਣ ਕੀਤੀ ਜਾਂਦੀ ਹੈ। ਗਲਤ ਸਕਾਰਾਤਮਕ ਵਰਗੀਕਰਨ ਦੇ ਪ੍ਰਭਾਵ ਨੂੰ ਘੱਟ ਕਰਨ ਲਈ, 1e-4 (1/10,000 ਰੀਡ) ਦੀ ਘੱਟੋ-ਘੱਟ ਸਾਪੇਖਿਕ ਭਰਪੂਰਤਾ ਥ੍ਰੈਸ਼ਹੋਲਡ ਅਪਣਾਈ ਗਈ ਸੀ। ਅੰਕੜਾ ਵਿਸ਼ਲੇਸ਼ਣ ਤੋਂ ਪਹਿਲਾਂ, ਬ੍ਰੈਕਨ (fraction_total_reads) ਦੁਆਰਾ ਰਿਪੋਰਟ ਕੀਤੀ ਗਈ ਸਾਪੇਖਿਕ ਭਰਪੂਰਤਾ ਨੂੰ ਕੇਂਦਰਿਤ ਲੌਗ-ਅਨੁਪਾਤ (CLR) ਪਰਿਵਰਤਨ (Aitchison, 1982) ਦੀ ਵਰਤੋਂ ਕਰਕੇ ਬਦਲਿਆ ਗਿਆ ਸੀ। CLR ਵਿਧੀ ਨੂੰ ਡੇਟਾ ਪਰਿਵਰਤਨ ਲਈ ਚੁਣਿਆ ਗਿਆ ਸੀ ਕਿਉਂਕਿ ਇਹ ਸਕੇਲ-ਇਨਵੇਰੀਐਂਟ ਹੈ ਅਤੇ ਗੈਰ-ਸਪਾਰਸ ਡੇਟਾਸੈਟਾਂ ਲਈ ਕਾਫ਼ੀ ਹੈ (Gloor et al., 2017)। CLR ਪਰਿਵਰਤਨ ਕੁਦਰਤੀ ਲਘੂਗਣਕ ਦੀ ਵਰਤੋਂ ਕਰਦਾ ਹੈ। ਬ੍ਰੈਕਨ ਦੁਆਰਾ ਰਿਪੋਰਟ ਕੀਤੇ ਗਏ ਗਿਣਤੀ ਡੇਟਾ ਨੂੰ ਸਾਪੇਖਿਕ ਲੌਗ ਪ੍ਰਗਟਾਵੇ (RLE) (Anders and Huber, 2010) ਦੀ ਵਰਤੋਂ ਕਰਕੇ ਸਧਾਰਣ ਕੀਤਾ ਗਿਆ ਸੀ। ਅੰਕੜੇ matplotlib v. 3.7.1, seaborn v. 3.7.2 ਅਤੇ ਕ੍ਰਮਵਾਰ ਲਘੂਗਣਕ (Gloor et al., 2017) ਦੇ ਸੁਮੇਲ ਦੀ ਵਰਤੋਂ ਕਰਕੇ ਤਿਆਰ ਕੀਤੇ ਗਏ ਸਨ। 0.12.2 ਅਤੇ ਸਟੈਨਟੋਨੇਟੇਸ਼ਨਜ਼ v. 0.5.0 (ਹੰਟਰ, 2007; ਵਾਸਕੋਮ, 2021; ਚਾਰਲੀਅਰ ਐਟ ਅਲ., 2022)। ਹਰੇਕ ਨਮੂਨੇ ਲਈ ਬੇਸਿਲਸ/ਬੈਕਟੀਰੋਇਡੇਟਸ ਅਨੁਪਾਤ ਦੀ ਗਣਨਾ ਆਮ ਬੈਕਟੀਰੀਆ ਗਿਣਤੀਆਂ ਦੀ ਵਰਤੋਂ ਕਰਕੇ ਕੀਤੀ ਗਈ ਸੀ। ਟੇਬਲਾਂ ਵਿੱਚ ਰਿਪੋਰਟ ਕੀਤੇ ਗਏ ਮੁੱਲਾਂ ਨੂੰ 4 ਦਸ਼ਮਲਵ ਸਥਾਨਾਂ 'ਤੇ ਗੋਲ ਕੀਤਾ ਗਿਆ ਹੈ। ਸਿੰਪਸਨ ਡਾਇਵਰਸਿਟੀ ਇੰਡੈਕਸ ਦੀ ਗਣਨਾ KrakenTools v. 1.2 ਪੈਕੇਜ (Lu et al., 2022) ਵਿੱਚ ਪ੍ਰਦਾਨ ਕੀਤੀ ਗਈ alpha_diversity.py ਸਕ੍ਰਿਪਟ ਦੀ ਵਰਤੋਂ ਕਰਕੇ ਕੀਤੀ ਗਈ ਸੀ। ਬ੍ਰੈਕਨ ਰਿਪੋਰਟ ਸਕ੍ਰਿਪਟ ਵਿੱਚ ਪ੍ਰਦਾਨ ਕੀਤੀ ਗਈ ਹੈ ਅਤੇ ਸਿੰਪਸਨ ਇੰਡੈਕਸ "Si" -an ਪੈਰਾਮੀਟਰ ਲਈ ਪ੍ਰਦਾਨ ਕੀਤਾ ਗਿਆ ਹੈ। ਭਰਪੂਰਤਾ ਵਿੱਚ ਮਹੱਤਵਪੂਰਨ ਅੰਤਰਾਂ ਨੂੰ ਔਸਤ CLR ਅੰਤਰ ≥ 1 ਜਾਂ ≤ -1 ਵਜੋਂ ਪਰਿਭਾਸ਼ਿਤ ਕੀਤਾ ਗਿਆ ਸੀ। ±1 ਦਾ ਔਸਤ CLR ਅੰਤਰ ਇੱਕ ਨਮੂਨਾ ਕਿਸਮ ਦੀ ਭਰਪੂਰਤਾ ਵਿੱਚ 2.7 ਗੁਣਾ ਵਾਧਾ ਦਰਸਾਉਂਦਾ ਹੈ। ਚਿੰਨ੍ਹ (+/-) ਦਰਸਾਉਂਦਾ ਹੈ ਕਿ ਕੀ ਟੈਕਸਨ ਕ੍ਰਮਵਾਰ PPA ਨਮੂਨੇ ਅਤੇ ਨਿਯੰਤਰਣ ਨਮੂਨੇ ਵਿੱਚ ਵਧੇਰੇ ਭਰਪੂਰ ਹੈ। ਮਾਨ-ਵਿਟਨੀ ਯੂ ਟੈਸਟ (ਵਿਰਟਾਨੇਨ ਐਟ ਅਲ., 2020) ਦੀ ਵਰਤੋਂ ਕਰਕੇ ਮਹੱਤਵ ਨਿਰਧਾਰਤ ਕੀਤਾ ਗਿਆ ਸੀ। ਸਟੈਟਸਮਾਡਲ ਬਨਾਮ 0.14 (ਬੈਂਜਾਮਿਨੀ ਅਤੇ ਹੋਚਬਰਗ, 1995; ਸੀਬੋਲਡ ਅਤੇ ਪਰਕਟੋਲਡ, 2010) ਦੀ ਵਰਤੋਂ ਕੀਤੀ ਗਈ ਸੀ, ਅਤੇ ਬੈਂਜਾਮਿਨੀ-ਹੋਚਬਰਗ ਪ੍ਰਕਿਰਿਆ ਨੂੰ ਮਲਟੀਪਲ ਟੈਸਟਿੰਗ ਲਈ ਸੁਧਾਰ ਲਈ ਲਾਗੂ ਕੀਤਾ ਗਿਆ ਸੀ। ਅੰਕੜਾਤਮਕ ਮਹੱਤਵ ਨਿਰਧਾਰਤ ਕਰਨ ਲਈ ਇੱਕ ਐਡਜਸਟਡ ਪੀ-ਮੁੱਲ ≤ 0.05 ਦੀ ਵਰਤੋਂ ਥ੍ਰੈਸ਼ਹੋਲਡ ਵਜੋਂ ਕੀਤੀ ਗਈ ਸੀ।
ਜੀਨ ਐਨੋਟੇਸ਼ਨ ਅਤੇ ਸਾਪੇਖਿਕ ਭਰਪੂਰਤਾ ਦਾ ਅਨੁਮਾਨ ਮਾਰੰਗਾ ਐਟ ਅਲ. (ਮਾਰੰਗਾ ਐਟ ਅਲ., 2023) ਦੁਆਰਾ ਵਰਣਿਤ ਪ੍ਰੋਟੋਕੋਲ ਦੇ ਇੱਕ ਸੋਧੇ ਹੋਏ ਸੰਸਕਰਣ ਦੀ ਵਰਤੋਂ ਕਰਕੇ ਕੀਤਾ ਗਿਆ ਸੀ। ਪਹਿਲਾਂ, SeqKit v. 2.5.1 (ਸ਼ੇਨ ਐਟ ਅਲ., 2016) ਦੀ ਵਰਤੋਂ ਕਰਕੇ ਸਾਰੀਆਂ ਅਸੈਂਬਲੀਆਂ ਤੋਂ 500 bp ਤੋਂ ਛੋਟੇ ਕੰਟਿਗ ਹਟਾ ਦਿੱਤੇ ਗਏ ਸਨ। ਫਿਰ ਚੁਣੀਆਂ ਗਈਆਂ ਅਸੈਂਬਲੀਆਂ ਨੂੰ ਇੱਕ ਪੈਨ-ਮੈਟਾਜੇਨੋਮ ਵਿੱਚ ਜੋੜਿਆ ਗਿਆ ਸੀ। ਪ੍ਰੋਡੀਗਲ v. 1.0.1 (ਪ੍ਰੋਡੀਗਲ v. 2.6.3 ਦਾ ਇੱਕ ਸਮਾਨਾਂਤਰ ਸੰਸਕਰਣ) ਦੀ ਵਰਤੋਂ ਕਰਕੇ ਓਪਨ ਰੀਡਿੰਗ ਫਰੇਮ (ORFs) ਦੀ ਪਛਾਣ ਹੇਠ ਲਿਖੇ ਪੈਰਾਮੀਟਰਾਂ ਨਾਲ ਕੀਤੀ ਗਈ ਸੀ: -d-f gff-i -O-T 24 -p meta -C 10000 (Hyett et al., 2012; Jaenicke, 2024)। ਨਤੀਜੇ ਵਜੋਂ ਪ੍ਰਾਪਤ ਨਿਊਕਲੀਓਟਾਈਡ ਫਾਈਲਾਂ ਨੂੰ ਫਿਰ ਪਾਈਥਨ ਦੀ ਵਰਤੋਂ ਕਰਕੇ ਸਾਰੇ ਅਧੂਰੇ ਜੀਨਾਂ ਨੂੰ ਹਟਾਉਣ ਲਈ ਫਿਲਟਰ ਕੀਤਾ ਗਿਆ। ਫਿਰ CD-HIT v. 4.8.1 ਦੀ ਵਰਤੋਂ ਹੇਠ ਲਿਖੇ ਪੈਰਾਮੀਟਰਾਂ ਨਾਲ ਜੀਨਾਂ ਨੂੰ ਕਲੱਸਟਰ ਕਰਨ ਲਈ ਕੀਤੀ ਗਈ: cd-hit-est -i -O-c 0.95 -s 0.85 -aS 0.9 -n 10 -d 256 -M 350000 -T 24 -l 100 -g 1 (Fu et al., 2012)। ਤਿਆਰ ਕੀਤੇ ਗੈਰ-ਰਿਡੰਡੈਂਟ ਜੀਨ ਕੈਟਾਲਾਗ ਦੀ ਵਰਤੋਂ ਜੀਨ ਭਰਪੂਰਤਾ ਅਤੇ ਐਨੋਟੇਸ਼ਨ ਦਾ ਅੰਦਾਜ਼ਾ ਲਗਾਉਣ ਲਈ ਕੀਤੀ ਗਈ ਸੀ। KMA v. 1.4.9 (Clausen et al., 2018) ਦੀ ਵਰਤੋਂ ਕਰਕੇ ਰਿਸ਼ਤੇਦਾਰ ਜੀਨ ਭਰਪੂਰਤਾ ਦਾ ਅੰਦਾਜ਼ਾ ਲਗਾਇਆ ਗਿਆ ਸੀ। ਪਹਿਲਾਂ, ਹੇਠ ਦਿੱਤੇ ਪੈਰਾਮੀਟਰਾਂ ਨਾਲ KMA ਸੂਚਕਾਂਕ ਦੀ ਵਰਤੋਂ ਕਰਕੇ ਇੱਕ ਸੂਚਕਾਂਕ ਫਾਈਲ ਬਣਾਓ: -i -Oਫਿਰ, ਬਾਇਓਇਨਫਾਰਮੈਟਿਕਸ ਪਾਈਪਲਾਈਨ ਭਾਗ ਵਿੱਚ ਦੱਸੇ ਗਏ ਹਰੇਕ ਨਮੂਨੇ ਲਈ ਮਾਈਕ੍ਰੋਬਾਇਲ ਰੀਡ ਦੇ ਨਾਲ ਤਿਆਰ ਕੀਤੇ ਸੂਚਕਾਂਕ ਦੀ ਵਰਤੋਂ ਕਰਦੇ ਹੋਏ, KMA ਨੂੰ ਹੇਠ ਲਿਖੇ ਪੈਰਾਮੀਟਰਾਂ ਨਾਲ ਚਲਾਇਆ ਗਿਆ ਸੀ: -i -O-ਟੀ_ਡੀਬੀ-bcNano -bc 0.7 -ef -t 24. ਫਿਰ, CLR ਦੀ ਵਰਤੋਂ ਕਰਕੇ ਜੀਨ ਗਿਣਤੀ ਨੂੰ ਆਮ ਬਣਾਇਆ ਗਿਆ, ਅਤੇ ਸਾਇੰਸ-ਕਿੱਟ ਲਰਨ ਦੇ ਪ੍ਰਿੰਸੀਪਲ ਕੰਪੋਨੈਂਟ ਵਿਸ਼ਲੇਸ਼ਣ (PCA) ਕਲਾਸ ਦੀ ਵਰਤੋਂ ਕੀਤੀ ਗਈ (Pedregosa et al., 2011)। ਭਵਿੱਖਬਾਣੀ ਕੀਤੀ ਗਈ ਜੀਨ ਐਨੋਟੇਸ਼ਨ eggNOG v. 2.1.12 ਦੀ emapper.py ਸਕ੍ਰਿਪਟ ਅਤੇ eggNOG ਡੇਟਾਬੇਸ ਸੰਸਕਰਣ 5.0.2 ਦੀ ਵਰਤੋਂ ਕਰਕੇ ਗੈਰ-ਰਿਡੰਡੈਂਟ ਜੀਨ ਕੈਟਾਲਾਗ 'ਤੇ ਹੇਠ ਲਿਖੇ ਪੈਰਾਮੀਟਰਾਂ ਨਾਲ ਕੀਤੀ ਗਈ ਸੀ: –itype CDS –cpu 24 -i- ਡਾਟਾ ਕੈਟਾਲਾਗ–go_evidence ਗੈਰ-ਇਲੈਕਟ੍ਰਾਨਿਕ – ਆਉਟਪੁੱਟ- ਆਉਟਪੁੱਟ ਡਾਇਰੈਕਟਰੀ–ਟਾਰਗੇਟ_ਆਰਥੋਲੋਗਸ ਸਾਰੇ –ਸੀਡ_ਆਰਥੋਲੋਗ_ਵੈਲਯੂ 0.001 –ਸੀਡ_ਆਰਥੋਲੋਗ_ਸਕੋਰ 60 –ਕਵੇਰੀ_ਕਵਰ 20 –ਸਬਜੈਕਟ_ਕਵਰ 0 –ਅਨੁਵਾਦ –ਓਵਰਰਾਈਡ –ਟੈਂਪ_ਡਾਇਰ(ਕੈਂਟਾਲਾਪੀਡਰਾ ਐਟ ਅਲ., 2021)। KMA ਨਤੀਜਿਆਂ ਦੀ ਜਾਂਚ ਕਾਫ਼ੀ ਟੈਂਪਲੇਟ ਕਵਰੇਜ ਅਤੇ ਟੈਂਪਲੇਟ ਪਛਾਣ (≥ 90%) ਅਤੇ ਭਰਪੂਰਤਾ (ਡੂੰਘਾਈ ≥ 3) ਵਾਲੇ ਜੀਨਾਂ ਦੀ ਚੋਣ ਕਰਨ ਲਈ ਕੀਤੀ ਗਈ ਸੀ। ਉੱਪਰ ਦੱਸੇ ਅਨੁਸਾਰ CLR ਦੀ ਵਰਤੋਂ ਕਰਕੇ KMA ਡੂੰਘਾਈ ਦੇ ਨਤੀਜਿਆਂ ਨੂੰ ਬਦਲਿਆ ਗਿਆ ਸੀ। ਫਿਰ KMA ਨਤੀਜਿਆਂ ਦੀ ਤੁਲਨਾ ਹਰੇਕ ਜੀਨ ਲਈ ਕੰਟਿਗ ਸਰੋਤ ਦੀ ਵਰਤੋਂ ਕਰਦੇ ਹੋਏ ਫੰਕਸ਼ਨਲ ਐਨੋਟੇਸ਼ਨ ਅਤੇ ਵਰਗੀਕਰਣ ਨਤੀਜਿਆਂ ਤੋਂ ਕੰਟਿਗ ਆਈਡੀ ਨਾਲ ਕੀਤੀ ਗਈ। ਟੈਕਸਾ ਵਾਂਗ, ਜੀਨ ਦੀ ਭਰਪੂਰਤਾ ਵਿੱਚ ਮਹੱਤਵਪੂਰਨ ਅੰਤਰਾਂ ਨੂੰ ਔਸਤ CLR ਅੰਤਰ ≥ 1 ਜਾਂ ≤ -1 ਵਾਲੇ ਜੀਨਾਂ ਵਜੋਂ ਪਰਿਭਾਸ਼ਿਤ ਕੀਤਾ ਗਿਆ ਸੀ, ਇੱਕ ਚਿੰਨ੍ਹ (+/-) ਦੇ ਨਾਲ ਜੋ ਦਰਸਾਉਂਦਾ ਹੈ ਕਿ ਜੀਨ ਕ੍ਰਮਵਾਰ PPA ਜਾਂ ਨਿਯੰਤਰਣ ਨਮੂਨਿਆਂ ਵਿੱਚ ਵਧੇਰੇ ਭਰਪੂਰ ਸੀ।
ਜੀਨਾਂ ਨੂੰ ਪਹਿਲਾਂ ਕਿਓਟੋ ਐਨਸਾਈਕਲੋਪੀਡੀਆ ਆਫ਼ ਜੀਨਜ਼ ਐਂਡ ਜੀਨੋਮਜ਼ (KEGG) ਆਰਥੋਲੋਗ (KO) ਪਛਾਣਕਰਤਾਵਾਂ ਦੇ ਅਨੁਸਾਰ ਸਮੂਹਬੱਧ ਕੀਤਾ ਗਿਆ ਸੀ ਜੋ ਕਿ ਜੀਨ ਪਾਥਵੇਅ ਭਰਪੂਰਤਾ ਦੀ ਤੁਲਨਾ ਕਰਨ ਲਈ eggNOG ਦੁਆਰਾ ਨਿਰਧਾਰਤ ਕੀਤੇ ਗਏ ਸਨ। ਵਿਸ਼ਲੇਸ਼ਣ ਤੋਂ ਪਹਿਲਾਂ ਨਾਕਆਊਟ ਤੋਂ ਬਿਨਾਂ ਜੀਨਾਂ ਜਾਂ ਕਈ ਨਾਕਆਊਟ ਵਾਲੇ ਜੀਨਾਂ ਨੂੰ ਹਟਾ ਦਿੱਤਾ ਗਿਆ ਸੀ। ਫਿਰ ਪ੍ਰਤੀ ਨਮੂਨਾ ਹਰੇਕ KO ਦੀ ਔਸਤ ਭਰਪੂਰਤਾ ਦੀ ਗਣਨਾ ਕੀਤੀ ਗਈ ਅਤੇ ਅੰਕੜਾ ਵਿਸ਼ਲੇਸ਼ਣ ਕੀਤਾ ਗਿਆ। PPA ਮੈਟਾਬੋਲਿਜ਼ਮ ਜੀਨਾਂ ਨੂੰ ਕਿਸੇ ਵੀ ਜੀਨ ਵਜੋਂ ਪਰਿਭਾਸ਼ਿਤ ਕੀਤਾ ਗਿਆ ਸੀ ਜਿਸਨੂੰ KEGG_Pathway ਕਾਲਮ ਵਿੱਚ ਇੱਕ ਕਤਾਰ ko00640 ਨਿਰਧਾਰਤ ਕੀਤਾ ਗਿਆ ਸੀ, ਜੋ KEGG ਦੇ ਅਨੁਸਾਰ ਪ੍ਰੋਪੀਓਨੇਟ ਮੈਟਾਬੋਲਿਜ਼ਮ ਵਿੱਚ ਭੂਮਿਕਾ ਨੂੰ ਦਰਸਾਉਂਦਾ ਹੈ। PPA ਉਤਪਾਦਨ ਨਾਲ ਜੁੜੇ ਵਜੋਂ ਪਛਾਣੇ ਗਏ ਜੀਨ ਪੂਰਕ ਸਾਰਣੀ 1 (ਰੀਚਰਡਟ ਐਟ ਅਲ., 2014; ਯਾਂਗ ਐਟ ਅਲ., 2017) ਵਿੱਚ ਸੂਚੀਬੱਧ ਹਨ। PPA ਮੈਟਾਬੋਲਿਜ਼ਮ ਅਤੇ ਉਤਪਾਦਨ ਜੀਨਾਂ ਦੀ ਪਛਾਣ ਕਰਨ ਲਈ ਪਰਮਿਊਟੇਸ਼ਨ ਟੈਸਟ ਕੀਤੇ ਗਏ ਸਨ ਜੋ ਹਰੇਕ ਨਮੂਨਾ ਕਿਸਮ ਵਿੱਚ ਕਾਫ਼ੀ ਜ਼ਿਆਦਾ ਭਰਪੂਰ ਸਨ। ਵਿਸ਼ਲੇਸ਼ਣ ਕੀਤੇ ਗਏ ਹਰੇਕ ਜੀਨ ਲਈ ਇੱਕ ਹਜ਼ਾਰ ਪਰਮਿਊਟੇਸ਼ਨ ਕੀਤੇ ਗਏ ਸਨ। ਅੰਕੜਾਤਮਕ ਮਹੱਤਤਾ ਨੂੰ ਨਿਰਧਾਰਤ ਕਰਨ ਲਈ 0.05 ਦਾ p-ਮੁੱਲ ਇੱਕ ਕੱਟਆਫ ਵਜੋਂ ਵਰਤਿਆ ਗਿਆ ਸੀ। ਕਲੱਸਟਰ ਦੇ ਅੰਦਰ ਪ੍ਰਤੀਨਿਧੀ ਜੀਨਾਂ ਦੇ ਐਨੋਟੇਸ਼ਨ ਦੇ ਆਧਾਰ 'ਤੇ ਇੱਕ ਕਲੱਸਟਰ ਦੇ ਅੰਦਰ ਵਿਅਕਤੀਗਤ ਜੀਨਾਂ ਨੂੰ ਫੰਕਸ਼ਨਲ ਐਨੋਟੇਸ਼ਨ ਨਿਰਧਾਰਤ ਕੀਤੇ ਗਏ ਸਨ। PPA ਮੈਟਾਬੋਲਿਜ਼ਮ ਅਤੇ/ਜਾਂ PPA ਉਤਪਾਦਨ ਨਾਲ ਜੁੜੇ ਟੈਕਸਾ ਨੂੰ EggNOG ਦੀ ਵਰਤੋਂ ਕਰਦੇ ਹੋਏ ਫੰਕਸ਼ਨਲ ਐਨੋਟੇਸ਼ਨ ਦੌਰਾਨ ਰੱਖੇ ਗਏ ਉਹੀ ਕੰਟੀਗ ਆਈਡੀ ਨਾਲ Kraken2 ਆਉਟਪੁੱਟ ਫਾਈਲਾਂ ਵਿੱਚ ਕੰਟੀਗ ਆਈਡੀ ਨਾਲ ਮੇਲ ਕਰਕੇ ਪਛਾਣਿਆ ਜਾ ਸਕਦਾ ਹੈ। ਪਹਿਲਾਂ ਦੱਸੇ ਗਏ ਮਾਨ-ਵਿਟਨੀ U ਟੈਸਟ ਦੀ ਵਰਤੋਂ ਕਰਕੇ ਮਹੱਤਵ ਜਾਂਚ ਕੀਤੀ ਗਈ ਸੀ। ਬੈਂਜਾਮਿਨੀ-ਹੋਚਬਰਗ ਪ੍ਰਕਿਰਿਆ ਦੀ ਵਰਤੋਂ ਕਰਕੇ ਮਲਟੀਪਲ ਟੈਸਟਿੰਗ ਲਈ ਸੁਧਾਰ ਕੀਤਾ ਗਿਆ ਸੀ। ਅੰਕੜਾਤਮਕ ਮਹੱਤਤਾ ਨਿਰਧਾਰਤ ਕਰਨ ਲਈ ≤ 0.05 ਦੇ p-ਮੁੱਲ ਦੀ ਵਰਤੋਂ ਇੱਕ ਕੱਟਆਫ ਵਜੋਂ ਕੀਤੀ ਗਈ ਸੀ।
ਚੂਹਿਆਂ ਦੇ ਅੰਤੜੀਆਂ ਦੇ ਮਾਈਕ੍ਰੋਬਾਇਓਮ ਦੀ ਵਿਭਿੰਨਤਾ ਦਾ ਮੁਲਾਂਕਣ ਸਿੰਪਸਨ ਵਿਭਿੰਨਤਾ ਸੂਚਕਾਂਕ ਦੀ ਵਰਤੋਂ ਕਰਕੇ ਕੀਤਾ ਗਿਆ ਸੀ। ਜੀਨਸ ਅਤੇ ਪ੍ਰਜਾਤੀ ਵਿਭਿੰਨਤਾ ਦੇ ਮਾਮਲੇ ਵਿੱਚ ਨਿਯੰਤਰਣ ਅਤੇ ਪੀਪੀਏ ਨਮੂਨਿਆਂ ਵਿੱਚ ਕੋਈ ਮਹੱਤਵਪੂਰਨ ਅੰਤਰ ਨਹੀਂ ਦੇਖਿਆ ਗਿਆ (ਜੀਨਸ ਲਈ ਪੀ-ਮੁੱਲ: 0.18, ਪ੍ਰਜਾਤੀਆਂ ਲਈ ਪੀ-ਮੁੱਲ: 0.16) (ਚਿੱਤਰ 1)। ਫਿਰ ਮਾਈਕ੍ਰੋਬਾਇਲ ਰਚਨਾ ਦੀ ਤੁਲਨਾ ਮੁੱਖ ਭਾਗ ਵਿਸ਼ਲੇਸ਼ਣ (ਪੀਸੀਏ) ਦੀ ਵਰਤੋਂ ਕਰਕੇ ਕੀਤੀ ਗਈ। ਚਿੱਤਰ 2 ਨਮੂਨਿਆਂ ਦੇ ਫਾਈਲਾ ਦੁਆਰਾ ਕਲੱਸਟਰਿੰਗ ਨੂੰ ਦਰਸਾਉਂਦਾ ਹੈ, ਜੋ ਦਰਸਾਉਂਦਾ ਹੈ ਕਿ ਪੀਪੀਏ ਅਤੇ ਨਿਯੰਤਰਣ ਨਮੂਨਿਆਂ ਵਿਚਕਾਰ ਮਾਈਕ੍ਰੋਬਾਇਓਮ ਦੀ ਪ੍ਰਜਾਤੀ ਰਚਨਾ ਵਿੱਚ ਅੰਤਰ ਸਨ। ਇਹ ਕਲੱਸਟਰਿੰਗ ਜੀਨਸ ਪੱਧਰ 'ਤੇ ਘੱਟ ਸਪੱਸ਼ਟ ਸੀ, ਜੋ ਸੁਝਾਅ ਦਿੰਦਾ ਹੈ ਕਿ ਪੀਪੀਏ ਕੁਝ ਬੈਕਟੀਰੀਆ ਨੂੰ ਪ੍ਰਭਾਵਿਤ ਕਰਦਾ ਹੈ (ਪੂਰਕ ਚਿੱਤਰ 1)।
ਚਿੱਤਰ 1. ਮਾਊਸ ਗਟ ਮਾਈਕ੍ਰੋਬਾਇਓਮ ਦੀ ਜੀਨਰਾ ਅਤੇ ਪ੍ਰਜਾਤੀਆਂ ਦੀ ਰਚਨਾ ਦੀ ਅਲਫ਼ਾ ਵਿਭਿੰਨਤਾ। PPA ਅਤੇ ਨਿਯੰਤਰਣ ਨਮੂਨਿਆਂ ਵਿੱਚ ਜੀਨਰਾ (A) ਅਤੇ ਪ੍ਰਜਾਤੀਆਂ (B) ਦੇ ਸਿੰਪਸਨ ਵਿਭਿੰਨਤਾ ਸੂਚਕਾਂਕ ਦਿਖਾਉਂਦੇ ਹੋਏ ਬਾਕਸ ਪਲਾਟ। ਮਾਨ-ਵਿਟਨੀ U ਟੈਸਟ ਦੀ ਵਰਤੋਂ ਕਰਕੇ ਮਹੱਤਵ ਨਿਰਧਾਰਤ ਕੀਤਾ ਗਿਆ ਸੀ, ਅਤੇ ਬੈਂਜਾਮਿਨੀ-ਹੋਚਬਰਗ ਪ੍ਰਕਿਰਿਆ ਦੀ ਵਰਤੋਂ ਕਰਕੇ ਕਈ ਸੁਧਾਰ ਕੀਤੇ ਗਏ ਸਨ। ns, p-ਮੁੱਲ ਮਹੱਤਵਪੂਰਨ ਨਹੀਂ ਸੀ (p>0.05)।
ਚਿੱਤਰ 2. ਪ੍ਰਜਾਤੀ ਪੱਧਰ 'ਤੇ ਮਾਊਸ ਗਟ ਮਾਈਕ੍ਰੋਬਾਇਓਮ ਰਚਨਾ ਦੇ ਮੁੱਖ ਭਾਗ ਵਿਸ਼ਲੇਸ਼ਣ ਦੇ ਨਤੀਜੇ। ਮੁੱਖ ਭਾਗ ਵਿਸ਼ਲੇਸ਼ਣ ਪਲਾਟ ਉਨ੍ਹਾਂ ਦੇ ਪਹਿਲੇ ਦੋ ਮੁੱਖ ਭਾਗਾਂ ਵਿੱਚ ਨਮੂਨਿਆਂ ਦੀ ਵੰਡ ਨੂੰ ਦਰਸਾਉਂਦਾ ਹੈ। ਰੰਗ ਨਮੂਨੇ ਦੀ ਕਿਸਮ ਨੂੰ ਦਰਸਾਉਂਦੇ ਹਨ: PPA-ਐਕਸਪੋਜ਼ਡ ਚੂਹੇ ਜਾਮਨੀ ਹਨ ਅਤੇ ਕੰਟਰੋਲ ਚੂਹੇ ਪੀਲੇ ਹਨ। ਮੁੱਖ ਭਾਗ 1 ਅਤੇ 2 ਕ੍ਰਮਵਾਰ x-ਧੁਰੇ ਅਤੇ y-ਧੁਰੇ 'ਤੇ ਪਲਾਟ ਕੀਤੇ ਗਏ ਹਨ, ਅਤੇ ਉਨ੍ਹਾਂ ਦੇ ਵਿਖਿਆਨ ਕੀਤੇ ਗਏ ਪਰਿਵਰਤਨ ਅਨੁਪਾਤ ਵਜੋਂ ਦਰਸਾਏ ਗਏ ਹਨ।
RLE ਪਰਿਵਰਤਿਤ ਗਿਣਤੀ ਡੇਟਾ ਦੀ ਵਰਤੋਂ ਕਰਦੇ ਹੋਏ, ਕੰਟਰੋਲ ਅਤੇ PPA ਚੂਹਿਆਂ ਵਿੱਚ ਮੱਧਮ ਬੈਕਟੀਰੋਇਡੇਟਸ/ਬੈਸੀਲੀ ਅਨੁਪਾਤ ਵਿੱਚ ਇੱਕ ਮਹੱਤਵਪੂਰਨ ਕਮੀ ਦੇਖੀ ਗਈ (ਨਿਯੰਤਰਣ: 9.66, PPA: 3.02; p-ਮੁੱਲ = 0.0011)। ਇਹ ਅੰਤਰ ਕੰਟਰੋਲਾਂ ਦੇ ਮੁਕਾਬਲੇ PPA ਚੂਹਿਆਂ ਵਿੱਚ ਬੈਕਟੀਰੋਇਡੇਟਸ ਦੀ ਜ਼ਿਆਦਾ ਭਰਪੂਰਤਾ ਦੇ ਕਾਰਨ ਸੀ, ਹਾਲਾਂਕਿ ਅੰਤਰ ਮਹੱਤਵਪੂਰਨ ਨਹੀਂ ਸੀ (ਨਿਯੰਤਰਣ ਔਸਤ CLR: 5.51, PPA ਮਤਲਬ CLR: 6.62; p-ਮੁੱਲ = 0.054), ਜਦੋਂ ਕਿ ਬੈਕਟੀਰੋਇਡੇਟਸ ਦੀ ਭਰਪੂਰਤਾ ਸਮਾਨ ਸੀ (ਨਿਯੰਤਰਣ ਔਸਤ CLR: 7.76, PPA ਮਤਲਬ CLR: 7.60; p-ਮੁੱਲ = 0.18)।
ਅੰਤੜੀਆਂ ਦੇ ਮਾਈਕ੍ਰੋਬਾਇਓਮ ਦੇ ਟੈਕਸੋਨੋਮਿਕ ਮੈਂਬਰਾਂ ਦੀ ਭਰਪੂਰਤਾ ਦੇ ਵਿਸ਼ਲੇਸ਼ਣ ਤੋਂ ਪਤਾ ਲੱਗਾ ਕਿ 1 ਫਾਈਲਮ ਅਤੇ 77 ਪ੍ਰਜਾਤੀਆਂ PPA ਅਤੇ ਨਿਯੰਤਰਣ ਨਮੂਨਿਆਂ ਵਿੱਚ ਕਾਫ਼ੀ ਭਿੰਨ ਸਨ (ਪੂਰਕ ਸਾਰਣੀ 2)। PPA ਨਮੂਨਿਆਂ ਵਿੱਚ 59 ਪ੍ਰਜਾਤੀਆਂ ਦੀ ਭਰਪੂਰਤਾ ਨਿਯੰਤਰਣ ਨਮੂਨਿਆਂ ਨਾਲੋਂ ਕਾਫ਼ੀ ਜ਼ਿਆਦਾ ਸੀ, ਜਦੋਂ ਕਿ ਨਿਯੰਤਰਣ ਨਮੂਨਿਆਂ ਵਿੱਚ ਸਿਰਫ਼ 16 ਪ੍ਰਜਾਤੀਆਂ ਦੀ ਭਰਪੂਰਤਾ PPA ਨਮੂਨਿਆਂ ਨਾਲੋਂ ਵੱਧ ਸੀ (ਚਿੱਤਰ 3)।
ਚਿੱਤਰ 3. PPA ਅਤੇ ਕੰਟਰੋਲ ਚੂਹਿਆਂ ਦੇ ਅੰਤੜੀਆਂ ਦੇ ਮਾਈਕ੍ਰੋਬਾਇਓਮ ਵਿੱਚ ਟੈਕਸਾ ਦੀ ਵਿਭਿੰਨ ਭਰਪੂਰਤਾ। ਜੁਆਲਾਮੁਖੀ ਪਲਾਟ PPA ਅਤੇ ਕੰਟਰੋਲ ਨਮੂਨਿਆਂ ਵਿਚਕਾਰ ਜੈਨੇਰਾ (A) ਜਾਂ ਪ੍ਰਜਾਤੀਆਂ (B) ਦੀ ਭਰਪੂਰਤਾ ਵਿੱਚ ਅੰਤਰ ਦਰਸਾਉਂਦੇ ਹਨ। ਸਲੇਟੀ ਬਿੰਦੀਆਂ ਟੈਕਸਾ ਦੀ ਭਰਪੂਰਤਾ ਵਿੱਚ ਕੋਈ ਮਹੱਤਵਪੂਰਨ ਅੰਤਰ ਨਹੀਂ ਦਰਸਾਉਂਦੀਆਂ। ਰੰਗੀਨ ਬਿੰਦੀਆਂ ਭਰਪੂਰਤਾ ਵਿੱਚ ਮਹੱਤਵਪੂਰਨ ਅੰਤਰ ਦਰਸਾਉਂਦੀਆਂ ਹਨ (p-ਮੁੱਲ ≤ 0.05)। ਨਮੂਨਾ ਕਿਸਮਾਂ ਵਿਚਕਾਰ ਭਰਪੂਰਤਾ ਵਿੱਚ ਸਭ ਤੋਂ ਵੱਡੇ ਅੰਤਰ ਵਾਲੇ ਚੋਟੀ ਦੇ 20 ਟੈਕਸਾ ਕ੍ਰਮਵਾਰ ਲਾਲ ਅਤੇ ਹਲਕੇ ਨੀਲੇ (ਨਿਯੰਤਰਣ ਅਤੇ PPA ਨਮੂਨੇ) ਵਿੱਚ ਦਿਖਾਏ ਗਏ ਹਨ। ਪੀਲੇ ਅਤੇ ਜਾਮਨੀ ਬਿੰਦੀਆਂ ਨਿਯੰਤਰਣਾਂ ਨਾਲੋਂ ਨਿਯੰਤਰਣ ਜਾਂ PPA ਨਮੂਨਿਆਂ ਵਿੱਚ ਘੱਟੋ ਘੱਟ 2.7 ਗੁਣਾ ਜ਼ਿਆਦਾ ਭਰਪੂਰ ਸਨ। ਕਾਲੇ ਬਿੰਦੀਆਂ -1 ਅਤੇ 1 ਦੇ ਵਿਚਕਾਰ ਔਸਤ CLR ਅੰਤਰਾਂ ਦੇ ਨਾਲ, ਮਹੱਤਵਪੂਰਨ ਤੌਰ 'ਤੇ ਵੱਖਰੀ ਭਰਪੂਰਤਾ ਵਾਲੇ ਟੈਕਸਾ ਨੂੰ ਦਰਸਾਉਂਦੀਆਂ ਹਨ। P ਮੁੱਲਾਂ ਦੀ ਗਣਨਾ ਮਾਨ-ਵਿਟਨੀ U ਟੈਸਟ ਦੀ ਵਰਤੋਂ ਕਰਕੇ ਕੀਤੀ ਗਈ ਸੀ ਅਤੇ ਬੈਂਜਾਮਿਨੀ-ਹੋਚਬਰਗ ਪ੍ਰਕਿਰਿਆ ਦੀ ਵਰਤੋਂ ਕਰਕੇ ਮਲਟੀਪਲ ਟੈਸਟਿੰਗ ਲਈ ਠੀਕ ਕੀਤੀ ਗਈ ਸੀ। ਬੋਲਡ ਔਸਤ CLR ਅੰਤਰ ਭਰਪੂਰਤਾ ਵਿੱਚ ਮਹੱਤਵਪੂਰਨ ਅੰਤਰ ਦਰਸਾਉਂਦੇ ਹਨ।
ਅੰਤੜੀਆਂ ਦੇ ਮਾਈਕ੍ਰੋਬਾਇਲ ਰਚਨਾ ਦਾ ਵਿਸ਼ਲੇਸ਼ਣ ਕਰਨ ਤੋਂ ਬਾਅਦ, ਅਸੀਂ ਮਾਈਕ੍ਰੋਬਾਇਓਮ ਦੀ ਇੱਕ ਕਾਰਜਸ਼ੀਲ ਐਨੋਟੇਸ਼ਨ ਕੀਤੀ। ਘੱਟ-ਗੁਣਵੱਤਾ ਵਾਲੇ ਜੀਨਾਂ ਨੂੰ ਫਿਲਟਰ ਕਰਨ ਤੋਂ ਬਾਅਦ, ਸਾਰੇ ਨਮੂਨਿਆਂ ਵਿੱਚ ਕੁੱਲ 378,355 ਵਿਲੱਖਣ ਜੀਨਾਂ ਦੀ ਪਛਾਣ ਕੀਤੀ ਗਈ। ਇਹਨਾਂ ਜੀਨਾਂ ਦੀ ਪਰਿਵਰਤਿਤ ਭਰਪੂਰਤਾ ਨੂੰ ਮੁੱਖ ਭਾਗ ਵਿਸ਼ਲੇਸ਼ਣ (PCA) ਲਈ ਵਰਤਿਆ ਗਿਆ ਸੀ, ਅਤੇ ਨਤੀਜਿਆਂ ਨੇ ਉਹਨਾਂ ਦੇ ਕਾਰਜਸ਼ੀਲ ਪ੍ਰੋਫਾਈਲਾਂ (ਚਿੱਤਰ 4) ਦੇ ਅਧਾਰ ਤੇ ਨਮੂਨਾ ਕਿਸਮਾਂ ਦੇ ਕਲੱਸਟਰਿੰਗ ਦੀ ਇੱਕ ਉੱਚ ਡਿਗਰੀ ਦਿਖਾਈ।
ਚਿੱਤਰ 4. ਮਾਊਸ ਗਟ ਮਾਈਕ੍ਰੋਬਾਇਓਮ ਦੇ ਫੰਕਸ਼ਨਲ ਪ੍ਰੋਫਾਈਲ ਦੀ ਵਰਤੋਂ ਕਰਦੇ ਹੋਏ PCA ਨਤੀਜੇ। PCA ਪਲਾਟ ਉਹਨਾਂ ਦੇ ਪਹਿਲੇ ਦੋ ਮੁੱਖ ਹਿੱਸਿਆਂ ਵਿੱਚ ਨਮੂਨਿਆਂ ਦੀ ਵੰਡ ਨੂੰ ਦਰਸਾਉਂਦਾ ਹੈ। ਰੰਗ ਨਮੂਨੇ ਦੀ ਕਿਸਮ ਨੂੰ ਦਰਸਾਉਂਦੇ ਹਨ: PPA-ਐਕਸਪੋਜ਼ਡ ਚੂਹੇ ਜਾਮਨੀ ਹਨ ਅਤੇ ਕੰਟਰੋਲ ਚੂਹੇ ਪੀਲੇ ਹਨ। ਮੁੱਖ ਭਾਗ 1 ਅਤੇ 2 ਕ੍ਰਮਵਾਰ x-ਧੁਰੇ ਅਤੇ y-ਧੁਰੇ 'ਤੇ ਪਲਾਟ ਕੀਤੇ ਗਏ ਹਨ, ਅਤੇ ਉਹਨਾਂ ਦੇ ਵਿਖਿਆਨ ਕੀਤੇ ਗਏ ਪਰਿਵਰਤਨ ਅਨੁਪਾਤ ਵਜੋਂ ਦਰਸਾਏ ਗਏ ਹਨ।
ਅਸੀਂ ਅੱਗੇ ਵੱਖ-ਵੱਖ ਨਮੂਨੇ ਕਿਸਮਾਂ ਵਿੱਚ KEGG ਨਾਕਆਊਟ ਦੀ ਭਰਪੂਰਤਾ ਦੀ ਜਾਂਚ ਕੀਤੀ। ਕੁੱਲ 3648 ਵਿਲੱਖਣ ਨਾਕਆਊਟ ਦੀ ਪਛਾਣ ਕੀਤੀ ਗਈ, ਜਿਨ੍ਹਾਂ ਵਿੱਚੋਂ 196 ਕੰਟਰੋਲ ਨਮੂਨਿਆਂ ਵਿੱਚ ਕਾਫ਼ੀ ਜ਼ਿਆਦਾ ਭਰਪੂਰ ਸਨ ਅਤੇ 106 PPA ਨਮੂਨਿਆਂ ਵਿੱਚ ਵਧੇਰੇ ਭਰਪੂਰ ਸਨ (ਚਿੱਤਰ 5)। ਕੰਟਰੋਲ ਨਮੂਨਿਆਂ ਵਿੱਚ ਕੁੱਲ 145 ਜੀਨ ਅਤੇ PPA ਨਮੂਨਿਆਂ ਵਿੱਚ 61 ਜੀਨ ਖੋਜੇ ਗਏ, ਜਿਨ੍ਹਾਂ ਵਿੱਚ ਕਾਫ਼ੀ ਵੱਖਰੀ ਭਰਪੂਰਤਾ ਸੀ। ਲਿਪਿਡ ਅਤੇ ਐਮੀਨੋਸ਼ੂਗਰ ਮੈਟਾਬੋਲਿਜ਼ਮ ਨਾਲ ਸਬੰਧਤ ਰਸਤੇ PPA ਨਮੂਨਿਆਂ ਵਿੱਚ ਕਾਫ਼ੀ ਜ਼ਿਆਦਾ ਅਮੀਰ ਸਨ (ਪੂਰਕ ਸਾਰਣੀ 3)। ਨਾਈਟ੍ਰੋਜਨ ਮੈਟਾਬੋਲਿਜ਼ਮ ਅਤੇ ਸਲਫਰ ਰੀਲੇਅ ਪ੍ਰਣਾਲੀਆਂ ਨਾਲ ਸਬੰਧਤ ਰਸਤੇ ਨਿਯੰਤਰਣ ਨਮੂਨਿਆਂ ਵਿੱਚ ਕਾਫ਼ੀ ਜ਼ਿਆਦਾ ਅਮੀਰ ਸਨ (ਪੂਰਕ ਸਾਰਣੀ 3)। PPA ਨਮੂਨਿਆਂ ਵਿੱਚ ਐਮੀਨੋਸ਼ੂਗਰ/ਨਿਊਕਲੀਓਟਾਈਡ ਮੈਟਾਬੋਲਿਜ਼ਮ (ko:K21279) ਅਤੇ ਇਨੋਸਿਟੋਲ ਫਾਸਫੇਟ ਮੈਟਾਬੋਲਿਜ਼ਮ (ko:K07291) ਨਾਲ ਸਬੰਧਤ ਜੀਨਾਂ ਦੀ ਭਰਪੂਰਤਾ ਕਾਫ਼ੀ ਜ਼ਿਆਦਾ ਸੀ (ਚਿੱਤਰ 5)। ਕੰਟਰੋਲ ਨਮੂਨਿਆਂ ਵਿੱਚ ਬੈਂਜੋਏਟ ਮੈਟਾਬੋਲਿਜ਼ਮ (ko:K22270), ਨਾਈਟ੍ਰੋਜਨ ਮੈਟਾਬੋਲਿਜ਼ਮ (ko:K00368), ਅਤੇ ਗਲਾਈਕੋਲਾਈਸਿਸ/ਗਲੂਕੋਨੀਓਜੇਨੇਸਿਸ (ko:K00131) ਨਾਲ ਸਬੰਧਤ ਕਾਫ਼ੀ ਜ਼ਿਆਦਾ ਜੀਨ ਸਨ (ਚਿੱਤਰ 5)।
ਚਿੱਤਰ 5. PPA ਅਤੇ ਕੰਟਰੋਲ ਚੂਹਿਆਂ ਦੇ ਅੰਤੜੀਆਂ ਦੇ ਮਾਈਕ੍ਰੋਬਾਇਓਮ ਵਿੱਚ KOs ਦੀ ਵਿਭਿੰਨ ਭਰਪੂਰਤਾ। ਜੁਆਲਾਮੁਖੀ ਪਲਾਟ ਕਾਰਜਸ਼ੀਲ ਸਮੂਹਾਂ (KOs) ਦੀ ਭਰਪੂਰਤਾ ਵਿੱਚ ਅੰਤਰ ਨੂੰ ਦਰਸਾਉਂਦਾ ਹੈ। ਸਲੇਟੀ ਬਿੰਦੀਆਂ KOs ਨੂੰ ਦਰਸਾਉਂਦੀਆਂ ਹਨ ਜਿਨ੍ਹਾਂ ਦੀ ਭਰਪੂਰਤਾ ਨਮੂਨਾ ਕਿਸਮਾਂ (p-ਮੁੱਲ > 0.05) ਵਿਚਕਾਰ ਮਹੱਤਵਪੂਰਨ ਤੌਰ 'ਤੇ ਵੱਖਰੀ ਨਹੀਂ ਸੀ। ਰੰਗੀਨ ਬਿੰਦੀਆਂ ਭਰਪੂਰਤਾ ਵਿੱਚ ਮਹੱਤਵਪੂਰਨ ਅੰਤਰ ਦਰਸਾਉਂਦੀਆਂ ਹਨ (p-ਮੁੱਲ ≤ 0.05)। ਨਮੂਨਾ ਕਿਸਮਾਂ ਵਿਚਕਾਰ ਭਰਪੂਰਤਾ ਵਿੱਚ ਸਭ ਤੋਂ ਵੱਡੇ ਅੰਤਰ ਵਾਲੇ 20 KOs ਕ੍ਰਮਵਾਰ ਲਾਲ ਅਤੇ ਹਲਕੇ ਨੀਲੇ ਰੰਗ ਵਿੱਚ ਦਿਖਾਏ ਗਏ ਹਨ, ਜੋ ਨਿਯੰਤਰਣ ਅਤੇ PPA ਨਮੂਨਿਆਂ ਦੇ ਅਨੁਸਾਰ ਹਨ। ਪੀਲੇ ਅਤੇ ਜਾਮਨੀ ਬਿੰਦੀਆਂ KOs ਨੂੰ ਦਰਸਾਉਂਦੀਆਂ ਹਨ ਜੋ ਕ੍ਰਮਵਾਰ ਨਿਯੰਤਰਣ ਅਤੇ PPA ਨਮੂਨਿਆਂ ਵਿੱਚ ਘੱਟੋ ਘੱਟ 2.7 ਗੁਣਾ ਜ਼ਿਆਦਾ ਭਰਪੂਰ ਸਨ। ਕਾਲੇ ਬਿੰਦੀਆਂ -1 ਅਤੇ 1 ਦੇ ਵਿਚਕਾਰ ਔਸਤ CLR ਅੰਤਰ ਦੇ ਨਾਲ, ਮਹੱਤਵਪੂਰਨ ਤੌਰ 'ਤੇ ਵੱਖਰੀ ਭਰਪੂਰਤਾ ਵਾਲੇ KOs ਨੂੰ ਦਰਸਾਉਂਦੀਆਂ ਹਨ। P ਮੁੱਲਾਂ ਦੀ ਗਣਨਾ ਮਾਨ-ਵਿਟਨੀ U ਟੈਸਟ ਦੀ ਵਰਤੋਂ ਕਰਕੇ ਕੀਤੀ ਗਈ ਸੀ ਅਤੇ ਬੈਂਜਾਮਿਨੀ-ਹੋਚਬਰਗ ਪ੍ਰਕਿਰਿਆ ਦੀ ਵਰਤੋਂ ਕਰਕੇ ਕਈ ਤੁਲਨਾਵਾਂ ਲਈ ਐਡਜਸਟ ਕੀਤਾ ਗਿਆ ਸੀ। NaN ਦਰਸਾਉਂਦਾ ਹੈ ਕਿ KO KEGG ਵਿੱਚ ਕਿਸੇ ਮਾਰਗ ਨਾਲ ਸਬੰਧਤ ਨਹੀਂ ਹੈ। ਬੋਲਡ ਔਸਤ CLR ਅੰਤਰ ਮੁੱਲ ਭਰਪੂਰਤਾ ਵਿੱਚ ਮਹੱਤਵਪੂਰਨ ਅੰਤਰ ਦਰਸਾਉਂਦੇ ਹਨ। ਸੂਚੀਬੱਧ KOs ਨਾਲ ਸਬੰਧਤ ਰਸਤਿਆਂ ਬਾਰੇ ਵਿਸਤ੍ਰਿਤ ਜਾਣਕਾਰੀ ਲਈ, ਪੂਰਕ ਸਾਰਣੀ 3 ਵੇਖੋ।
ਐਨੋਟੇਟ ਕੀਤੇ ਜੀਨਾਂ ਵਿੱਚੋਂ, 1601 ਜੀਨਾਂ ਵਿੱਚ ਨਮੂਨਾ ਕਿਸਮਾਂ (p ≤ 0.05) ਦੇ ਵਿਚਕਾਰ ਕਾਫ਼ੀ ਵੱਖਰੀ ਭਰਪੂਰਤਾ ਸੀ, ਹਰੇਕ ਜੀਨ ਘੱਟੋ ਘੱਟ 2.7 ਗੁਣਾ ਜ਼ਿਆਦਾ ਭਰਪੂਰ ਸੀ। ਇਹਨਾਂ ਜੀਨਾਂ ਵਿੱਚੋਂ, 4 ਜੀਨ ਕੰਟਰੋਲ ਨਮੂਨਿਆਂ ਵਿੱਚ ਵਧੇਰੇ ਭਰਪੂਰ ਸਨ ਅਤੇ 1597 ਜੀਨ PPA ਨਮੂਨਿਆਂ ਵਿੱਚ ਵਧੇਰੇ ਭਰਪੂਰ ਸਨ। ਕਿਉਂਕਿ PPA ਵਿੱਚ ਰੋਗਾਣੂਨਾਸ਼ਕ ਗੁਣ ਹਨ, ਅਸੀਂ ਨਮੂਨਾ ਕਿਸਮਾਂ ਦੇ ਵਿਚਕਾਰ PPA ਮੈਟਾਬੋਲਿਜ਼ਮ ਅਤੇ ਉਤਪਾਦਨ ਜੀਨਾਂ ਦੀ ਭਰਪੂਰਤਾ ਦੀ ਜਾਂਚ ਕੀਤੀ। 1332 PPA ਮੈਟਾਬੋਲਿਜ਼ਮ-ਸਬੰਧਤ ਜੀਨਾਂ ਵਿੱਚੋਂ, 27 ਜੀਨ ਕੰਟਰੋਲ ਨਮੂਨਿਆਂ ਵਿੱਚ ਕਾਫ਼ੀ ਜ਼ਿਆਦਾ ਭਰਪੂਰ ਸਨ ਅਤੇ 12 ਜੀਨ PPA ਨਮੂਨਿਆਂ ਵਿੱਚ ਵਧੇਰੇ ਭਰਪੂਰ ਸਨ। 223 PPA ਉਤਪਾਦਨ-ਸਬੰਧਤ ਜੀਨਾਂ ਵਿੱਚੋਂ, 1 ਜੀਨ PPA ਨਮੂਨਿਆਂ ਵਿੱਚ ਕਾਫ਼ੀ ਜ਼ਿਆਦਾ ਭਰਪੂਰ ਸੀ। ਚਿੱਤਰ 6A ਅੱਗੇ PPA ਮੈਟਾਬੋਲਿਜ਼ਮ ਵਿੱਚ ਸ਼ਾਮਲ ਜੀਨਾਂ ਦੀ ਉੱਚ ਭਰਪੂਰਤਾ ਨੂੰ ਦਰਸਾਉਂਦਾ ਹੈ, ਕੰਟਰੋਲ ਨਮੂਨਿਆਂ ਵਿੱਚ ਕਾਫ਼ੀ ਜ਼ਿਆਦਾ ਭਰਪੂਰਤਾ ਅਤੇ ਵੱਡੇ ਪ੍ਰਭਾਵ ਆਕਾਰ ਦੇ ਨਾਲ, ਜਦੋਂ ਕਿ ਚਿੱਤਰ 6B PPA ਨਮੂਨਿਆਂ ਵਿੱਚ ਦੇਖੇ ਗਏ ਮਹੱਤਵਪੂਰਨ ਤੌਰ 'ਤੇ ਉੱਚ ਭਰਪੂਰਤਾ ਵਾਲੇ ਵਿਅਕਤੀਗਤ ਜੀਨਾਂ ਨੂੰ ਉਜਾਗਰ ਕਰਦਾ ਹੈ।
ਚਿੱਤਰ 6. ਮਾਊਸ ਗਟ ਮਾਈਕ੍ਰੋਬਾਇਓਮ ਵਿੱਚ PPA-ਸਬੰਧਤ ਜੀਨਾਂ ਦੀ ਵਿਭਿੰਨ ਭਰਪੂਰਤਾ। ਜਵਾਲਾਮੁਖੀ ਪਲਾਟ PPA ਮੈਟਾਬੋਲਿਜ਼ਮ (A) ਅਤੇ PPA ਉਤਪਾਦਨ (B) ਨਾਲ ਜੁੜੇ ਜੀਨਾਂ ਦੀ ਭਰਪੂਰਤਾ ਵਿੱਚ ਅੰਤਰ ਨੂੰ ਦਰਸਾਉਂਦੇ ਹਨ। ਸਲੇਟੀ ਬਿੰਦੀਆਂ ਉਹਨਾਂ ਜੀਨਾਂ ਨੂੰ ਦਰਸਾਉਂਦੀਆਂ ਹਨ ਜਿਨ੍ਹਾਂ ਦੀ ਭਰਪੂਰਤਾ ਨਮੂਨਾ ਕਿਸਮਾਂ (p-ਮੁੱਲ > 0.05) ਵਿਚਕਾਰ ਮਹੱਤਵਪੂਰਨ ਤੌਰ 'ਤੇ ਵੱਖਰੀ ਨਹੀਂ ਸੀ। ਰੰਗੀਨ ਬਿੰਦੀਆਂ ਭਰਪੂਰਤਾ ਵਿੱਚ ਮਹੱਤਵਪੂਰਨ ਅੰਤਰ ਦਰਸਾਉਂਦੀਆਂ ਹਨ (p-ਮੁੱਲ ≤ 0.05)। ਭਰਪੂਰਤਾ ਵਿੱਚ ਸਭ ਤੋਂ ਵੱਡੇ ਅੰਤਰ ਵਾਲੇ 20 ਜੀਨ ਕ੍ਰਮਵਾਰ ਲਾਲ ਅਤੇ ਹਲਕੇ ਨੀਲੇ (ਨਿਯੰਤਰਣ ਅਤੇ PPA ਨਮੂਨੇ) ਵਿੱਚ ਦਿਖਾਏ ਗਏ ਹਨ। ਪੀਲੇ ਅਤੇ ਜਾਮਨੀ ਬਿੰਦੀਆਂ ਦੀ ਭਰਪੂਰਤਾ ਨਿਯੰਤਰਣ ਨਮੂਨਿਆਂ ਨਾਲੋਂ ਨਿਯੰਤਰਣ ਅਤੇ PPA ਨਮੂਨਿਆਂ ਵਿੱਚ ਘੱਟੋ ਘੱਟ 2.7 ਗੁਣਾ ਵੱਧ ਸੀ। ਕਾਲੇ ਬਿੰਦੀਆਂ -1 ਅਤੇ 1 ਦੇ ਵਿਚਕਾਰ ਔਸਤ CLR ਅੰਤਰ ਦੇ ਨਾਲ, ਮਹੱਤਵਪੂਰਨ ਤੌਰ 'ਤੇ ਵੱਖਰੀ ਭਰਪੂਰਤਾ ਵਾਲੇ ਜੀਨਾਂ ਨੂੰ ਦਰਸਾਉਂਦੀਆਂ ਹਨ। P ਮੁੱਲਾਂ ਦੀ ਗਣਨਾ ਮਾਨ-ਵਿਟਨੀ U ਟੈਸਟ ਦੀ ਵਰਤੋਂ ਕਰਕੇ ਕੀਤੀ ਗਈ ਸੀ ਅਤੇ ਬੈਂਜਾਮਿਨੀ-ਹੋਚਬਰਗ ਪ੍ਰਕਿਰਿਆ ਦੀ ਵਰਤੋਂ ਕਰਕੇ ਕਈ ਤੁਲਨਾਵਾਂ ਲਈ ਠੀਕ ਕੀਤੀ ਗਈ ਸੀ। ਜੀਨ ਗੈਰ-ਰਿਡੰਡੈਂਟ ਜੀਨ ਕੈਟਾਲਾਗ ਵਿੱਚ ਪ੍ਰਤੀਨਿਧੀ ਜੀਨਾਂ ਨਾਲ ਮੇਲ ਖਾਂਦੇ ਹਨ। ਜੀਨ ਦੇ ਨਾਮ KO ਜੀਨ ਨੂੰ ਦਰਸਾਉਂਦੇ KEGG ਚਿੰਨ੍ਹ ਤੋਂ ਬਣੇ ਹੁੰਦੇ ਹਨ। ਬੋਲਡ ਔਸਤ CLR ਅੰਤਰ ਕਾਫ਼ੀ ਵੱਖਰੀਆਂ ਭਰਪੂਰਤਾਵਾਂ ਨੂੰ ਦਰਸਾਉਂਦੇ ਹਨ। ਇੱਕ ਡੈਸ਼ (-) ਦਰਸਾਉਂਦਾ ਹੈ ਕਿ KEGG ਡੇਟਾਬੇਸ ਵਿੱਚ ਜੀਨ ਲਈ ਕੋਈ ਚਿੰਨ੍ਹ ਨਹੀਂ ਹੈ।
ਪੀਪੀਏ ਮੈਟਾਬੋਲਿਜ਼ਮ ਅਤੇ/ਜਾਂ ਉਤਪਾਦਨ ਨਾਲ ਸਬੰਧਤ ਜੀਨਾਂ ਵਾਲੇ ਟੈਕਸਾ ਦੀ ਪਛਾਣ ਜੀਨ ਦੇ ਕੰਟਿਗ ਆਈਡੀ ਨਾਲ ਕੰਟਿਗ ਦੀ ਟੈਕਸੋਨੋਮਿਕ ਪਛਾਣ ਨਾਲ ਮੇਲ ਕਰਕੇ ਕੀਤੀ ਗਈ ਸੀ। ਜੀਨਸ ਪੱਧਰ 'ਤੇ, 130 ਜੀਨਾਂ ਵਿੱਚ ਪੀਪੀਏ ਮੈਟਾਬੋਲਿਜ਼ਮ ਨਾਲ ਸਬੰਧਤ ਜੀਨ ਪਾਏ ਗਏ ਅਤੇ 61 ਜੀਨਾਂ ਵਿੱਚ ਪੀਪੀਏ ਉਤਪਾਦਨ ਨਾਲ ਸਬੰਧਤ ਜੀਨ ਪਾਏ ਗਏ (ਪੂਰਕ ਸਾਰਣੀ 4)। ਹਾਲਾਂਕਿ, ਕਿਸੇ ਵੀ ਜੀਨ ਨੇ ਭਰਪੂਰਤਾ ਵਿੱਚ ਮਹੱਤਵਪੂਰਨ ਅੰਤਰ ਨਹੀਂ ਦਿਖਾਇਆ (p > 0.05)।
ਪ੍ਰਜਾਤੀ ਪੱਧਰ 'ਤੇ, 144 ਬੈਕਟੀਰੀਆ ਪ੍ਰਜਾਤੀਆਂ ਵਿੱਚ PPA ਮੈਟਾਬੋਲਿਜ਼ਮ ਨਾਲ ਜੁੜੇ ਜੀਨ ਪਾਏ ਗਏ ਅਤੇ 68 ਬੈਕਟੀਰੀਆ ਪ੍ਰਜਾਤੀਆਂ ਵਿੱਚ PPA ਉਤਪਾਦਨ ਨਾਲ ਜੁੜੇ ਜੀਨ ਪਾਏ ਗਏ (ਪੂਰਕ ਸਾਰਣੀ 5)। PPA ਮੈਟਾਬੋਲਾਈਜ਼ਰਾਂ ਵਿੱਚੋਂ, ਅੱਠ ਬੈਕਟੀਰੀਆ ਨੇ ਨਮੂਨਾ ਕਿਸਮਾਂ ਦੇ ਵਿਚਕਾਰ ਭਰਪੂਰਤਾ ਵਿੱਚ ਮਹੱਤਵਪੂਰਨ ਵਾਧਾ ਦਿਖਾਇਆ, ਅਤੇ ਸਾਰਿਆਂ ਨੇ ਪ੍ਰਭਾਵ ਵਿੱਚ ਮਹੱਤਵਪੂਰਨ ਬਦਲਾਅ ਦਿਖਾਇਆ (ਪੂਰਕ ਸਾਰਣੀ 6)। ਭਰਪੂਰਤਾ ਵਿੱਚ ਮਹੱਤਵਪੂਰਨ ਅੰਤਰ ਵਾਲੇ ਸਾਰੇ ਪਛਾਣੇ ਗਏ PPA ਮੈਟਾਬੋਲਾਈਜ਼ਰਾਂ ਵਿੱਚ PPA ਨਮੂਨਿਆਂ ਵਿੱਚ ਵਧੇਰੇ ਭਰਪੂਰ ਸਨ। ਪ੍ਰਜਾਤੀ-ਪੱਧਰੀ ਵਰਗੀਕਰਣ ਨੇ ਉਨ੍ਹਾਂ ਜੀਨਾਂ ਦੇ ਪ੍ਰਤੀਨਿਧੀਆਂ ਦਾ ਖੁਲਾਸਾ ਕੀਤਾ ਜੋ ਨਮੂਨਾ ਕਿਸਮਾਂ ਦੇ ਵਿਚਕਾਰ ਮਹੱਤਵਪੂਰਨ ਤੌਰ 'ਤੇ ਭਿੰਨ ਨਹੀਂ ਸਨ, ਜਿਸ ਵਿੱਚ ਕਈ ਬੈਕਟੀਰੋਇਡਜ਼ ਅਤੇ ਰੁਮਿਨੋਕੋਕਸ ਪ੍ਰਜਾਤੀਆਂ, ਅਤੇ ਨਾਲ ਹੀ ਡੰਕਨਿਆ ਡੁਬੋਇਸ, ਮਾਈਕਸੋਬੈਕਟੀਰੀਅਮ ਐਂਟਰਿਕਾ, ਮੋਨੋਕੋਕਸ ਪੈਕਟਿਨੋਲੀਟਿਕਸ, ਅਤੇ ਅਲਕੈਲੀਜੇਨਸ ਪੋਲੀਮੋਰਫਾ ਸ਼ਾਮਲ ਹਨ। PPA-ਉਤਪਾਦਕ ਬੈਕਟੀਰੀਆ ਵਿੱਚੋਂ, ਚਾਰ ਬੈਕਟੀਰੀਆ ਨੇ ਨਮੂਨਾ ਕਿਸਮਾਂ ਦੇ ਵਿਚਕਾਰ ਭਰਪੂਰਤਾ ਵਿੱਚ ਮਹੱਤਵਪੂਰਨ ਅੰਤਰ ਦਿਖਾਇਆ। ਭਰਪੂਰਤਾ ਵਿੱਚ ਮਹੱਤਵਪੂਰਨ ਅੰਤਰ ਵਾਲੀਆਂ ਪ੍ਰਜਾਤੀਆਂ ਵਿੱਚ ਬੈਕਟੀਰੋਇਡਜ਼ ਨੋਵੋਰੋਸੀ, ਡੰਕਨਿਆ ਡੁਬੋਇਸ, ਮਾਈਕਸੋਬੈਕਟੀਰੀਅਮ ਐਂਟਰਿਟਿਡਿਸ, ਅਤੇ ਰੁਮਿਨੋਕੋਕਸ ਬੋਵਿਸ ਸ਼ਾਮਲ ਸਨ।
ਇਸ ਅਧਿਐਨ ਵਿੱਚ, ਅਸੀਂ ਚੂਹਿਆਂ ਦੇ ਅੰਤੜੀਆਂ ਦੇ ਮਾਈਕ੍ਰੋਬਾਇਓਟਾ 'ਤੇ PPA ਦੇ ਐਕਸਪੋਜਰ ਦੇ ਪ੍ਰਭਾਵਾਂ ਦੀ ਜਾਂਚ ਕੀਤੀ। PPA ਬੈਕਟੀਰੀਆ ਵਿੱਚ ਵੱਖ-ਵੱਖ ਪ੍ਰਤੀਕਿਰਿਆਵਾਂ ਪੈਦਾ ਕਰ ਸਕਦਾ ਹੈ ਕਿਉਂਕਿ ਇਹ ਕੁਝ ਖਾਸ ਪ੍ਰਜਾਤੀਆਂ ਦੁਆਰਾ ਪੈਦਾ ਕੀਤਾ ਜਾਂਦਾ ਹੈ, ਦੂਜੀਆਂ ਪ੍ਰਜਾਤੀਆਂ ਦੁਆਰਾ ਭੋਜਨ ਸਰੋਤ ਵਜੋਂ ਵਰਤਿਆ ਜਾਂਦਾ ਹੈ, ਜਾਂ ਰੋਗਾਣੂਨਾਸ਼ਕ ਪ੍ਰਭਾਵ ਰੱਖਦਾ ਹੈ। ਇਸ ਲਈ, ਖੁਰਾਕ ਪੂਰਕ ਦੁਆਰਾ ਅੰਤੜੀਆਂ ਦੇ ਵਾਤਾਵਰਣ ਵਿੱਚ ਇਸਦੇ ਜੋੜ ਦੇ ਸਹਿਣਸ਼ੀਲਤਾ, ਸੰਵੇਦਨਸ਼ੀਲਤਾ ਅਤੇ ਇਸਨੂੰ ਪੌਸ਼ਟਿਕ ਸਰੋਤ ਵਜੋਂ ਵਰਤਣ ਦੀ ਯੋਗਤਾ 'ਤੇ ਨਿਰਭਰ ਕਰਦੇ ਹੋਏ ਵੱਖ-ਵੱਖ ਪ੍ਰਭਾਵ ਹੋ ਸਕਦੇ ਹਨ। ਸੰਵੇਦਨਸ਼ੀਲ ਬੈਕਟੀਰੀਆ ਪ੍ਰਜਾਤੀਆਂ ਨੂੰ ਖਤਮ ਕੀਤਾ ਜਾ ਸਕਦਾ ਹੈ ਅਤੇ ਉਹਨਾਂ ਦੁਆਰਾ ਬਦਲਿਆ ਜਾ ਸਕਦਾ ਹੈ ਜੋ PPA ਪ੍ਰਤੀ ਵਧੇਰੇ ਰੋਧਕ ਹਨ ਜਾਂ ਇਸਨੂੰ ਭੋਜਨ ਸਰੋਤ ਵਜੋਂ ਵਰਤਣ ਦੇ ਯੋਗ ਹਨ, ਜਿਸ ਨਾਲ ਅੰਤੜੀਆਂ ਦੇ ਮਾਈਕ੍ਰੋਬਾਇਓਟਾ ਦੀ ਰਚਨਾ ਵਿੱਚ ਬਦਲਾਅ ਆਉਂਦੇ ਹਨ। ਸਾਡੇ ਨਤੀਜਿਆਂ ਨੇ ਮਾਈਕ੍ਰੋਬਾਇਓਲ ਰਚਨਾ ਵਿੱਚ ਮਹੱਤਵਪੂਰਨ ਅੰਤਰ ਪ੍ਰਗਟ ਕੀਤੇ ਪਰ ਸਮੁੱਚੀ ਮਾਈਕ੍ਰੋਬਾਇਓਲ ਵਿਭਿੰਨਤਾ 'ਤੇ ਕੋਈ ਪ੍ਰਭਾਵ ਨਹੀਂ ਪਿਆ। ਸਭ ਤੋਂ ਵੱਡੇ ਪ੍ਰਭਾਵ ਪ੍ਰਜਾਤੀਆਂ ਦੇ ਪੱਧਰ 'ਤੇ ਦੇਖੇ ਗਏ, PPA ਅਤੇ ਨਿਯੰਤਰਣ ਨਮੂਨਿਆਂ ਵਿਚਕਾਰ 70 ਤੋਂ ਵੱਧ ਟੈਕਸਾ ਭਰਪੂਰਤਾ ਵਿੱਚ ਕਾਫ਼ੀ ਵੱਖਰੇ ਸਨ (ਪੂਰਕ ਸਾਰਣੀ 2)। PPA-ਐਕਸਪੋਜਰ ਨਮੂਨਿਆਂ ਦੀ ਰਚਨਾ ਦੇ ਹੋਰ ਮੁਲਾਂਕਣ ਨੇ ਅਣਐਕਸਪੋਜਰ ਨਮੂਨਿਆਂ ਦੇ ਮੁਕਾਬਲੇ ਮਾਈਕ੍ਰੋਬਾਇਓਲ ਪ੍ਰਜਾਤੀਆਂ ਦੀ ਵਧੇਰੇ ਵਿਭਿੰਨਤਾ ਦਾ ਖੁਲਾਸਾ ਕੀਤਾ, ਜੋ ਸੁਝਾਅ ਦਿੰਦਾ ਹੈ ਕਿ PPA ਬੈਕਟੀਰੀਆ ਦੇ ਵਿਕਾਸ ਦੀਆਂ ਵਿਸ਼ੇਸ਼ਤਾਵਾਂ ਨੂੰ ਵਧਾ ਸਕਦਾ ਹੈ ਅਤੇ ਬੈਕਟੀਰੀਆ ਦੀ ਆਬਾਦੀ ਨੂੰ ਸੀਮਤ ਕਰ ਸਕਦਾ ਹੈ ਜੋ PPA-ਅਮੀਰ ਵਾਤਾਵਰਣਾਂ ਵਿੱਚ ਬਚ ਸਕਦੇ ਹਨ। ਇਸ ਤਰ੍ਹਾਂ, ਪੀਪੀਏ ਅੰਤੜੀਆਂ ਦੇ ਮਾਈਕ੍ਰੋਬਾਇਓਟਾ ਵਿਭਿੰਨਤਾ ਵਿੱਚ ਵਿਆਪਕ ਵਿਘਨ ਪਾਉਣ ਦੀ ਬਜਾਏ ਚੋਣਵੇਂ ਤੌਰ 'ਤੇ ਤਬਦੀਲੀਆਂ ਲਿਆ ਸਕਦਾ ਹੈ।
ਪੀਪੀਏ ਵਰਗੇ ਫੂਡ ਪ੍ਰੀਜ਼ਰਵੇਟਿਵ ਪਹਿਲਾਂ ਹੀ ਸਮੁੱਚੀ ਵਿਭਿੰਨਤਾ ਨੂੰ ਪ੍ਰਭਾਵਿਤ ਕੀਤੇ ਬਿਨਾਂ ਅੰਤੜੀਆਂ ਦੇ ਮਾਈਕ੍ਰੋਬਾਇਓਮ ਹਿੱਸਿਆਂ ਦੀ ਭਰਪੂਰਤਾ ਨੂੰ ਬਦਲਣ ਲਈ ਦਿਖਾਏ ਗਏ ਹਨ (ਨਾਗਪਾਲ ਐਟ ਅਲ., 2021)। ਇੱਥੇ, ਅਸੀਂ ਫਾਈਲਮ ਬੈਕਟੀਰੋਇਡੇਟਸ (ਪਹਿਲਾਂ ਬੈਕਟੀਰੋਇਡੇਟਸ ਵਜੋਂ ਜਾਣੇ ਜਾਂਦੇ ਸਨ) ਦੇ ਅੰਦਰ ਬੈਕਟੀਰੋਇਡੇਟਸ ਪ੍ਰਜਾਤੀਆਂ ਵਿਚਕਾਰ ਸਭ ਤੋਂ ਪ੍ਰਭਾਵਸ਼ਾਲੀ ਅੰਤਰ ਦੇਖੇ, ਜੋ ਕਿ ਪੀਪੀਏ-ਐਕਸਪੋਜ਼ਡ ਚੂਹਿਆਂ ਵਿੱਚ ਮਹੱਤਵਪੂਰਨ ਤੌਰ 'ਤੇ ਭਰਪੂਰ ਸਨ। ਬੈਕਟੀਰੋਇਡਸ ਪ੍ਰਜਾਤੀਆਂ ਦੀ ਵਧਦੀ ਭਰਪੂਰਤਾ ਬਲਗ਼ਮ ਦੇ ਪਤਨ ਦੇ ਵਧੇ ਹੋਏ ਪੱਧਰ ਨਾਲ ਜੁੜੀ ਹੋਈ ਹੈ, ਜੋ ਲਾਗ ਦੇ ਜੋਖਮ ਨੂੰ ਵਧਾ ਸਕਦੀ ਹੈ ਅਤੇ ਸੋਜਸ਼ ਨੂੰ ਵਧਾ ਸਕਦੀ ਹੈ (ਕੋਰਨਿਕ ਐਟ ਅਲ., 2015; ਦੇਸਾਈ ਐਟ ਅਲ., 2016; ਪੇਨਜ਼ੋਲ ਐਟ ਅਲ., 2019)। ਇੱਕ ਅਧਿਐਨ ਵਿੱਚ ਪਾਇਆ ਗਿਆ ਕਿ ਬੈਕਟੀਰੋਇਡਸ ਫ੍ਰੈਜਿਲਿਸ ਨਾਲ ਇਲਾਜ ਕੀਤੇ ਗਏ ਨਵਜੰਮੇ ਨਰ ਚੂਹਿਆਂ ਨੇ ਔਟਿਜ਼ਮ ਸਪੈਕਟ੍ਰਮ ਡਿਸਆਰਡਰ (ਏਐਸਡੀ) (ਕਾਰਮਲ ਐਟ ਅਲ., 2023) ਦੀ ਯਾਦ ਦਿਵਾਉਂਦੇ ਸਮਾਜਿਕ ਵਿਵਹਾਰਾਂ ਦਾ ਪ੍ਰਦਰਸ਼ਨ ਕੀਤਾ, ਅਤੇ ਹੋਰ ਅਧਿਐਨਾਂ ਨੇ ਦਿਖਾਇਆ ਹੈ ਕਿ ਬੈਕਟੀਰੋਇਡਸ ਪ੍ਰਜਾਤੀਆਂ ਇਮਿਊਨ ਗਤੀਵਿਧੀ ਨੂੰ ਬਦਲ ਸਕਦੀਆਂ ਹਨ ਅਤੇ ਆਟੋਇਮਿਊਨ ਇਨਫਲਾਮੇਟਰੀ ਕਾਰਡੀਓਮਾਇਓਪੈਥੀ (ਗਿਲ-ਕਰੂਜ਼ ਐਟ ਅਲ., 2019) ਵੱਲ ਲੈ ਜਾ ਸਕਦੀਆਂ ਹਨ। ਪੀਪੀਏ (ਕੋਰੇਟੀ ਐਟ ਅਲ., 2018) ਦੇ ਸੰਪਰਕ ਵਿੱਚ ਆਉਣ ਵਾਲੇ ਚੂਹਿਆਂ ਵਿੱਚ ਰੂਮੀਨੋਕੋਕਸ, ਪ੍ਰੀਵੋਟੇਲਾ ਅਤੇ ਪੈਰਾਬੈਕਟੀਰੋਇਡਜ਼ ਵਰਗੀਆਂ ਪ੍ਰਜਾਤੀਆਂ ਵਿੱਚ ਵੀ ਕਾਫ਼ੀ ਵਾਧਾ ਹੋਇਆ। ਕੁਝ ਰੂਮੀਨੋਕੋਕਸ ਪ੍ਰਜਾਤੀਆਂ ਪ੍ਰੋਇਨਫਲੇਮੇਟਰੀ ਸਾਈਟੋਕਾਈਨਜ਼ (ਹੇਂਕੇ ਐਟ ਅਲ., 2019) ਦੇ ਉਤਪਾਦਨ ਦੁਆਰਾ ਕਰੋਹਨ ਦੀ ਬਿਮਾਰੀ ਵਰਗੀਆਂ ਬਿਮਾਰੀਆਂ ਨਾਲ ਜੁੜੀਆਂ ਹੋਈਆਂ ਹਨ, ਜਦੋਂ ਕਿ ਪ੍ਰੀਵੋਟੇਲਾ ਹਿਊਮਨੀ ਵਰਗੀਆਂ ਪ੍ਰਜਾਤੀਆਂ ਹਾਈਪਰਟੈਨਸ਼ਨ ਅਤੇ ਇਨਸੁਲਿਨ ਸੰਵੇਦਨਸ਼ੀਲਤਾ (ਪੇਡਰਸਨ ਐਟ ਅਲ., 2016; ਲੀ ਐਟ ਅਲ., 2017) ਵਰਗੀਆਂ ਪਾਚਕ ਬਿਮਾਰੀਆਂ ਨਾਲ ਜੁੜੀਆਂ ਹੋਈਆਂ ਹਨ। ਅੰਤ ਵਿੱਚ, ਅਸੀਂ ਪਾਇਆ ਕਿ ਬੈਕਟੀਰੋਇਡੇਟਸ (ਪਹਿਲਾਂ ਫਰਮੀਕਿਊਟਸ ਵਜੋਂ ਜਾਣੀਆਂ ਜਾਂਦੀਆਂ ਸਨ) ਦਾ ਬੈਕਟੀਰੋਇਡੇਟਸ ਨਾਲ ਅਨੁਪਾਤ ਪੀਪੀਏ-ਐਕਸਪੋਜ਼ਡ ਚੂਹਿਆਂ ਵਿੱਚ ਕਾਫ਼ੀ ਘੱਟ ਸੀ ਕਿਉਂਕਿ ਬੈਕਟੀਰੋਇਡੇਟਸ ਪ੍ਰਜਾਤੀਆਂ ਦੀ ਕੁੱਲ ਭਰਪੂਰਤਾ ਵੱਧ ਸੀ। ਇਸ ਅਨੁਪਾਤ ਨੂੰ ਪਹਿਲਾਂ ਆਂਦਰਾਂ ਦੇ ਹੋਮਿਓਸਟੈਸਿਸ ਦਾ ਇੱਕ ਮਹੱਤਵਪੂਰਨ ਸੂਚਕ ਦਿਖਾਇਆ ਗਿਆ ਹੈ, ਅਤੇ ਇਸ ਅਨੁਪਾਤ ਵਿੱਚ ਗੜਬੜੀ ਨੂੰ ਵੱਖ-ਵੱਖ ਬਿਮਾਰੀਆਂ ਦੀਆਂ ਸਥਿਤੀਆਂ ਨਾਲ ਜੋੜਿਆ ਗਿਆ ਹੈ (ਟਰਪਿਨ ਐਟ ਅਲ., 2016; ਟੇਕੇਜ਼ਾਵਾ ਐਟ ਅਲ., 2021; ਐਨ ਐਟ ਅਲ., 2023), ਜਿਸ ਵਿੱਚ ਸੋਜਸ਼ ਵਾਲੀ ਅੰਤੜੀਆਂ ਦੀਆਂ ਬਿਮਾਰੀਆਂ (ਸਟੋਜਾਨੋਵ ਐਟ ਅਲ., 2020) ਸ਼ਾਮਲ ਹਨ। ਸਮੂਹਿਕ ਤੌਰ 'ਤੇ, ਫਾਈਲਮ ਬੈਕਟੀਰੋਇਡੇਟਸ ਦੀਆਂ ਪ੍ਰਜਾਤੀਆਂ ਉੱਚ ਖੁਰਾਕ ਪੀਪੀਏ ਦੁਆਰਾ ਸਭ ਤੋਂ ਵੱਧ ਪ੍ਰਭਾਵਿਤ ਹੁੰਦੀਆਂ ਹਨ। ਇਹ ਪੀਪੀਏ ਪ੍ਰਤੀ ਉੱਚ ਸਹਿਣਸ਼ੀਲਤਾ ਜਾਂ ਪੀਪੀਏ ਨੂੰ ਊਰਜਾ ਸਰੋਤ ਵਜੋਂ ਵਰਤਣ ਦੀ ਯੋਗਤਾ ਦੇ ਕਾਰਨ ਹੋ ਸਕਦਾ ਹੈ, ਜੋ ਕਿ ਘੱਟੋ ਘੱਟ ਇੱਕ ਪ੍ਰਜਾਤੀ, ਹੋਇਲੇਸੇਲਾ ਐਨੋਸੀਆ (ਹਿਚ ਐਟ ਅਲ., 2022) ਲਈ ਸੱਚ ਸਾਬਤ ਹੋਇਆ ਹੈ। ਵਿਕਲਪਕ ਤੌਰ 'ਤੇ, ਮਾਵਾਂ ਦੇ ਪੀਪੀਏ ਐਕਸਪੋਜਰ ਚੂਹੇ ਦੇ ਬੱਚੇ ਦੇ ਅੰਤੜੀਆਂ ਨੂੰ ਬੈਕਟੀਰੋਇਡੇਟਸ ਬਸਤੀਕਰਨ ਲਈ ਵਧੇਰੇ ਸੰਵੇਦਨਸ਼ੀਲ ਬਣਾ ਕੇ ਭਰੂਣ ਦੇ ਵਿਕਾਸ ਨੂੰ ਵਧਾ ਸਕਦਾ ਹੈ; ਹਾਲਾਂਕਿ, ਸਾਡੇ ਅਧਿਐਨ ਡਿਜ਼ਾਈਨ ਨੇ ਅਜਿਹੇ ਮੁਲਾਂਕਣ ਦੀ ਆਗਿਆ ਨਹੀਂ ਦਿੱਤੀ।
ਮੈਟੇਜਨੋਮਿਕ ਸਮੱਗਰੀ ਮੁਲਾਂਕਣ ਨੇ PPA ਮੈਟਾਬੋਲਿਜ਼ਮ ਅਤੇ ਉਤਪਾਦਨ ਨਾਲ ਜੁੜੇ ਜੀਨਾਂ ਦੀ ਭਰਪੂਰਤਾ ਵਿੱਚ ਮਹੱਤਵਪੂਰਨ ਅੰਤਰ ਪ੍ਰਗਟ ਕੀਤੇ, ਜਿਸ ਵਿੱਚ PPA-ਐਕਸਪੋਜ਼ਰ ਕੀਤੇ ਚੂਹਿਆਂ ਨੇ PPA ਉਤਪਾਦਨ ਲਈ ਜ਼ਿੰਮੇਵਾਰ ਜੀਨਾਂ ਦੀ ਵਧੇਰੇ ਭਰਪੂਰਤਾ ਪ੍ਰਦਰਸ਼ਿਤ ਕੀਤੀ, ਜਦੋਂ ਕਿ ਗੈਰ-PPA-ਐਕਸਪੋਜ਼ਰ ਕੀਤੇ ਚੂਹਿਆਂ ਨੇ PAA ਮੈਟਾਬੋਲਿਜ਼ਮ ਲਈ ਜ਼ਿੰਮੇਵਾਰ ਜੀਨਾਂ ਦੀ ਵਧੇਰੇ ਭਰਪੂਰਤਾ ਪ੍ਰਦਰਸ਼ਿਤ ਕੀਤੀ (ਚਿੱਤਰ 6)। ਇਹ ਨਤੀਜੇ ਸੁਝਾਅ ਦਿੰਦੇ ਹਨ ਕਿ ਮਾਈਕ੍ਰੋਬਾਇਲ ਰਚਨਾ 'ਤੇ PPA ਦਾ ਪ੍ਰਭਾਵ ਸਿਰਫ਼ ਇਸਦੀ ਵਰਤੋਂ ਕਾਰਨ ਨਹੀਂ ਹੋ ਸਕਦਾ, ਨਹੀਂ ਤਾਂ PPA ਮੈਟਾਬੋਲਿਜ਼ਮ ਨਾਲ ਜੁੜੇ ਜੀਨਾਂ ਦੀ ਭਰਪੂਰਤਾ PPA-ਐਕਸਪੋਜ਼ਰ ਕੀਤੇ ਚੂਹਿਆਂ ਦੇ ਅੰਤੜੀਆਂ ਦੇ ਮਾਈਕ੍ਰੋਬਾਇਓਮ ਵਿੱਚ ਵਧੇਰੇ ਭਰਪੂਰਤਾ ਦਰਸਾਉਂਦੀ ਹੋਣੀ ਚਾਹੀਦੀ ਸੀ। ਇੱਕ ਸਪੱਸ਼ਟੀਕਰਨ ਇਹ ਹੈ ਕਿ PPA ਮੁੱਖ ਤੌਰ 'ਤੇ ਬੈਕਟੀਰੀਆ ਦੁਆਰਾ ਇੱਕ ਪੌਸ਼ਟਿਕ ਤੱਤ ਵਜੋਂ ਇਸਦੀ ਵਰਤੋਂ ਦੀ ਬਜਾਏ ਇਸਦੇ ਐਂਟੀਮਾਈਕਰੋਬਾਇਲ ਪ੍ਰਭਾਵਾਂ ਦੁਆਰਾ ਬੈਕਟੀਰੀਆ ਦੀ ਭਰਪੂਰਤਾ ਵਿੱਚ ਵਿਚੋਲਗੀ ਕਰਦਾ ਹੈ। ਪਿਛਲੇ ਅਧਿਐਨਾਂ ਨੇ ਦਿਖਾਇਆ ਹੈ ਕਿ PPA ਖੁਰਾਕ-ਨਿਰਭਰ ਤਰੀਕੇ ਨਾਲ ਸੈਲਮੋਨੇਲਾ ਟਾਈਫਿਮੂਰੀਅਮ ਦੇ ਵਾਧੇ ਨੂੰ ਰੋਕਦਾ ਹੈ (ਜੈਕਬਸਨ ਐਟ ਅਲ., 2018)। PPA ਦੀ ਉੱਚ ਗਾੜ੍ਹਾਪਣ ਦੇ ਸੰਪਰਕ ਵਿੱਚ ਆਉਣ ਨਾਲ ਬੈਕਟੀਰੀਆ ਦੀ ਚੋਣ ਹੋ ਸਕਦੀ ਹੈ ਜੋ ਇਸਦੇ ਐਂਟੀਮਾਈਕਰੋਬਾਇਲ ਗੁਣਾਂ ਪ੍ਰਤੀ ਰੋਧਕ ਹਨ ਅਤੇ ਜ਼ਰੂਰੀ ਤੌਰ 'ਤੇ ਇਸਨੂੰ ਮੈਟਾਬੋਲਾਈਜ਼ ਜਾਂ ਪੈਦਾ ਕਰਨ ਦੇ ਯੋਗ ਨਹੀਂ ਹੋ ਸਕਦੇ ਹਨ। ਉਦਾਹਰਨ ਲਈ, ਕਈ ਪੈਰਾਬੈਕਟੀਰੋਇਡ ਪ੍ਰਜਾਤੀਆਂ ਨੇ PPA ਨਮੂਨਿਆਂ ਵਿੱਚ ਕਾਫ਼ੀ ਜ਼ਿਆਦਾ ਭਰਪੂਰਤਾ ਦਿਖਾਈ, ਪਰ PPA ਮੈਟਾਬੋਲਿਜ਼ਮ ਜਾਂ ਉਤਪਾਦਨ ਨਾਲ ਸਬੰਧਤ ਕੋਈ ਜੀਨ ਨਹੀਂ ਲੱਭਿਆ ਗਿਆ (ਪੂਰਕ ਸਾਰਣੀਆਂ 2, 4, ਅਤੇ 5)। ਇਸ ਤੋਂ ਇਲਾਵਾ, ਇੱਕ ਫਰਮੈਂਟੇਸ਼ਨ ਉਪ-ਉਤਪਾਦ ਦੇ ਰੂਪ ਵਿੱਚ PPA ਉਤਪਾਦਨ ਵੱਖ-ਵੱਖ ਬੈਕਟੀਰੀਆ ਵਿੱਚ ਵਿਆਪਕ ਤੌਰ 'ਤੇ ਵੰਡਿਆ ਜਾਂਦਾ ਹੈ (ਗੋਂਜ਼ਾਲੇਜ਼-ਗਾਰਸੀਆ ਐਟ ਅਲ., 2017)। ਉੱਚ ਬੈਕਟੀਰੀਆ ਵਿਭਿੰਨਤਾ ਕੰਟਰੋਲ ਨਮੂਨਿਆਂ ਵਿੱਚ PPA ਮੈਟਾਬੋਲਿਜ਼ਮ ਨਾਲ ਸਬੰਧਤ ਜੀਨਾਂ ਦੀ ਉੱਚ ਭਰਪੂਰਤਾ ਦਾ ਕਾਰਨ ਹੋ ਸਕਦੀ ਹੈ (ਐਵੇਰੀਨਾ ਐਟ ਅਲ., 2020)। ਇਸ ਤੋਂ ਇਲਾਵਾ, 1332 ਜੀਨਾਂ ਵਿੱਚੋਂ ਸਿਰਫ਼ 27 (2.14%) ਨੂੰ PPA ਮੈਟਾਬੋਲਿਜ਼ਮ ਨਾਲ ਵਿਸ਼ੇਸ਼ ਤੌਰ 'ਤੇ ਜੁੜੇ ਜੀਨ ਹੋਣ ਦੀ ਭਵਿੱਖਬਾਣੀ ਕੀਤੀ ਗਈ ਸੀ। PPA ਮੈਟਾਬੋਲਿਜ਼ਮ ਨਾਲ ਜੁੜੇ ਬਹੁਤ ਸਾਰੇ ਜੀਨ ਹੋਰ ਮੈਟਾਬੋਲਿਕ ਮਾਰਗਾਂ ਵਿੱਚ ਵੀ ਸ਼ਾਮਲ ਹਨ। ਇਹ ਅੱਗੇ ਦਰਸਾਉਂਦਾ ਹੈ ਕਿ ਕੰਟਰੋਲ ਨਮੂਨਿਆਂ ਵਿੱਚ PPA ਮੈਟਾਬੋਲਿਜ਼ਮ ਵਿੱਚ ਸ਼ਾਮਲ ਜੀਨਾਂ ਦੀ ਭਰਪੂਰਤਾ ਵੱਧ ਸੀ; ਇਹ ਜੀਨ ਉਹਨਾਂ ਮਾਰਗਾਂ ਵਿੱਚ ਕੰਮ ਕਰ ਸਕਦੇ ਹਨ ਜਿਨ੍ਹਾਂ ਦੇ ਨਤੀਜੇ ਵਜੋਂ PPA ਉਪਯੋਗਤਾ ਜਾਂ ਉਪ-ਉਤਪਾਦ ਵਜੋਂ ਗਠਨ ਨਹੀਂ ਹੁੰਦਾ। ਇਸ ਸਥਿਤੀ ਵਿੱਚ, PPA ਪੀੜ੍ਹੀ ਨਾਲ ਜੁੜੇ ਸਿਰਫ਼ ਇੱਕ ਜੀਨ ਨੇ ਨਮੂਨੇ ਦੀਆਂ ਕਿਸਮਾਂ ਵਿਚਕਾਰ ਭਰਪੂਰਤਾ ਵਿੱਚ ਮਹੱਤਵਪੂਰਨ ਅੰਤਰ ਦਿਖਾਇਆ। ਪੀਪੀਏ ਮੈਟਾਬੋਲਿਜ਼ਮ ਨਾਲ ਜੁੜੇ ਜੀਨਾਂ ਦੇ ਉਲਟ, ਪੀਪੀਏ ਉਤਪਾਦਨ ਲਈ ਮਾਰਕਰ ਜੀਨਾਂ ਦੀ ਚੋਣ ਕੀਤੀ ਗਈ ਸੀ ਕਿਉਂਕਿ ਉਹ ਪੀਪੀਏ ਉਤਪਾਦਨ ਲਈ ਬੈਕਟੀਰੀਆ ਮਾਰਗ ਵਿੱਚ ਸਿੱਧੇ ਤੌਰ 'ਤੇ ਸ਼ਾਮਲ ਹੁੰਦੇ ਹਨ। ਪੀਪੀਏ-ਐਕਸਪੋਜ਼ਰ ਕੀਤੇ ਚੂਹਿਆਂ ਵਿੱਚ, ਸਾਰੀਆਂ ਪ੍ਰਜਾਤੀਆਂ ਵਿੱਚ ਪੀਪੀਏ ਪੈਦਾ ਕਰਨ ਦੀ ਭਰਪੂਰਤਾ ਅਤੇ ਸਮਰੱਥਾ ਵਿੱਚ ਕਾਫ਼ੀ ਵਾਧਾ ਪਾਇਆ ਗਿਆ। ਇਹ ਇਸ ਭਵਿੱਖਬਾਣੀ ਦਾ ਸਮਰਥਨ ਕਰਦਾ ਹੈ ਕਿ ਪੀਪੀਏ ਪੀਪੀਏ ਉਤਪਾਦਕਾਂ ਦੀ ਚੋਣ ਕਰਨਗੇ ਅਤੇ ਇਸ ਲਈ ਭਵਿੱਖਬਾਣੀ ਕਰਦੇ ਹਨ ਕਿ ਪੀਪੀਏ ਉਤਪਾਦਨ ਸਮਰੱਥਾ ਵਧੇਗੀ। ਹਾਲਾਂਕਿ, ਜੀਨ ਦੀ ਭਰਪੂਰਤਾ ਜ਼ਰੂਰੀ ਤੌਰ 'ਤੇ ਜੀਨ ਪ੍ਰਗਟਾਵੇ ਨਾਲ ਸੰਬੰਧਿਤ ਨਹੀਂ ਹੈ; ਇਸ ਤਰ੍ਹਾਂ, ਹਾਲਾਂਕਿ ਕੰਟਰੋਲ ਨਮੂਨਿਆਂ ਵਿੱਚ ਪੀਪੀਏ ਮੈਟਾਬੋਲਿਜ਼ਮ ਨਾਲ ਜੁੜੇ ਜੀਨਾਂ ਦੀ ਭਰਪੂਰਤਾ ਵੱਧ ਹੈ, ਪ੍ਰਗਟਾਵੇ ਦੀ ਦਰ ਵੱਖਰੀ ਹੋ ਸਕਦੀ ਹੈ (ਸ਼ੀ ਐਟ ਅਲ., 2014)। ਪੀਪੀਏ-ਉਤਪਾਦਕ ਜੀਨਾਂ ਦੇ ਪ੍ਰਚਲਨ ਅਤੇ ਪੀਪੀਏ ਉਤਪਾਦਨ ਵਿਚਕਾਰ ਸਬੰਧ ਦੀ ਪੁਸ਼ਟੀ ਕਰਨ ਲਈ, ਪੀਪੀਏ ਉਤਪਾਦਨ ਵਿੱਚ ਸ਼ਾਮਲ ਜੀਨਾਂ ਦੇ ਪ੍ਰਗਟਾਵੇ ਦੇ ਅਧਿਐਨ ਦੀ ਲੋੜ ਹੈ।
PPA ਅਤੇ ਕੰਟਰੋਲ ਮੈਟਾਜੀਨੋਮਜ਼ ਦੇ ਕਾਰਜਸ਼ੀਲ ਐਨੋਟੇਸ਼ਨ ਨੇ ਕੁਝ ਅੰਤਰ ਪ੍ਰਗਟ ਕੀਤੇ। ਜੀਨ ਸਮੱਗਰੀ ਦੇ PCA ਵਿਸ਼ਲੇਸ਼ਣ ਨੇ PPA ਅਤੇ ਕੰਟਰੋਲ ਨਮੂਨਿਆਂ ਵਿਚਕਾਰ ਵੱਖਰੇ ਕਲੱਸਟਰਾਂ ਦਾ ਖੁਲਾਸਾ ਕੀਤਾ (ਚਿੱਤਰ 5)। ਅੰਦਰ-ਨਮੂਨਾ ਕਲੱਸਟਰਿੰਗ ਨੇ ਖੁਲਾਸਾ ਕੀਤਾ ਕਿ ਨਿਯੰਤਰਣ ਜੀਨ ਸਮੱਗਰੀ ਵਧੇਰੇ ਵਿਭਿੰਨ ਸੀ, ਜਦੋਂ ਕਿ PPA ਨਮੂਨੇ ਇਕੱਠੇ ਕਲੱਸਟਰ ਸਨ। ਜੀਨ ਸਮੱਗਰੀ ਦੁਆਰਾ ਕਲੱਸਟਰਿੰਗ ਪ੍ਰਜਾਤੀਆਂ ਦੀ ਰਚਨਾ ਦੁਆਰਾ ਕਲੱਸਟਰਿੰਗ ਦੇ ਮੁਕਾਬਲੇ ਸੀ। ਇਸ ਤਰ੍ਹਾਂ, ਮਾਰਗ ਦੀ ਭਰਪੂਰਤਾ ਵਿੱਚ ਅੰਤਰ ਖਾਸ ਪ੍ਰਜਾਤੀਆਂ ਅਤੇ ਉਹਨਾਂ ਦੇ ਅੰਦਰ ਤਣਾਅ ਦੀ ਭਰਪੂਰਤਾ ਵਿੱਚ ਤਬਦੀਲੀਆਂ ਦੇ ਨਾਲ ਇਕਸਾਰ ਹਨ। PPA ਨਮੂਨਿਆਂ ਵਿੱਚ, ਮਹੱਤਵਪੂਰਨ ਤੌਰ 'ਤੇ ਉੱਚ ਭਰਪੂਰਤਾ ਵਾਲੇ ਦੋ ਰਸਤੇ ਐਮੀਨੋਸ਼ੂਗਰ/ਨਿਊਕਲੀਓਟਾਈਡ ਸ਼ੂਗਰ ਮੈਟਾਬੋਲਿਜ਼ਮ (ko:K21279) ਅਤੇ ਮਲਟੀਪਲ ਲਿਪਿਡ ਮੈਟਾਬੋਲਿਜ਼ਮ ਮਾਰਗਾਂ (ko:K00647, ko:K03801; ਪੂਰਕ ਸਾਰਣੀ 3) ਨਾਲ ਸਬੰਧਤ ਸਨ। ko:K21279 ਨਾਲ ਜੁੜੇ ਜੀਨ ਜੀਨਸ ਬੈਕਟੀਰੋਇਡਜ਼ ਨਾਲ ਜੁੜੇ ਹੋਣ ਲਈ ਜਾਣੇ ਜਾਂਦੇ ਹਨ, ਜੋ ਕਿ PPA ਨਮੂਨਿਆਂ ਵਿੱਚ ਪ੍ਰਜਾਤੀਆਂ ਦੀ ਇੱਕ ਮਹੱਤਵਪੂਰਨ ਤੌਰ 'ਤੇ ਵੱਧ ਸੰਖਿਆ ਵਾਲੀ ਪੀੜ੍ਹੀ ਵਿੱਚੋਂ ਇੱਕ ਹੈ। ਇਹ ਐਨਜ਼ਾਈਮ ਕੈਪਸੂਲਰ ਪੋਲੀਸੈਕਰਾਈਡਜ਼ (ਵੈਂਗ ਐਟ ਅਲ., 2008) ਨੂੰ ਪ੍ਰਗਟ ਕਰਕੇ ਇਮਿਊਨ ਪ੍ਰਤੀਕਿਰਿਆ ਤੋਂ ਬਚ ਸਕਦਾ ਹੈ। ਇਹ PPA-ਸੰਪਰਕ ਵਾਲੇ ਚੂਹਿਆਂ ਵਿੱਚ ਦੇਖੇ ਗਏ ਬੈਕਟੀਰੋਇਡੇਟਸ ਵਿੱਚ ਵਾਧੇ ਦਾ ਕਾਰਨ ਬਣ ਸਕਦਾ ਹੈ। ਇਹ PPA ਮਾਈਕ੍ਰੋਬਾਇਓਮ ਵਿੱਚ ਦੇਖੇ ਗਏ ਵਧੇ ਹੋਏ ਫੈਟੀ ਐਸਿਡ ਸੰਸਲੇਸ਼ਣ ਨੂੰ ਪੂਰਾ ਕਰਦਾ ਹੈ। ਬੈਕਟੀਰੀਆ ਫੈਟੀ ਐਸਿਡ ਪੈਦਾ ਕਰਨ ਲਈ FASIIko:K00647 (fabB) ਮਾਰਗ ਦੀ ਵਰਤੋਂ ਕਰਦੇ ਹਨ, ਜੋ ਮੇਜ਼ਬਾਨ ਮੈਟਾਬੋਲਿਕ ਮਾਰਗਾਂ ਨੂੰ ਪ੍ਰਭਾਵਿਤ ਕਰ ਸਕਦਾ ਹੈ (Yao and Rock, 2015; Johnson et al., 2020), ਅਤੇ ਲਿਪਿਡ ਮੈਟਾਬੋਲਿਜ਼ਮ ਵਿੱਚ ਬਦਲਾਅ ਨਿਊਰੋਡਿਵੈਲਪਮੈਂਟ ਵਿੱਚ ਭੂਮਿਕਾ ਨਿਭਾ ਸਕਦੇ ਹਨ (Yu et al., 2020)। PPA ਨਮੂਨਿਆਂ ਵਿੱਚ ਵਧੀ ਹੋਈ ਭਰਪੂਰਤਾ ਨੂੰ ਦਰਸਾਉਣ ਵਾਲਾ ਇੱਕ ਹੋਰ ਮਾਰਗ ਸਟੀਰੌਇਡ ਹਾਰਮੋਨ ਬਾਇਓਸਿੰਥੇਸਿਸ (ko:K12343) ਸੀ। ਇਸ ਗੱਲ ਦੇ ਵਧਦੇ ਸਬੂਤ ਹਨ ਕਿ ਅੰਤੜੀਆਂ ਦੇ ਮਾਈਕ੍ਰੋਬਾਇਓਟਾ ਦੀ ਹਾਰਮੋਨ ਦੇ ਪੱਧਰਾਂ ਨੂੰ ਪ੍ਰਭਾਵਿਤ ਕਰਨ ਅਤੇ ਹਾਰਮੋਨਾਂ ਦੁਆਰਾ ਪ੍ਰਭਾਵਿਤ ਹੋਣ ਦੀ ਯੋਗਤਾ ਵਿਚਕਾਰ ਇੱਕ ਉਲਟ ਸਬੰਧ ਹੈ, ਜਿਵੇਂ ਕਿ ਉੱਚੇ ਸਟੀਰੌਇਡ ਪੱਧਰਾਂ ਦੇ ਡਾਊਨਸਟ੍ਰੀਮ ਸਿਹਤ ਨਤੀਜੇ ਹੋ ਸਕਦੇ ਹਨ (Tetel et al., 2018)।
ਇਹ ਅਧਿਐਨ ਸੀਮਾਵਾਂ ਅਤੇ ਵਿਚਾਰਾਂ ਤੋਂ ਬਿਨਾਂ ਨਹੀਂ ਹੈ। ਇੱਕ ਮਹੱਤਵਪੂਰਨ ਅੰਤਰ ਇਹ ਹੈ ਕਿ ਅਸੀਂ ਜਾਨਵਰਾਂ ਦੇ ਸਰੀਰਕ ਮੁਲਾਂਕਣ ਨਹੀਂ ਕੀਤੇ। ਇਸ ਲਈ, ਇਹ ਸਿੱਧੇ ਤੌਰ 'ਤੇ ਸਿੱਟਾ ਕੱਢਣਾ ਸੰਭਵ ਨਹੀਂ ਹੈ ਕਿ ਕੀ ਮਾਈਕ੍ਰੋਬਾਇਓਮ ਵਿੱਚ ਬਦਲਾਅ ਕਿਸੇ ਬਿਮਾਰੀ ਨਾਲ ਜੁੜੇ ਹੋਏ ਹਨ। ਇੱਕ ਹੋਰ ਵਿਚਾਰ ਇਹ ਹੈ ਕਿ ਇਸ ਅਧਿਐਨ ਵਿੱਚ ਚੂਹਿਆਂ ਨੂੰ ਉਨ੍ਹਾਂ ਦੀਆਂ ਮਾਵਾਂ ਵਾਂਗ ਹੀ ਖੁਰਾਕ ਦਿੱਤੀ ਗਈ ਸੀ। ਭਵਿੱਖ ਦੇ ਅਧਿਐਨ ਇਹ ਨਿਰਧਾਰਤ ਕਰ ਸਕਦੇ ਹਨ ਕਿ ਕੀ PPA-ਅਮੀਰ ਖੁਰਾਕ ਤੋਂ PPA-ਮੁਕਤ ਖੁਰਾਕ ਵਿੱਚ ਬਦਲਣ ਨਾਲ ਮਾਈਕ੍ਰੋਬਾਇਓਮ 'ਤੇ ਇਸਦੇ ਪ੍ਰਭਾਵਾਂ ਵਿੱਚ ਸੁਧਾਰ ਹੁੰਦਾ ਹੈ। ਸਾਡੇ ਅਧਿਐਨ ਦੀ ਇੱਕ ਸੀਮਾ, ਬਹੁਤ ਸਾਰੇ ਹੋਰਾਂ ਵਾਂਗ, ਸੀਮਤ ਨਮੂਨਾ ਆਕਾਰ ਹੈ। ਹਾਲਾਂਕਿ ਵੈਧ ਸਿੱਟੇ ਕੱਢੇ ਜਾ ਸਕਦੇ ਹਨ, ਨਤੀਜਿਆਂ ਦਾ ਵਿਸ਼ਲੇਸ਼ਣ ਕਰਦੇ ਸਮੇਂ ਇੱਕ ਵੱਡਾ ਨਮੂਨਾ ਆਕਾਰ ਵਧੇਰੇ ਅੰਕੜਾਤਮਕ ਸ਼ਕਤੀ ਪ੍ਰਦਾਨ ਕਰੇਗਾ। ਅਸੀਂ ਅੰਤੜੀਆਂ ਦੇ ਮਾਈਕ੍ਰੋਬਾਇਓਮ ਵਿੱਚ ਤਬਦੀਲੀਆਂ ਅਤੇ ਕਿਸੇ ਵੀ ਬਿਮਾਰੀ (Yap et al., 2021) ਵਿਚਕਾਰ ਸਬੰਧ ਬਾਰੇ ਸਿੱਟੇ ਕੱਢਣ ਬਾਰੇ ਵੀ ਸਾਵਧਾਨ ਹਾਂ। ਉਮਰ, ਲਿੰਗ ਅਤੇ ਖੁਰਾਕ ਸਮੇਤ ਉਲਝਣ ਵਾਲੇ ਕਾਰਕ ਸੂਖਮ ਜੀਵਾਂ ਦੀ ਰਚਨਾ ਨੂੰ ਮਹੱਤਵਪੂਰਨ ਤੌਰ 'ਤੇ ਪ੍ਰਭਾਵਿਤ ਕਰ ਸਕਦੇ ਹਨ। ਇਹ ਕਾਰਕ ਅੰਤੜੀਆਂ ਦੇ ਮਾਈਕ੍ਰੋਬਾਇਓਮ ਦੇ ਗੁੰਝਲਦਾਰ ਬਿਮਾਰੀਆਂ ਨਾਲ ਸਬੰਧ ਸੰਬੰਧੀ ਸਾਹਿਤ ਵਿੱਚ ਦੇਖੇ ਗਏ ਅਸੰਗਤੀਆਂ ਦੀ ਵਿਆਖਿਆ ਕਰ ਸਕਦੇ ਹਨ (Johnson et al., 2019; Lagod and Naser, 2023)। ਉਦਾਹਰਨ ਲਈ, ਬੈਕਟੀਰੋਇਡੇਟਸ ਜੀਨਸ ਦੇ ਮੈਂਬਰਾਂ ਨੂੰ ASD ਵਾਲੇ ਜਾਨਵਰਾਂ ਅਤੇ ਮਨੁੱਖਾਂ ਵਿੱਚ ਵਧਿਆ ਜਾਂ ਘਟਿਆ ਦਿਖਾਇਆ ਗਿਆ ਹੈ (ਐਂਜਲਿਸ ਐਟ ਅਲ., 2013; ਕੁਸ਼ਕ ਐਟ ਅਲ., 2017)। ਇਸੇ ਤਰ੍ਹਾਂ, ਸੋਜਸ਼ ਵਾਲੀ ਅੰਤੜੀ ਦੀਆਂ ਬਿਮਾਰੀਆਂ ਵਾਲੇ ਮਰੀਜ਼ਾਂ ਵਿੱਚ ਅੰਤੜੀਆਂ ਦੀ ਰਚਨਾ ਦੇ ਅਧਿਐਨਾਂ ਨੇ ਇੱਕੋ ਟੈਕਸਾ ਵਿੱਚ ਵਾਧਾ ਅਤੇ ਕਮੀ ਦੋਵੇਂ ਪਾਏ ਹਨ (ਵਾਲਟਰਸ ਐਟ ਅਲ., 2014; ਫੋਰਬਸ ਐਟ ਅਲ., 2018; ਉਪਾਧਿਆਏ ਐਟ ਅਲ., 2023)। ਲਿੰਗ ਪੱਖਪਾਤ ਦੇ ਪ੍ਰਭਾਵ ਨੂੰ ਸੀਮਤ ਕਰਨ ਲਈ, ਅਸੀਂ ਲਿੰਗਾਂ ਦੀ ਬਰਾਬਰ ਪ੍ਰਤੀਨਿਧਤਾ ਨੂੰ ਯਕੀਨੀ ਬਣਾਉਣ ਦੀ ਕੋਸ਼ਿਸ਼ ਕੀਤੀ ਤਾਂ ਜੋ ਅੰਤਰ ਜ਼ਿਆਦਾਤਰ ਖੁਰਾਕ ਦੁਆਰਾ ਚਲਾਏ ਜਾਣ। ਕਾਰਜਸ਼ੀਲ ਐਨੋਟੇਸ਼ਨ ਦੀ ਇੱਕ ਚੁਣੌਤੀ ਬੇਲੋੜੀ ਜੀਨ ਕ੍ਰਮਾਂ ਨੂੰ ਹਟਾਉਣਾ ਹੈ। ਸਾਡੇ ਜੀਨ ਕਲੱਸਟਰਿੰਗ ਵਿਧੀ ਲਈ 95% ਕ੍ਰਮ ਪਛਾਣ ਅਤੇ 85% ਲੰਬਾਈ ਸਮਾਨਤਾ, ਅਤੇ ਨਾਲ ਹੀ ਝੂਠੇ ਕਲੱਸਟਰਿੰਗ ਨੂੰ ਖਤਮ ਕਰਨ ਲਈ 90% ਅਲਾਈਨਮੈਂਟ ਕਵਰੇਜ ਦੀ ਲੋੜ ਹੁੰਦੀ ਹੈ। ਹਾਲਾਂਕਿ, ਕੁਝ ਮਾਮਲਿਆਂ ਵਿੱਚ, ਅਸੀਂ ਇੱਕੋ ਐਨੋਟੇਸ਼ਨ (ਜਿਵੇਂ ਕਿ, MUT) (ਚਿੱਤਰ 6) ਵਾਲੇ COGs ਨੂੰ ਦੇਖਿਆ। ਇਹ ਨਿਰਧਾਰਤ ਕਰਨ ਲਈ ਹੋਰ ਅਧਿਐਨਾਂ ਦੀ ਲੋੜ ਹੈ ਕਿ ਕੀ ਇਹ ਆਰਥੋਲੋਗ ਵੱਖਰੇ ਹਨ, ਖਾਸ ਪੀੜ੍ਹੀ ਨਾਲ ਜੁੜੇ ਹੋਏ ਹਨ, ਜਾਂ ਕੀ ਇਹ ਜੀਨ ਕਲੱਸਟਰਿੰਗ ਪਹੁੰਚ ਦੀ ਇੱਕ ਸੀਮਾ ਹੈ। ਫੰਕਸ਼ਨਲ ਐਨੋਟੇਸ਼ਨ ਦੀ ਇੱਕ ਹੋਰ ਸੀਮਾ ਸੰਭਾਵੀ ਗਲਤ ਵਰਗੀਕਰਨ ਹੈ; ਬੈਕਟੀਰੀਆ ਜੀਨ mmdA ਪ੍ਰੋਪੀਓਨੇਟ ਸੰਸਲੇਸ਼ਣ ਵਿੱਚ ਸ਼ਾਮਲ ਇੱਕ ਜਾਣਿਆ-ਪਛਾਣਿਆ ਐਨਜ਼ਾਈਮ ਹੈ, ਪਰ KEGG ਇਸਨੂੰ ਪ੍ਰੋਪੀਓਨੇਟ ਮੈਟਾਬੋਲਿਕ ਮਾਰਗ ਨਾਲ ਨਹੀਂ ਜੋੜਦਾ ਹੈ। ਇਸਦੇ ਉਲਟ, scpB ਅਤੇ mmcD ਆਰਥੋਲੋਗ ਸੰਬੰਧਿਤ ਹਨ। ਨਿਰਧਾਰਤ ਨਾਕਆਊਟਸ ਤੋਂ ਬਿਨਾਂ ਜੀਨਾਂ ਦੀ ਵੱਡੀ ਗਿਣਤੀ ਦੇ ਨਤੀਜੇ ਵਜੋਂ ਜੀਨ ਦੀ ਭਰਪੂਰਤਾ ਦਾ ਮੁਲਾਂਕਣ ਕਰਦੇ ਸਮੇਂ PPA-ਸਬੰਧਤ ਜੀਨਾਂ ਦੀ ਪਛਾਣ ਕਰਨ ਵਿੱਚ ਅਸਮਰੱਥਾ ਹੋ ਸਕਦੀ ਹੈ। ਭਵਿੱਖ ਦੇ ਅਧਿਐਨਾਂ ਨੂੰ ਮੈਟਾਟ੍ਰਾਂਸਕ੍ਰਿਪਟੋਮ ਵਿਸ਼ਲੇਸ਼ਣ ਤੋਂ ਲਾਭ ਹੋਵੇਗਾ, ਜੋ ਅੰਤੜੀਆਂ ਦੇ ਮਾਈਕ੍ਰੋਬਾਇਓਟਾ ਦੀਆਂ ਕਾਰਜਸ਼ੀਲ ਵਿਸ਼ੇਸ਼ਤਾਵਾਂ ਦੀ ਡੂੰਘੀ ਸਮਝ ਪ੍ਰਦਾਨ ਕਰ ਸਕਦਾ ਹੈ ਅਤੇ ਜੀਨ ਪ੍ਰਗਟਾਵੇ ਨੂੰ ਸੰਭਾਵੀ ਡਾਊਨਸਟ੍ਰੀਮ ਪ੍ਰਭਾਵਾਂ ਨਾਲ ਜੋੜ ਸਕਦਾ ਹੈ। ਖਾਸ ਨਿਊਰੋਡਿਵੈਲਪਮੈਂਟਲ ਵਿਕਾਰ ਜਾਂ ਸੋਜਸ਼ ਵਾਲੀ ਅੰਤੜੀਆਂ ਦੀਆਂ ਬਿਮਾਰੀਆਂ ਨਾਲ ਸਬੰਧਤ ਅਧਿਐਨਾਂ ਲਈ, ਮਾਈਕ੍ਰੋਬਾਇਓਮ ਰਚਨਾ ਵਿੱਚ ਤਬਦੀਲੀਆਂ ਨੂੰ ਇਹਨਾਂ ਵਿਕਾਰਾਂ ਨਾਲ ਜੋੜਨ ਲਈ ਜਾਨਵਰਾਂ ਦੇ ਸਰੀਰਕ ਅਤੇ ਵਿਵਹਾਰਕ ਮੁਲਾਂਕਣਾਂ ਦੀ ਲੋੜ ਹੈ। ਅੰਤੜੀਆਂ ਦੇ ਮਾਈਕ੍ਰੋਬਾਇਓਮ ਨੂੰ ਜਰਮ-ਮੁਕਤ ਚੂਹਿਆਂ ਵਿੱਚ ਟ੍ਰਾਂਸਪਲਾਂਟ ਕਰਨ ਵਾਲੇ ਵਾਧੂ ਅਧਿਐਨ ਇਹ ਨਿਰਧਾਰਤ ਕਰਨ ਲਈ ਵੀ ਲਾਭਦਾਇਕ ਹੋਣਗੇ ਕਿ ਕੀ ਮਾਈਕ੍ਰੋਬਾਇਓਮ ਬਿਮਾਰੀ ਦਾ ਡਰਾਈਵਰ ਹੈ ਜਾਂ ਵਿਸ਼ੇਸ਼ਤਾ ਹੈ।
ਸੰਖੇਪ ਵਿੱਚ, ਅਸੀਂ ਦਿਖਾਇਆ ਹੈ ਕਿ ਖੁਰਾਕੀ PPA ਅੰਤੜੀਆਂ ਦੇ ਮਾਈਕ੍ਰੋਬਾਇਓਟਾ ਦੀ ਰਚਨਾ ਨੂੰ ਬਦਲਣ ਵਿੱਚ ਇੱਕ ਕਾਰਕ ਵਜੋਂ ਕੰਮ ਕਰਦਾ ਹੈ। PPA ਇੱਕ FDA-ਪ੍ਰਵਾਨਿਤ ਪ੍ਰੀਜ਼ਰਵੇਟਿਵ ਹੈ ਜੋ ਵੱਖ-ਵੱਖ ਭੋਜਨਾਂ ਵਿੱਚ ਵਿਆਪਕ ਤੌਰ 'ਤੇ ਪਾਇਆ ਜਾਂਦਾ ਹੈ, ਜੋ ਲੰਬੇ ਸਮੇਂ ਦੇ ਸੰਪਰਕ ਵਿੱਚ ਆਉਣ 'ਤੇ, ਆਮ ਅੰਤੜੀਆਂ ਦੇ ਬਨਸਪਤੀ ਵਿੱਚ ਵਿਘਨ ਪਾ ਸਕਦਾ ਹੈ। ਸਾਨੂੰ ਕਈ ਬੈਕਟੀਰੀਆ ਦੀ ਭਰਪੂਰਤਾ ਵਿੱਚ ਬਦਲਾਅ ਮਿਲੇ, ਜੋ ਸੁਝਾਅ ਦਿੰਦੇ ਹਨ ਕਿ PPA ਅੰਤੜੀਆਂ ਦੇ ਮਾਈਕ੍ਰੋਬਾਇਓਟਾ ਦੀ ਰਚਨਾ ਨੂੰ ਪ੍ਰਭਾਵਤ ਕਰ ਸਕਦਾ ਹੈ। ਮਾਈਕ੍ਰੋਬਾਇਓਟਾ ਵਿੱਚ ਬਦਲਾਅ ਕੁਝ ਪਾਚਕ ਮਾਰਗਾਂ ਦੇ ਪੱਧਰਾਂ ਵਿੱਚ ਬਦਲਾਅ ਲਿਆ ਸਕਦੇ ਹਨ, ਜਿਸ ਨਾਲ ਸਰੀਰਕ ਤਬਦੀਲੀਆਂ ਹੋ ਸਕਦੀਆਂ ਹਨ ਜੋ ਮੇਜ਼ਬਾਨ ਸਿਹਤ ਲਈ ਢੁਕਵੇਂ ਹਨ। ਇਹ ਨਿਰਧਾਰਤ ਕਰਨ ਲਈ ਹੋਰ ਅਧਿਐਨਾਂ ਦੀ ਲੋੜ ਹੈ ਕਿ ਕੀ ਖੁਰਾਕੀ PPA ਦੇ ਮਾਈਕ੍ਰੋਬਾਇਓਸਿਸ ਜਾਂ ਹੋਰ ਬਿਮਾਰੀਆਂ ਦਾ ਕਾਰਨ ਬਣ ਸਕਦੇ ਹਨ। ਇਹ ਅਧਿਐਨ ਭਵਿੱਖ ਦੇ ਅਧਿਐਨਾਂ ਲਈ ਨੀਂਹ ਰੱਖਦਾ ਹੈ ਕਿ ਅੰਤੜੀਆਂ ਦੀ ਰਚਨਾ 'ਤੇ PPA ਦੇ ਪ੍ਰਭਾਵ ਮਨੁੱਖੀ ਸਿਹਤ ਨੂੰ ਕਿਵੇਂ ਪ੍ਰਭਾਵਤ ਕਰ ਸਕਦੇ ਹਨ।
ਇਸ ਅਧਿਐਨ ਵਿੱਚ ਪੇਸ਼ ਕੀਤੇ ਗਏ ਡੇਟਾਸੈੱਟ ਔਨਲਾਈਨ ਰਿਪੋਜ਼ਟਰੀਆਂ ਵਿੱਚ ਉਪਲਬਧ ਹਨ। ਰਿਪੋਜ਼ਟਰੀਆਂ ਦਾ ਨਾਮ ਅਤੇ ਐਕਸੈਸ਼ਨ ਨੰਬਰ ਹਨ: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/, PRJNA1092431।
ਇਸ ਜਾਨਵਰ ਅਧਿਐਨ ਨੂੰ ਯੂਨੀਵਰਸਿਟੀ ਆਫ਼ ਸੈਂਟਰਲ ਫਲੋਰੀਡਾ ਸੰਸਥਾਗਤ ਜਾਨਵਰ ਦੇਖਭਾਲ ਅਤੇ ਵਰਤੋਂ ਕਮੇਟੀ (UCF-IACUC) (ਪਸ਼ੂ ਵਰਤੋਂ ਪਰਮਿਟ ਨੰਬਰ: PROTO202000002) ਦੁਆਰਾ ਮਨਜ਼ੂਰੀ ਦਿੱਤੀ ਗਈ ਸੀ। ਇਹ ਅਧਿਐਨ ਸਥਾਨਕ ਕਾਨੂੰਨਾਂ, ਨਿਯਮਾਂ ਅਤੇ ਸੰਸਥਾਗਤ ਜ਼ਰੂਰਤਾਂ ਦੀ ਪਾਲਣਾ ਕਰਦਾ ਹੈ।
NG: ਸੰਕਲਪੀਕਰਨ, ਡੇਟਾ ਕਿਊਰੇਸ਼ਨ, ਰਸਮੀ ਵਿਸ਼ਲੇਸ਼ਣ, ਜਾਂਚ, ਵਿਧੀ ਵਿਗਿਆਨ, ਸਾਫਟਵੇਅਰ, ਵਿਜ਼ੂਅਲਾਈਜ਼ੇਸ਼ਨ, ਲਿਖਣਾ (ਮੂਲ ਡਰਾਫਟ), ਲਿਖਣਾ (ਸਮੀਖਿਆ ਅਤੇ ਸੰਪਾਦਨ)। LA: ਸੰਕਲਪੀਕਰਨ, ਡੇਟਾ ਕਿਊਰੇਸ਼ਨ, ਵਿਧੀ ਵਿਗਿਆਨ, ਸਰੋਤ, ਲਿਖਣਾ (ਸਮੀਖਿਆ ਅਤੇ ਸੰਪਾਦਨ)। SH: ਰਸਮੀ ਵਿਸ਼ਲੇਸ਼ਣ, ਸਾਫਟਵੇਅਰ, ਲਿਖਣਾ (ਸਮੀਖਿਆ ਅਤੇ ਸੰਪਾਦਨ)। SA: ਜਾਂਚ, ਲਿਖਣਾ (ਸਮੀਖਿਆ ਅਤੇ ਸੰਪਾਦਨ)। ਮੁੱਖ ਜੱਜ: ਜਾਂਚ, ਲਿਖਣਾ (ਸਮੀਖਿਆ ਅਤੇ ਸੰਪਾਦਨ)। SN: ਸੰਕਲਪੀਕਰਨ, ਪ੍ਰੋਜੈਕਟ ਪ੍ਰਸ਼ਾਸਨ, ਸਰੋਤ, ਨਿਗਰਾਨੀ, ਲਿਖਣਾ (ਸਮੀਖਿਆ ਅਤੇ ਸੰਪਾਦਨ)। TA: ਸੰਕਲਪੀਕਰਨ, ਪ੍ਰੋਜੈਕਟ ਪ੍ਰਸ਼ਾਸਨ, ਨਿਗਰਾਨੀ, ਲਿਖਣਾ (ਸਮੀਖਿਆ ਅਤੇ ਸੰਪਾਦਨ)।
ਲੇਖਕਾਂ ਨੇ ਐਲਾਨ ਕੀਤਾ ਕਿ ਉਨ੍ਹਾਂ ਨੂੰ ਇਸ ਲੇਖ ਦੀ ਖੋਜ, ਲੇਖਕਤਾ, ਅਤੇ/ਜਾਂ ਪ੍ਰਕਾਸ਼ਨ ਲਈ ਕੋਈ ਵਿੱਤੀ ਸਹਾਇਤਾ ਨਹੀਂ ਮਿਲੀ।
ਲੇਖਕ ਐਲਾਨ ਕਰਦੇ ਹਨ ਕਿ ਇਹ ਖੋਜ ਕਿਸੇ ਵੀ ਵਪਾਰਕ ਜਾਂ ਵਿੱਤੀ ਸਬੰਧਾਂ ਦੀ ਅਣਹੋਂਦ ਵਿੱਚ ਕੀਤੀ ਗਈ ਸੀ ਜਿਸਨੂੰ ਹਿੱਤਾਂ ਦੇ ਸੰਭਾਵੀ ਟਕਰਾਅ ਵਜੋਂ ਸਮਝਿਆ ਜਾ ਸਕਦਾ ਹੈ। ਲਾਗੂ ਨਹੀਂ ਹੈ।
ਇਸ ਲੇਖ ਵਿੱਚ ਪ੍ਰਗਟ ਕੀਤੇ ਗਏ ਸਾਰੇ ਵਿਚਾਰ ਸਿਰਫ਼ ਲੇਖਕਾਂ ਦੇ ਹਨ ਅਤੇ ਜ਼ਰੂਰੀ ਨਹੀਂ ਕਿ ਉਹ ਉਨ੍ਹਾਂ ਦੀਆਂ ਸੰਸਥਾਵਾਂ, ਪ੍ਰਕਾਸ਼ਕਾਂ, ਸੰਪਾਦਕਾਂ, ਜਾਂ ਸਮੀਖਿਅਕਾਂ ਦੇ ਵਿਚਾਰਾਂ ਨੂੰ ਦਰਸਾਉਂਦੇ ਹੋਣ। ਇਸ ਲੇਖ ਵਿੱਚ ਮੁਲਾਂਕਣ ਕੀਤੇ ਗਏ ਕਿਸੇ ਵੀ ਉਤਪਾਦ, ਜਾਂ ਉਨ੍ਹਾਂ ਦੇ ਨਿਰਮਾਤਾਵਾਂ ਦੁਆਰਾ ਕੀਤੇ ਗਏ ਕਿਸੇ ਵੀ ਦਾਅਵੇ ਦੀ ਪ੍ਰਕਾਸ਼ਕ ਦੁਆਰਾ ਗਰੰਟੀ ਜਾਂ ਸਮਰਥਨ ਨਹੀਂ ਕੀਤਾ ਜਾਂਦਾ ਹੈ।
ਇਸ ਲੇਖ ਲਈ ਪੂਰਕ ਸਮੱਗਰੀ ਔਨਲਾਈਨ ਮਿਲ ਸਕਦੀ ਹੈ: https://www.frontiersin.org/articles/10.3389/frmbi.2024.1451735/full#supplementary-material
ਅਬਦੇਲੀ ਐਲਐਸ, ਸੈਮਸਮ ਏ, ਨਾਸਰ ਐਸਏ (2019)। ਪ੍ਰੋਪੀਓਨਿਕ ਐਸਿਡ ਔਟਿਜ਼ਮ ਸਪੈਕਟ੍ਰਮ ਵਿਕਾਰ ਵਿੱਚ PTEN/AKT ਮਾਰਗ ਨੂੰ ਨਿਯਮਤ ਕਰਕੇ ਗਲਿਓਸਿਸ ਅਤੇ ਨਿਊਰੋਇਨਫਲੇਮੇਸ਼ਨ ਨੂੰ ਪ੍ਰੇਰਿਤ ਕਰਦਾ ਹੈ। ਵਿਗਿਆਨਕ ਰਿਪੋਰਟਾਂ 9, 8824–8824। doi: 10.1038/s41598-019-45348-z
ਐਚੀਸਨ, ਜੇ. (1982)। ਰਚਨਾਤਮਕ ਡੇਟਾ ਦਾ ਅੰਕੜਾ ਵਿਸ਼ਲੇਸ਼ਣ। ਜੇਆਰ ਸਟੈਟ ਸੋਕ ਸਰ ਬੀ ਮੈਥੋਡੋਲ। 44, 139–160। doi: 10.1111/j.2517-6161.1982.tb01195.x
ਆਹਨ ਜੇ, ਕਵੋਨ ਐਚ, ਕਿਮ ਵਾਈਜੇ (2023)। ਛਾਤੀ ਦੇ ਕੈਂਸਰ ਲਈ ਜੋਖਮ ਕਾਰਕ ਵਜੋਂ ਫਰਮੀਕਿਊਟਸ/ਬੈਕਟੀਰੋਇਡੇਟਸ ਅਨੁਪਾਤ। ਜਰਨਲ ਆਫ਼ ਕਲੀਨਿਕਲ ਮੈਡੀਸਨ, 12, 2216। doi: 10.3390/jcm12062216
ਐਂਡਰਸ ਐਸ., ਹਿਊਬਰ ਡਬਲਯੂ. (2010)। ਕ੍ਰਮ ਗਿਣਤੀ ਡੇਟਾ ਦਾ ਵਿਭਿੰਨ ਪ੍ਰਗਟਾਵਾ ਵਿਸ਼ਲੇਸ਼ਣ। ਨੈਟ ਪਿਛਲਾ 1–1, 1–10। doi: 10.1038/npre.2010.4282.1
ਐਂਜਲਿਸ, ਐਮਡੀ, ਪਿਕੋਲੋ, ਐਮ., ਵੈਨੀਨੀ, ਐਲ., ਸਿਰਾਗੁਸਾ, ਐਸ., ਗਿਆਕੋਮੋ, ਏਡੀ, ਸੇਰਾਜ਼ਾਨੇਟੀ, ਡੀਆਈ, ਆਦਿ। (2013)। ਔਟਿਜ਼ਮ ਅਤੇ ਵਿਆਪਕ ਵਿਕਾਸ ਸੰਬੰਧੀ ਵਿਕਾਰ ਵਾਲੇ ਬੱਚਿਆਂ ਵਿੱਚ ਫੇਕਲ ਮਾਈਕ੍ਰੋਬਾਇਓਟਾ ਅਤੇ ਮੈਟਾਬੋਲੌਮ ਜੋ ਹੋਰ ਨਹੀਂ ਦੱਸਿਆ ਗਿਆ ਹੈ। PloS One 8, e76993. doi: 10.1371/journal.pone.0076993
ਐਵੇਰੀਨਾ ਓਵੀ, ਕੋਵਟੂਨ ਏਐਸ, ਪੋਲੀਆਕੋਵਾ ਐਸਆਈ, ਸਾਵਿਲੋਵਾ ਏਐਮ, ਰੇਬਰੀਕੋਵ ਡੀਵੀ, ਡੈਨੀਲੇਂਕੋ ਵੀਐਨ (2020)। ਔਟਿਜ਼ਮ ਸਪੈਕਟ੍ਰਮ ਵਿਕਾਰ ਵਾਲੇ ਛੋਟੇ ਬੱਚਿਆਂ ਵਿੱਚ ਅੰਤੜੀਆਂ ਦੇ ਮਾਈਕ੍ਰੋਬਾਇਓਟਾ ਦੀਆਂ ਬੈਕਟੀਰੀਆ ਨਿਊਰੋਮੈਟਾਬੋਲਿਕ ਵਿਸ਼ੇਸ਼ਤਾਵਾਂ। ਜਰਨਲ ਆਫ਼ ਮੈਡੀਕਲ ਮਾਈਕ੍ਰੋਬਾਇਓਲੋਜੀ 69, 558–571। doi: 10.1099/jmm.0.001178
ਬਾਕੇਰੋ ਐੱਫ., ਨੋਮਬੇਲਾ ਕੇ. (2012)। ਮਨੁੱਖੀ ਅੰਗ ਦੇ ਰੂਪ ਵਿੱਚ ਮਾਈਕ੍ਰੋਬਾਇਓਮ। ਕਲੀਨਿਕਲ ਮਾਈਕ੍ਰੋਬਾਇਓਲੋਜੀ ਅਤੇ ਇਨਫੈਕਸ਼ਨ 18, 2–4। doi: 10.1111/j.1469-0691.2012.03916.x
ਬੌਰ ਟੀ., ਡੁਰ ਪੀ. (2023)। ਪ੍ਰੋਪੀਓਨਿਕ ਐਸਿਡ ਪੈਦਾ ਕਰਨ ਵਾਲੇ ਬੈਕਟੀਰੀਆ ਦੇ ਸਰੀਰ ਵਿਗਿਆਨ ਵਿੱਚ ਨਵੀਂ ਸੂਝ: ਐਨੇਰੋਟੀਗਨਮ ਪ੍ਰੋਪੀਓਨਿਕਮ ਅਤੇ ਐਨੇਰੋਟੀਗਨਮ ਨਿਓਪ੍ਰੋਪੀਓਨਿਕਮ (ਪਹਿਲਾਂ ਕਲੋਸਟ੍ਰਿਡੀਅਮ ਪ੍ਰੋਪੀਓਨਿਕਮ ਅਤੇ ਕਲੋਸਟ੍ਰਿਡੀਅਮ ਨਿਓਪ੍ਰੋਪੀਓਨਿਕਮ)। ਸੂਖਮ ਜੀਵ 11, 685. doi: 10.3390/ਸੂਖਮ ਜੀਵ 11030685
Bazer FW, Spencer TE, Wu G, Cudd TA, Meininger SJ (2004)। ਮਾਵਾਂ ਦਾ ਪੋਸ਼ਣ ਅਤੇ ਭਰੂਣ ਦਾ ਵਿਕਾਸ। ਜੇ ਨਿਊਟਰ. 134, 2169-2172। doi: 10.1093/jn/134.9.2169
ਬੈਂਜਾਮਿਨੀ, ਵਾਈ., ਅਤੇ ਹੋਚਬਰਗ, ਜੇ. (1995)। ਗਲਤ-ਸਕਾਰਾਤਮਕ ਦਰ ਨੂੰ ਕੰਟਰੋਲ ਕਰਨਾ: ਮਲਟੀਪਲ ਟੈਸਟਿੰਗ ਲਈ ਇੱਕ ਵਿਹਾਰਕ ਅਤੇ ਕੁਸ਼ਲ ਪਹੁੰਚ। ਜੇਆਰ ਸਟੈਟ ਸੋਕ ਸਰ ਬੀ ਮੈਥੋਡੋਲ। 57, 289–300। doi: 10.1111/j.2517-6161.1995.tb02031.x